pymol教学教材教案教材资料.doc

1、-_PyMOL 用户指南目录一、 鼠标操作入门 4(这个数字是超链接，ctrl+左键)1. 启动 41) 通过鼠标 42) 通过命令行 42. PyMOL 窗口 41) Virewer 窗口 42) 外部 GUI 窗口 53. 下载 PDB 文件 54. 操控视图 61) 基本鼠标控制 62) 虚拟滚动球旋转 73) 移动截面 74) 改变旋转中心点 85) 简单回顾 9二、 命令行操作入门 91. 记录结果 92. 载入数据 93. 操控对象（Object ）101) 原子选择 112) 对象和选择的着色 123) 对象和选择的 on/off124. 改变视点 135. 保存工作 131)

2、脚本和日志文件 132) 图像文件 143) 会话文件 146. 命令行快捷键 141) 用 TAB 键完成命令 152) 用 TAB 键完成文件名 153) 自动推理 157. 其他命令和帮助 15注：页面背景和页脚的图像分别是 1GCL、111D 的 cartoon 显示-_三、 命令句法和原子选择 161. 语法 161) 选择表达 162) 原子选择命名 163) 单字选择符4) 属性选择符 185) 选择代数 206) 宏指令 212. 从 PyMOL 中读取 Python 22四、 卡通表示 231. 背景 231) 可达性 232) 美化和精确 232. 定制化 251) 卡通类

3、型 252) 精美螺旋 283. 二级结构归属 29五、 光线追踪 301. 重要设置 302. 保存图片 31六、 立体效果 311. 支持的立体模式 312. 制作立体图片 313. 相关命令 31七、 动画 321. 概念 322. 重要命令 321) Load2) Mset3) Mdo4) Mmatrix3. 简单举例 334. 复杂举例 335. 预览 ray-traced 动画图片 341) Cache_frames-_2) mclear6. 保存动画 34八、 高级鼠标控制 341. 选择原子和键 342. “pk”原子选择的应用举例 353. “lb”和“rb”选择 354.

4、构象编辑 35九、 晶体应用 351. 晶体对称性 351) Load2) Symexp2. 电子密度图 361) Load2) Isomesh 和 isodot十、 汇编图形对象（CGO）和 Molscript ribbons 371. 简介 372. Molscript ribbons 371) Load2) Using Molscript3. 创建 CGOs 384. CGO 参考 38NOTES: 本教程以 PyMOL users guide 为蓝本翻译而来，并引用了其他资料。 本教程只介绍 PyMOL 在 windows 系统下的应用 本教程以 edu1.1 版本的 PyMOL 为准

5、，大硬盘中有此软件 本教程是 PyMOL 的入门教材，故相关问题只是简单介绍而没有深入讲解 如果你有疑问或者想深入研究，可通过输入命令 help，查看PyMOL 命令 ，登陆PyMOLwiki（ http:/PyMOLwiki.org）或咨询他人等途径解决疑难 本教程极少的命令可能在你的 PyMOL 上运行不了，大多是版本问题 译者知识水平有限，可能有不当甚至谬误之处，敬请指正！ 本教程不断更新，最新版以文件名和页眉的日期为准。-_一、 鼠标操作入门1. 启动1) 通过鼠标打开开始菜单，在程序或所有程序中找到 PyMOL 并单击。2) 通过命令行在 Windows 下，打开文件和脚本有多种命令

6、选项。一般地，在“运行”或“命令提示符”中输入：c:program filesdelano scientificPyMOLPyMOLwin.exe如果 PyMOL 没有按默认路径安装，那么就输入正确的驱动器名和路径。 2. PyMOL 窗口PyMOL 一般打开两个窗口：Viewer 窗口和外部（Tcl/TK）GUI 窗口。如下图所示：PyMOL 的两个窗口GUI 是图形用户界面（Graphical User Interface）的缩写，由菜单、按钮、正文框和其他小工具构成。PyMOL 默认有两个 GUI：内部 GUI 在 Viewer 窗口内显示；外部 GUI在它自己的窗口显示。之所以这样的原

7、因既烦琐又专业，但我们知道两个 GUI 最终会统一为一个界面。1) Viewer 窗口PyMOL 的 Viewer 是 PyMOL 系统的心脏。这是一个开放式图形语言（OpenGL）窗口，所有的 3D 图形在此展示，并且用户可直接操纵这些图形。-_PyMOL 的 Viewer 窗口和内部 GUI（默认）窗口内右边的内部 GUI 可使用户对特定对象（object）和特定原子选择（atom selection注意：原子选择是用户选择了的原子、残基、链、片段、对象等等，相对 object 而言）进行操作。从上到下，内部 GUI 包括对象列表、鼠标按钮配制矩阵、结构指示器和一套 VCR（动画控制） 。

8、窗口底部还有一个命令输入区。在 Viewer 窗口也能查看 PyMOL 的文本输出（text output） ，任何时候都可以按 ESC 在文本输出和图形模式间进行切换。Viewer 完全可以自己运行，它拥有 PyMOL 核心系统的全部功能。如果想这样的话，完全可去除命令和内部 GUI。通过标准菜单和控制，许多任务能更简单高效的完成。在外部 GUI可以找到绝大部分的功能选项。2) 外部 GUI 窗口默认的 Tcl/TK 外部 GUI默认状态下，外部 GUI 包括标准菜单栏、输出区、命令输入区和一系列按钮。外部 GUI 窗口的一个好处是能够对正文进行剪切和粘贴，而在 Viewer 中却没有此功能

