医药文献检索与利.ppt

1、医药文献检索与利用,主讲人：王某某 2015年5月,课程内容概述,检索总论常用中文数据库：SinoMed、知网、万方 常用外文数据库：PubMed 、 WOK 等（二次文献库）,目标与要求,了解信息检索的基本原理与技术掌握常用中外文相关数据库的使用方法，能够使用这些数据检索到自己需要的文献。会用文献的判断与分析技巧筛选高质量的、符合需要的文献。通过课程的学习，具备基本的信息素养。,培养信息素养,信息素养定义：信息素养是人们在工作中运用信息、学习信息技术、利用信息解决问题的能力 信息素养构成要素：信息意识：强烈的信息意识对信息敏感。信息能力：信息的搜集获取能力主要包括信息接受力；信息捕捉力；信息

2、吸收力；信息检索力等。其中信息检索力指熟悉各种信息源，掌握信息检索的基础理论和基本技术，熟练地利用各种手工检索工具和计算机检索系统查找所需信息的能力）信息道德：,全球职业医生资格的信息标准,国际医学教育委员会的“最低基本要求”中对“信息处理”能力的主要标准: 从不同的数据库和数据源中检索、收集、组织和分析有关卫生和生物医学信息（search, collect, organize and interpret health and biomedical information from different databases and sources）能确定信息资源的特点和范围能有效地获取所需信息能

3、评价信息及其来源并将选取的信息整合入其知识基础和价值体系中能有效利用所获得的信息实现特定的目标了解信息使用的经济、法律和社会问题，在信息获取和利用时自觉遵守道德规范和有关的法律。,知识获取方式变化对医生的挑战,医学知识的网络化趋势：信息成为创新的主要资源；互联网作为更新知识的主要通道；医学知识占了网络信息资源的30%左右，电子期刊和专业数据库大都通过互联网传送；现代医生标准的变化，对信息需求能力（获取相关信息的意识和快速检索情报信息特别是循证文献的能力）的高度重视和行政要求；临床经验需要不断更新，医生需要了解最新的技术和各种疗法，特别是核心技术的竞争和循证医学实践都需要准确的情报；临床上需要快

4、速检索文献，医生时间有限，需应对越来越多的临床决策；医生需要学会批判评价文献，医生必须从海量的医学信息中剔除垃圾获得高质量的有用信息等等。,知识爆炸：美国百森商学院（Bason College）院长 Thomas H. Davenport 教授指出：美国医生要想保持知识更新，必须掌握10,000种疾病，3000种药物，1100种实验室测试和40万篇每年新增的生物医学文献。,知识更新：前哈佛大学医学院院长著名心脏病专家 Charles Sidney Burwell 教授一语惊人：“在十年之内，作为医学生你们学到的一半知识都会被证明是错误的；而且麻烦的是没有老师能够告诉你们哪一半是错误的。”,现代

5、医生的情报困惑：,信息障碍 缺乏检索文献信息的时间，只 能保证所需时间的不到50%；没有进行专业检索的培训, 许多临床医生都在进行浪费时间的无效检索. -Darves (2004) 对多种信息资源缺乏了解。他们90%的时间都花在重复的信息上.,文献检索总论,信息及信息素养医学文献检索相关概念计算机检索原理概述情报检索语言计算机检索策略与步骤,信息,信息 在自然界、人类社会以及人类思维活动中普遍存在的，是物质的一种基本属性，是物质存在方式及其运动规律、特点的外在表现。 定义：事物的运动状态和状态变化的方式。信息的特征：普遍性、传递性、依存性、相对性、 可加工性、时效性、可共享性,情报,传递有特定

6、效用的知识。 知识性 传递性 效用性,文献,以文字、图形、符号、声频、视频等手段记录和传播知识的载体就是文献。,医学文献的类型,按加工层次划分按载体形式划分按出版类型划分,按加工层次划分,一次文献二次文献三次文献零次文献,即原始文献，是作者根据自己的工作和研究成果而写成的，也可称原始论文。 例如：期刊论文、学位论文 、研究报告、专利说明书等,一次文献,是对一次文献进行收集、分析、整理并按照其外部特征或内部特征（如篇名、作者、刊名、分类号、内容摘要等）按照一定的规则加以编排。是查找一次文献的线索。如：目录、索引、文摘,二次文献,世界上最权威的免费生物医学二次文献库，由美国国立医学图书馆创建。收录

