pubmed生物医学信息资源及其检索.ppt

1、医学信息检索,PubMed主要内容,PubMed概况 PubMed数据来源PubMed检索机制PubMed检索运算符PubMed检索方法结果的显示、保存其他辅助功能,PubMed概况,创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心(NCBI)1997年6月开始向全球开放特色：具有收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获得全文。与Medline光盘数据库的区别：检索机制、检索界面、检索方法以及收录文献数量不同。,PubMed数据来源,MEDLINE： pubmed-indexed for medlineIn Process Citations：每天

2、收录，尚未经规范处理的数据。pubmed-in processPublisher-Supplied Citations：由出版商提供的电子文献，每条记录标有PubMed-as supplied by Publisher。,自动转换匹配功能(Automatic Term Mapping)对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序进行对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转换顺序是：MeSH表(MeSH Translation Table)、期刊刊名表(Journal Translation Table)、短语表(Phrase list)、作者索引(Author Index)。如果在以上4个表

3、中都找不到相匹配的词，PubMed将把短语分开，以单词为单位，分别重复以上的过程，检索时各个词之间是AND逻辑关系。如果仍找不到相匹配的词，则用单个词在所有字段查找，各个词之间也是AND逻辑关系。,PubMed检索机制,短语检索(Phrase Searching)也可称为强迫词组检索，即，如果要将短语作为一个词组进行检索，可用双引号“ ”将其引起来。如：“drug therapy”作为词组进行检索的词，系统不进行自动转换匹配，也不进行MeSH词的扩检。,PubMed检索机制,PubMed检索运算符,逻辑运算符：逻辑与：AND，逻辑或：OR，逻辑非：NOT。当一个检索表达式中同时含有三个运算符时

4、，运算顺序从左至右，括号可以改变运算顺序。截词符：*，一个词或字拼写出部分字母后面加上一个截词符，chem*表示用词根进行检索。双引号：“ ”，表示对引号中的短语进行检索。检索字段标识符：tag，tag为字段名称。 ti，au，ta， la，pt。,常用字段组成,标识符 字段名称 中文释义TI Title 题目AU Author 作者AD Affiliation 作者单位AB Abstract 文摘DP Publication Date 出版日期TA Journal Title Abbreviation 刊名缩写MH MeSH Terms 主题词PT Publication Type 出版类型

5、,http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/,PubMed 网址,高级检索,主题检索,期刊检索,文献匹配,临床咨询,特定主题咨询,PubMed检索方法,基本检索高级检索主题检索辅助检索,基本检索,默认检索字段为主题、作者、期刊,关键词、词(词组)或短语： 输入任意关键词：liver cancer、Lung cancer； 带有双引号” ”作为短语检索：”cancer therapy”； 带有连接号”-”作为一个词组检索：interleukin-6。限制检索字段：如liver cancerti作者：Smith J 、 Smithau2002年以后的文献如果作者有全称，可

6、用全称,基本检索,期刊刊名： 可用期刊全称：GENE THERAPYTA； 可用期刊简称：JAMATA；(The Journal of the American Medical Association) 刊名中含有特殊字符，如、&等，要去掉： 如J HAND SURGAM 输入时要写成J HAND SURG AM 截词：chemo*复杂表达式：liver cancer AND therapy带有摘要文献的检索 ：liver cancer AND hasabstract,基本检索,分析该检索课题，包含两个方面： 肝癌：liver cancer；治疗：therapy两个主题之间的逻辑关系是AND，

7、即liver cancer AND therapy,基本检索举例1：肝癌的治疗,分析该检索课题，包含两个方面： 作者为：马大龙（ma dl）；作者单位为： 北京大学（peking universityad）。,基本检索举例2：北京大学医学部马大龙教授发表的文献,得到了两个检索结果：作者为：马大龙（ma dl）的检索结果作者单位为：北京大学（peking universityad）的检索结果利用检索史把这两个检索结果用AND组合起来,基本检索举例2：北京大学医学部马大龙教授发表的文献,高级检索,限制检索或条件检索：Limit (1) 全文、摘要 (2)动物、人类 (3)文献类型 (4)语种 (5