9、。另外，必须用CtrlX、CtrlC 和 CtrlV 进行剪切、复制和粘贴操作，因为在标准编辑菜单中没有这些功能。3. 下载 PDB 文件 通过外部 GUI 菜单：默认的外部 GUI 在 File 菜单有 Open 选项，可由此打开选择的文件。 通过命令：语法 load #载入本地存在的 PDB 文件fetch #直接从网上下载，不用加后缀-_例如 load test/dat/pept.pdbfetch pept载入 pdb 文件后的 PyMOL 4. 操控视图在 PyMOL 中，鼠标是主要的控制设备，键盘的修饰按键（SHIFT,CTRL,SHFIT+CTRL）在调整按钮操作时使用。为了有效使

10、用 PyMOL，建议选择带有三个按键的鼠标。1) 基本的鼠标控制鼠标的滚动轮的可当做中键使用。下表是基本的鼠标按钮和键盘结合的操作功能：键盘 鼠标左键 中键 右键旋转图像（虚拟滚动球 rotate）在 XY 上移动图像（translate 平移）在 Z 上移动图像（zoom 变焦）-_Shift 移动截面CtrlShift+Ctrl 回到旋转起始2) 虚拟滚动球旋转虚拟滚动球虚拟滚动球犹如在视野中有个可见的球。当你在屏幕点击拖拽时，好像你的手指按在了球上进行相似的操作。如果在球体外点击拖动,仅能在 Z 轴上做环形旋转；在球体上点击拖动就能在 XY 面上旋转。3) 移动截面截面是在分子前后想象中

11、的平面。截面外的分子部分将会被切除，从而显示出内部。在复杂或大分子中截面非常有用。截面示意图（hither 这边的近处的，yon 那边的远处的）-_PYMOL 的截面控制需要鼠标和键盘结合，如下图示：SHIFT+右键，当鼠标上下拖动时会调整前截面，左右拖动时调整后截面。截面的控制也可以对角线拖动改变截面的显示，如下图：对角移动截面改变可见的“wedge ”4) 改变旋转中心点观察分子图像时，常常需要改变旋转的中心点，快捷方式是“ctrl+shift+中键”点击目标原子。-_5) 简单回顾至此，应该能够完成如下任务： 载入 PDB。 旋转、平移、缩放图像。 调整前截面和后截面，以便更清楚地观察分

12、子的切片图。 改变任何感兴趣的原子为选旋转中心。二、 命令行操作入门此部分介绍典型常用的命令，命令语法的详细内容见PYMOL 命令 。PYMOL 语言是事件敏感的（case-sensitive ） ，但是前一个事件不能应用到当前的命令中，所以谨记一定要对下一个事件输入必要的命令。1. 记录结果当在 PYMOL 上操作时，如果想记录下完成的操作步骤，可创建一个日志文件（log-file ）：语法log_open log-file-name例如PyMOL log_open log1.pml无论是输入的还是点击的命令都会记录在 log-file 中。文件扩展名是 “.pml”，这样可以把文件作为脚本

13、在新会话中打开。输入 log_close 命令可以停止记录，如果不输入此命令，日志文件会一直记录存盘直到关闭 PYMOL。如果仅想保存 PYMOL 当前的状态而不关心操作步骤，可创建一个会话文件（session-file） 。-_2. 载入数据从文件中载入 PDB，命令如下语法load data-file-name例如PyMOLload $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb命令输入后，PYMOL 会打开读取“pept.pdb” ，创建并命名相应的对象，在 Viewer 中显示图像并在控制板中添加对象。默认状态下，PYMOL 会在文件读取后命名对象，当然也可以重命名对象:语

14、法load data-file-name,object-name注意一定要加入 pdb 格式，fetch 后面直接跟上object 名字例如PyMOLload $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb #对象命名为“pept”#文件扩展名不会出现在对象名中PyMOLload $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb,test #对象命名为“test”（“# ”是注释标志，在命令行中，# 后输入任何信息都不会被 PYMOL 读取）上面载入文件的命令是典型的 PYMOL 语法。load 是关键词，它要求 PYMOL 去执行一定的功能。data-file-name

15、 和 object-name 是要 load 的参数，这些参数告诉 PYMOL 载入什么文件和命名文件。一般而言，参数对关键词来说仅提供运行命令需要的信息。3. 操控对象(manipulating object)对象的操控既可用鼠标，也可用命令。例如，改变默认的表示形式（representation ）lines 到 sticks，首先删除 lines 然后显示 sticks：语法hide representationhide representation例如PyMOLhide lines #以 lines 显示的对象消失PyMOLshow sticks #以 sticks 显示的对象出现其他的表示形式还有 cartoon,ribbons,dots,spheres,meshes 和 surfaces 等（见“表示形式” ） 。当用命令 show 时，新的表示形式出现，但原来的表示形式不消失，非常恼人，可用下面的命令解决这个问题：语法as representation例如PyMOLas sticks #不论原来显示多少种表示形式，命令后只显示 sticks 一种在显示有配体存在的对象时，有时显示不出配体，可通过下面方法解决：例如