7、了世界范围内生物学领域的5000多种期刊。,Web of Science 数据库收录了8000多种世界权威的、高影响力的学术期刊，内容涵盖自然科学、工程技术、生物医学、社会科学、艺术与人文等领域。提供了独特的引文检索，可以检索文献的被引用情况。,中国生物医学文献数据库，是收录国内生物医学最权威的二次文献数据库。,是针对某一专题检索二次文献，获得与之相关的大量一次文献，对一次文献进行阅读、筛选所需内容，最后归纳、整理、加工、提炼而写成的文献。综述，即 review最常见的三次文献，是综合、分析、评论某一专题，能全面反映该课题在国内外发展动态的文章。,二,三次文献,Annual Reviews系列

8、出版物发表由权威科学家针对世界上最重要的原始研究文献而撰写的内容丰富的、响应及时的评论文章，旨在帮助研究人员跟踪相关学科领域的研究动态。AR坚持严格的编撰标准，不接受普通投稿，编委会成员均为本学科领域最权威的科学家。,零次文献,是形成一次文献之前的信息，是未被记录下来或公开的最原始文献，或没有正式发表的文字材料，如书信、手稿、笔记等，也可是科技人员的口头交流。,按载体形式划分,印刷型缩微型声像/视听型 电子数字型,印刷型以纸质材料为载体以印刷为记录手段而形成的文献形式是目前整个文献中的主体也是有着悠久历史的传统文献形式特点不需要特殊设备可以随身携带随处随时阅读但存贮密度小体积大占据空间大不便于

9、保存,电子数字型以计算机处理技术为核心记录信息的一种文献形式特点存贮容量大检索速度快捷、灵活使用方便随着计算机技术特别是网络技术的迅猛发展和普及电子数字型文献的地位越来越受到人们的重视,按出版类型划分,图书期刊其他(特种文献),图书（Book） 是对已发表的科研成果、生产技术和经验的总结性的概括论述。供读者阅读的书籍： 如教科书、参考书、专著等供读者检索参考之用的工具书： 如字典、百科全书、年鉴等,正式出版的图书，均冠有ISBN号，即国际标准书号（International Standard Book Number），其定长为10位数字，分为4个部分，即地域号、出版社号、书号及计算机校验号。,

10、中国图书馆分类法分类号,电子图书,期刊（Periodical）是一种定期或不定期的连续性出版物，每期版式基本相同，有固定的刊名，有连续的年、卷、期号。如：杂志、学报、通报、综述与述评、索引、文摘等,同图书一样，正式出版的期刊也有国际标准连续性出版物编号ISSN（International Standard Series Number），实现对全世界期刊的管理。ISSN号全长8位，前7位是刊名代号，末位是计算机校验号。中间的“-”只是为了便于阅读而设置的。,ISSN 0140-6736,核心期刊,核心期刊：刊载某学科文献密度大、载文率、被引用率及利用率较高，深受本学科专家和读者关注的期刊中的精华

11、。确定核心期刊和评价期刊质量的常用方法：载文率法和引文法评价期刊的常用工具：中文核心期刊要目总览（北大出版社）中国科技期刊引证报告（中国科学技术信息研究所）期刊引文报告（JCR）,期刊引证报告JCR,影响因子=该刊前两年发表论文在统计当年被引用的总次数/ 该刊前两年发表论文总数,其他（特种文献）专利文献科技会议文献科技报告学位论文政府出版物标准文献产品资料技术档案,文献检索的概念,文献检索：指从文献信息集合中查找所需文献或文献中包含的信息内容的过程广义的文献检索包括存贮和检索两者的过程和技术而狭义的文献检索是从用户的角度来理解，仅指从已经存贮的具体检索功能的文献信息集合中查询出所需文献的过程。

