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分子动力学模拟计算水分子扩散系数计算材料学实验1、实验目的（1）了解分子动力学方法的原理。（2）熟练MS 软件构建分子和体相的基本操作。（3）掌握分子动力学模拟的基本步骤。（4）掌握粒子扩散系数的计算方法。2、实验原理（1）分子动力学模拟（moleculardynamicssimulation ，简称MD ）方法首先是由Alder 和Wainwright 提出的，现已逐渐成为预测系统特性、验证理论和改进模型的计算工具。MD 方法的基本思想是把物质看成由原子和分子组成的粒子系统，从该体系的某一假定的位能模型出发，并假定体系粒子的运动遵循经典力学或量子力学描述的规律，若已知粒子的所有受力作用，则可以求解出运动方程而得到系统中全体粒子在相空间中的轨道，然后统计得到系统的热力学参数、结构和输运特性等。也就是由体系的微观性质来求算其宏观性质，属于微观尺度的模拟技术。2、实验原理（2）均方根位移：分子动力学计算系统中原子由起始位置不停移动，每一瞬间位置皆不同。以表示时间t 时粒子i 的位置。粒子位移平方的平均值称为均方根位移（MeanSquareDisplacement=MSD ）：（3）粒子扩散
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