8、)数据库子集的限定 (6)年龄组,分析该课题：主题为肝癌治疗，即liver cancer and therapy限制条件有两个：语种为英文（English）；文献类型为综述（Review）,高级检索举例：原文为英文的肝癌治疗方面的综述文献,主题检索,medline数据主题标引规范，用主题词检索，可以提高查全率、查准率,点击MeSH Database打开主题检索界面,主题检索,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,该检索课题有两个概念：长春新碱（Vincristine ） 、白血病（leukemia）长春新碱治疗疾病，组配副主题词治疗应用（the

9、rapeutic use）白血病药物治疗，组配副主题词药物疗法（drug therapy）这两个概念之间是AND的关系,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,副主题词,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/

10、治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗

11、法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,通过两个主题检索得到：“长春新碱/治疗应用” 的检索结果“白血病/药物疗法” 的检索结果两个检索结果用AND组合起来，需要用到检索史,主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,文献匹配器临床咨询和

12、系统评价,辅助检索,文献匹配器,系统提供有两种用来查找特定文献的方式：单篇文献匹配器（Single Citation Matcher）和多篇文献匹配器（Batch Citation Matcher）。如果要查找某一篇文献，点击单篇引文匹配器，输入刊名、日期、卷、期、页码、作者、题目中的一项或多项内容进行检索，系统返回文献记录结果。如果要同时查找多篇文献，则点击多篇引文匹配器，然后在输入框内分行输入每篇文献的查询项目。其中刊名为必需项，其他项目没有时可省略。,单篇文献匹配器（Single Citation Matcher）,多篇文献匹配器（Batch Citation Matcher）,输入格式

13、,临床咨询和系统评价,用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献，如临床疾病的诊断、治疗、病因和预后等；检索临床实践过程中的问题，如系统综述、多元分析、临床试验、循证医学、实践指导、遗传学方面。,临床咨询和系统评价,临床咨询,临床咨询和系统评价,系统评价,PubMed Clinical Queries临床咨询,Directory of Topic-Specific PubMed Queries PUBMED学科、专题数据库http:/www.nlm.nih.gov/bsd/special_queries.html,Clinical Queries using Research Methodolog

14、y Filters 临床研究方法,Clinical Queries using Research Methodology Filters临床研究方法的检索http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/clinicaltable.html,Summary of Enhancements for Clinical Queries for MEDLINE for Studies MEDLINE数据库如何强化临床信息检索功能？http:/www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/jf04/cq_info.html,NLM Resourc

15、es for Informing Comparative Effectiveness医学科研信息检索http:/www.nlm.nih.gov/nichsr/cer/cerqueries.html#pubmed,http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/myncbi/recentactivity/PUBMED上检索当天全球医学科研活动,科学网许培扬博客http:/ http:/ BioMed Central PubMed Pubget,结果的显示、保存,显示保存,结果的显示,显示格式：系统提供的显示格式很多，一般较常用的有以下3种：（1）Summary：为默认显示格式。

16、显示的信息包括文献的标题、著者、出处、PMID、综述出版类型、非英文文献的原文语种等。（2）Abstract：显示信息除了文献标题、著者、出处等基本信息外，还包括摘要信息，以便用户了解文献详细内容。,（3）MEDLINE：以MEDLINE数据库的记录格式来显示检索结果。字段内容主要包括PMID、题目、摘要、作者、作者地址、语种、出版类型、出处、MeSH、文献ID、出版状态等。,结果的显示,结果的显示,保存记录在“send to”下拉菜单中选择“File”，可完成将记录保存为文件。选择“E-mail”，则可将结果发送至邮箱。在检索结果显示页面可将某一次检索的全部记录或标记记录保存；而“Clipboard”页面可用于保存一次或多次检索的结果记录。,检索结果的保存,检索结果的保存,辅助功能,检索策略的存储和调用全文链接相关文献链接,检索策略的存储和调用,使用My NCBI(Cubby)登记注册保存检索策略定期浏览新的检索结果个人信箱接收定制的主题文献,全文链接,全文链接,相关文献链接,相关文献链接,