12、,文献检索的类型,数据型信息检索（Data retrieval） 直接提供所需的确切的数值性数据。如统计数据、科学实验数据、科学测量数据等。事实型信息检索（Fact retrieval） 直接提供用户所需的确切的非数值性数据， 即事实。如字词、事件、事实、人物、机构名称，年代日期、公式、常数、规格、方法等。文献型信息检索（Document retrieval） 利用文献的内部和外部特征来查找所需的论文，综述等。其检索结果是切题文献或相关文献的文献线索或具 体的文献。,检索语言,一、概念： 是文献检索中用来描述文献特征和表达情报提问的一种专门的人工语言，根据文献信息检索的需要而创制。二、检索语言

13、的分类：描述文献外表特征的检索语言：依据文献外表特征（题名、著者、文献序号、引用文献等）作为文献存储标识和文献检索提问的出发点而设计的索引语言描述文献内容特征的检索语言：分类检索语言、主题检索语言、代码检索语言,文章出处,文章篇名,作者,分类检索语言,分类检索语言：用分类号作为语言来表达各种概念。按学科、专业集中文献，从知识分类的角度揭示多种不同文献在内容上的区别和联系，提供以学科分类为出发点的文献信息检索途径。常用的分类法：美国国会图书馆图书分类法杜威十进分类法国际十进分类法中国图书馆分类法国际疾病分类,分类法语言： 中国图书分类法,中国图书馆分类法分类号标记是汉语拼音字母与阿拉伯数字相结合

14、的混合制号码。R 医药卫生 R1 预防医学卫生学 R2 中国医学 R3 基础医学 R4 临床医学 R5 内科学 R6 外科学 R71 妇产科学R72 儿科学 R73 肿瘤学R74 神经病学与精神病学 R75 皮肤病学与性病学 R76 耳鼻咽喉科学 R77 眼科学 R78 口腔科学 R8 特种医学 R9 药学,可细分至六、七级类目，如 ：R6 外科学 R65 外科学各论 R655 胸部外科学 R655.1 胸壁 R655.2 胸膜 R656 腹部外科学 R656.1 急腹症 R656.2 腹部疝 R656.3 腹壁 R656.31 腹壁炎症 R656.32 腹壁损伤,主题检索语言,主题检索语言：

15、以反映文献内容的主题词或关键词作为文献存储和检索的标识。常见主题检索语言：关键词：以出现在文献的标题、摘要或全文中能表达文献实质内容的词或关键性专业名词术语作为检索标识。主题词又称叙词：严格规范化、可进行概念组配、具有完善参照系统、具有范畴索引等。 例：关键词（自由词）：carcinoma, tumor, cancer 主题词（数据库标引用词）：neoplasms,主题词表,把主题词按照一种便于检索的方式编排起来，就是主题词表，是主题标引和检索的重要工具。主题词表揭示和处理了信息提问中可能出现的各种同义词、近义词、反义词之间的语义关系，展开了同意族系个主题词的语义等级结构。,Mesh医学主题词

16、表,是由美国国立医学图书馆（NLM）进行严格规范化处理的受控情报检索语言。MeSh在文献检索中的重要作用主要表现准确性和专指性。 标引（对文献进行主题分析，从自然语言转换成规范化检索语言的过程）人员将信息输入检索系统以及检索者(用户)利用系统内信息情报这两个过程中，以主题词作为标准用语，使标引和检索之间用语一致，达到最佳检索效果。,副主题词表,在进行检索时，用户输入一个主题词后，系统会自动显示该主题词所能组配的副主题词。MeSh有一个副主题词表，1989-1990年IM使用的副主题词是77个，1991-1994年是80个，每年略有变化。目前IM使用的副主题词是92个。副主题词(Subheadi

17、ngs)又称限定词(Qualifiers)，与主题词进行组配，对某一主题词的概念进行限定或复分，使主题词具有更高的专指性。如诊断（Diagnosis，DI）、药物治疗（Drug Theray，DT）、血液供给（Blood Supply，BS）等。正确选择副主题词也很关键。例如肺发育不全，输入主题词“肺”后，在副主题词菜单中选择“畸形”表示发育不全；再例如，双子宫用子宫/畸形检索,在医学主题词注释字顺表中，对每个范畴类目的主题词和副主题词的组配原则进行了严格规定，组配时要按照规则进行。例如，副主题词治疗therapy与疾病主题词组配，可用于综合疗法。例如，消化性溃疡的心理疗法，用消化性溃疡/治疗

