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几个进化树相关软件的使用方法我在此介绍几个进化树分析及其相关软件的使用和应用范围。这几个软件分别是PHYLIP、PUZZLE、PAUP、TREEVIEW、CLUSTALX和PHYLO-WIN(LINUX)。在介绍软件之前，我先简要地叙述一下有关进化树分析的一些方法学问题。进化树也称种系树，英文名叫“Phyligenetictree”。对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤：要对所分析的多序列目标进行排列(Toalignsequences)。做ALIGNMENT的软件很多，最经常使用的有CLUSTALX和CLUSTALW,前者是在WINDOW下的而后者是在DOS下的。要构建一个进化树(Toreconstrutphyligenetictree)。构建进化树的算法主要分为两类：独立元素法(discretecharactermethods)和距离依靠法(distancemethods)。所谓独立元素法是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个碱基/氨基酸的状态决定的(例如：一个序列上可能包含很多的酶切位点，而每个酶切位点的存在与否是由几个碱基的状态决定的，也就是说一个序列碱基的状态决定
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