18、；心理疗法副主题词治疗应用therapeutic use 与药物、生物制品和物理作用物主题词组配。指用于预防和治疗疾病，包括兽医用药。例如，红霉素治疗链球菌感染，用红霉素/治疗应用；链球菌感染/药物疗法。,SinoMed中的主题词标引,主题词相对于关键词的优势,主题词：又称叙词，是以规范化的词汇来表达文献内容的主题。主题词语言也叫人工受控语言 所谓规范化也就是说它经过了人工规范化处理，即对文献中的同义词、近义词、多义词等加以规范，使得同一主题概念的文献相对集中在一个主题词下，同时在主题词表中采用参照系统间接反映主题概念之间与文献内容之间的关系，从而体现了主题词的单一性 例如：癌（非主题词）ca

19、ncer, tumor, carcinoma 见 肿瘤（主题词） Neoplasms采用主题词语言进行检索，能较好地实现较高的查全率和查准率，缩短机时，节省费用，是提高检索技能的关键。主题词可以集中语言表达不同但是相同概念的文献 命中的文献比关键词准确,代码检索语言,代码检索语言：用代表事物的代码作为标识系统的索引语言。（化合物分子式索引、环状化合物环系索引、化学物质号索引等）,计算机检索,计算机信息检索的含义,计算机信息检索：将大量的文献资料或数据进行加工整理，按一定格式存贮在机读载体上，建成机读数据库，人们根据特定的信息需求，利用计算机对机读型数据库进行检索的信息检索方式计算机信息检索过程

20、： (1)信息存储过程 (2)信息检索过程计算机信息检索的本质是信息用户的提问标识和信息集合数据库特征标识匹配的过程。,计算机检索的原理,计算机将输入机检系统的用户提问标识(检索词)与已存储在系统中数据库内的文献特征标识(标引词)进行机械性匹配比较，凡符合给定的比较原则和逻辑运算条件即为命中信息检索提问字符串 数据库中特征标识字符串,计算机信息检索特点,检索速度快，效益高检索功能强，数量大检索途径多，手段灵活检索范围广服务方式多更新速度快用户使用方便,计算机信息检索系统组成,硬件：运算器、控制器、存储器、输入输出装置等软件：系统操作程序、数据库管理程序、联机控制程序、应用程序等通讯线路：电话通

21、讯网、数据通讯网、卫星通讯网等检索终端：信息用户与检索系统主机进行人机对话，实现联机检索的设备。包括上网设备、调制解调器等数据库：是计算机检索的对象。是由一个或数个文档构成，并能够满足某一特定目的或某一特定数据处理系统需要的一种数据集合,数据库的构成,文档：若干个逻辑记录构成信息集合称为文档。数据库的文档由顺排文档和若干倒排文档组成记录：由若干字段组成的文献单元，是计算机检索系统存储文献条目和标引的信息载体，每条记录记载了一篇文献的内部特征和外部特征字段：是构成记录的基本单元，是对实体的具体属性进行描述的结果,数据库检索中的常见字段,题目 TI 期刊名称 SO文摘 AB 作者单位 AD作者 A

22、U 文献类型 DT主题词 Mesh 出版年 PY,计算机信息检索技术,布尔逻辑检索截词检索位置运算检索限定检索,布尔逻辑检索,在检索过程中用于表达词于词之间的逻辑关系的算符就称为布尔逻辑运算符。分为三种逻辑关系：逻辑与、逻辑或、逻辑非；分别用AND、 OR、 NOT如检索“流行性感冒或者咳嗽”，应写成: influenza or cough如检索“流行性感冒引起咳嗽”，应写成: influenza and cough如检索“流行性感冒不带咳嗽”，应写成: influenza not cough如果含两个或两个以上的逻辑算符，应先算NOT，然后算AND，最后算OR。也可以用（）来改变计算次序，因

23、为（）里的部分可最先算,布尔逻辑检索,例如查找1979-1994年有关PCR诊断病毒性肝炎的中文文献。PCR诊断病毒性肝炎。三个有实质意义的概念：PCR、诊断、病毒性肝炎检索策略可以全部采用关键词检索#1 PCR （关键词）#2 诊断 （关键词）#3 病毒性肝炎（关键词）#1 and #2 and #3 (检索表达式)PCR AND 诊断 AND 病毒性肝炎,截词检索,截词检索就是把检索词截断，取其中的一部分，在加上截词符号一起进行检索主要用于检索词的单复数、词性的词尾变化、词根相同的一类词以及同一词的拼法变异等通用的截词符有：？和*？代表零或一个字母；*代表两个或两个以上字母举例： Chil

24、d*可代表child, children, childly, childhood,等等Colo?r可检索出color, colourDra?t可检索出drat, draft, draught, 等,位置运算检索,用邻近运算符连接两个检索词，表示要求两个检索词同时出现在同一记录中两词的相互位置必须符合规定的相邻度才能被命中检出。邻近运算符：in、with、nearin：指定在某个字段进行检索same：连接两个词检索，凡是在同一记录的同一字段中出现两个词near：两个词在同一个句子中出现,限定检索,字段限定符in 对某一指定数据项进行检索 如：hepatitis in TI= 用于限定性字段的检索

25、如：LA=ENGLISH范围运算=, , =如：PY=1997; PY1996; PY=1994,计算机检索的一般步骤,一、分析检索课题1.目的是使用户清楚其课题要解决的实质问题。是制定检索策略的根本出发点，也是检索效率高低或成败的关键2.明确检索目的及要求（课题所属的学科范围、要求的文献类型、年限、语种、需要的文献量等） 二、选择检索工具1.手工检索工具（目前很少读者使用此方式）2.计算机检索系统：根据课题内容，选择合适数据库,三、确定检索途径1.反映文献内容特征： 主题途径、分类途径等2.反映文献外部特征： 著者途径、书（刊）名途径、 代码途径3. 用逻辑运算符构造提问表达式四、根据检索结

26、果，调整检索策略，必要时对检索词或检索式进行修改，直至检出结果符合要求五、根据文献线索，获取原始文献,检索结果的评价,查全率：R = 被检出相关文献量/相关文献总量 查准率：P = 被检出相关文献量/被检出文献总量,提高查全率的若干办法,查全率的办法用主题词用主题词、关键词、同义词，用or 组配用上位词（扩展下位词）用截词少用副主题词组配,提高查准率的若干办法,查准率办法用主题词用下位词（专指度）副主题词组配限检 检索词的字段限定使用适当的位置算符，排除误检，提高查准率减少检索年限限制检索结果的文献类型（如综述）限制语种及出版国限定在核心期刊检索,本馆电子资源介绍,外网部分（适用于本院可上外网

27、的电脑）,内网部分（OA),常用数据库介绍,万方数据库同方数据库Pubmed数据库检索与利用,Pubmed数据库的检索与利用,简介：National Library of Medicine管理下的 National Center for Biotechnology Information(NCBI)建立的生物医学文献数据库，使用NCBI的Entrez检索平台。PubMed的前身是Medline光盘数据库。PubMed的数据构成： Medline（1946- ） PreMedline Publisher Supplied Citation Old Medline（ -1945）,字段,AB-Ab

28、stract LA-Language AD-Affiliation MH-MeSH Terms AU-Authors,SO-Source EDAT-Entrez Date TA-Journal Title Abbreviation GS-GeneSymbo TI-Title,检索词字段名称,smith jcau gene therapyti,PubMed界面,数据库选择,检索框,个性化服务,帮助,工具,更多资源,高级检索,检索方法与技巧,基本检索 - Basic Search 高级检索 - Advanced Search 主题词检索 - MeSH Databases检索结果过滤Choose a

29、dditional filter,基本检索特点,可以输入任何字词，包括关键词、标题、作者、作者单位、主题词，甚至一句话，系统会自动识别并自动匹配（智能功能）进行检索。可以输入逻辑检索表达式 HIFU AND cancer可以进行字段限制检索：ultrasoundMH,基本检索：Basic Search,直接输入检索词或检索式,检索结果过滤与限定,显示格式的改变,年代分布,在PMC中免费获得全文,标题中的检索结果,高级检索,生成检索表达式显示区域,检索表达式生成器,检索历史,高级检索,主要功能是提供字段进行字段限制检索，逻辑组配检索，根据检索需要，进行逻辑组配，生成复杂检索表达式。,高级检索检索

30、表达式生成器,选择字段,输入检索词,选择逻辑关系,输入检索词,检索历史,检索历史功能显示检索过程可以进行逻辑组配可以对检索历史进行保存与删除,高级检索检索历史,高级检索检索历史,主题词检索,主题词检索,主题词检索,检索结果按相关性排序。,主题词,主题词注释,主题词变更时间,副主题词,主题词检索,Breast Neoplasms/complicationsMesh,主题词检索,主题词检索,优点：主要体现在主题词本身的规范性及扩展、组配等方面，具有很好的准确性与专指性。缺点：主要表现在最新文献及新概念的缺失与时滞性上在用自由词检索时，系统会自动把自由词转化为相应的主题词。而有的自由词没有转化成相应

31、的主题词，或者用主题词检索时没有检索到对应主题词，可先用自由词检索，再浏览检索结果，在密切相关文献中可打开Publication Types, MeSH Terms字段，查看其标引的MeSH主题词，可帮助选择正确的MeSH主题词，或扩展我们没有考虑到的主题词。有些文献，如中药汤剂类的，要注意主题词与自由词的结合使用。,检索结果过滤,问题：当你检索到1000篇文章，如何才能快速找到自己需要的文献呢？参考答案：对检索结果进行筛选过滤,文本过滤,出版时间过滤,实验对象过滤,文献类型过滤,语种过滤,选择额外过滤器,检索结果过滤（限制检索）：其主要功能是对检索结果按照文献的属性进行过滤，使检索者快速查找

32、自己所需要的文献,过滤期设置后对后续检索均有限制作用，如果需要修改或删除，需要通过Clear all 链接来清除设置，然后重新设置即可。,临床咨询Clinical Queries,专门为临床医生设计的检索服务，包括Search by Clinical Study Category 查找疾病的etiology、diagnosis、therapy、prognosis及clinical predictions guides文献，综合考虑检索结果的敏感性（broad，sensitive search，查全率较高）与特异性（narrow，specific search， 查准率较高）Finding Sy

33、stematic Reviews提供systematic reviews、meta analysis、reviews of clinical trials、 guidelines等循证医学文献Medical Genetics Searches查询疾病的遗传学文献，有ALL 、Diagnosis、DifferentialDiagnosis、Clinical Description、Management、GeneticsCounseling、Molecular Genetics、Genetics Testing等选项,检索结果处理,检索结果显示课题追踪检索结果保存My ncbi个性化服务,文献记录

34、,文献标题,作者,出处,状态标签,PMID,相关文献,题录格式,直接由出版商提供,在文献还没有正式出版之前（确定要发表），电子版提前发布,文献正在被NLM进行处理，添加主题词等,（一）结果显示,检索结果按年代分析，了解总体研究趋势,免费全文数据库PMC中的相关文献,免费全文,查找引用过当前文献的相关蛋白质聚类,显示系统检索策略,最近操作,显示格式调整,文摘格式,文章摘要,免费全文链接,课题跟踪,RSSSave in MY NCBISave Search,问题：什么是定题服务？举例,检索结果保存,默认情况下是所有检索均可以进行下载保存，可以选择部分数据进行保存。,File:将全部检索结果或选择数据保存到本地电脑中,File:将全部检索结果或选择数据保存到本地电脑中Clipboard:其暂时保存作用，最多可以保存500条记录。从剪贴板中可进行保存到本地电脑、发送到邮箱等操作。Collections:将文献添加到个人文献集中，需要登录my ncbi.E_mail:将文献发送到个人邮箱，不需要登录my ncbi.Order:向NLM订购全文My Bibliography：需要登录my ncbi，将检索结果添加到我的书目数据库中。,Any Question,The EndThanks,