大弹涂鱼、弹涂鱼的线粒体COI基因差异及系统发育【开题报告】.doc

1、毕业论文开题报告水产养殖大弹涂鱼、弹涂鱼的线粒体COI基因差异及系统发育一、选题的背景与意义细胞色素C氧化酶（CYTOCHROMECOXIDASE）在细胞呼吸中处于细胞色素系统的末端。此酶是把呼吸底物的电子经过细胞色素系统直接传递给分子态氧。而细胞色素C氧化酶第一亚基（CO），是细胞色素C氧化酶具有酶催化活性的3大亚基之一。由于CO广泛存在于动物的线粒体中，与生物进化有很大的关系，因此其研究影响着生物分类学的发展。近年来，人们开始认识到了线粒体中的细胞色素差异可用于推测生物之间的进化以及亲缘关系，对CO进行的分析研究渐渐增多。国外主要有ACHARDJORISM2006等对淡水和海洋双壳贝类细胞

2、色素C氧化酶亚基在分子水平上的演变与线粒体和核基因组进化的关系。国内如王中华2010等对细胞色素C向过氧化物酶结构功能的转化研究。无论国内国外岁鱼类细胞色素CO作为DNA条形码用于鱼类鉴定分类的研究还较少，国内有施大卫2009等对青石斑鱼细胞色素C氧化酶亚基COX基因的克隆鉴定及表达分析。张凤英2005等对采自东海的银鲳、翎鲳和中国鲳3种鲳属鱼类的线粒体COI基因序列片段进行了研究。彭居俐2009等研究了基于线粒体CO1基因序列的DNA条形码在鲤科鲌属鱼类物种鉴定中的应用。因此本课题将通过对虾虎鱼科的14种鱼类CO基因序列的分析研究，总结这14种鱼CO的基因序列的差异，证明这两种鱼能用其CO基

3、因片段的差异与其系统发育有关，进而为以后基于COI基因的DNABARCODE在鱼类物种鉴定的研究奠定基础，为鱼类分类学及生态学的发展提供参考。二、研究的基本内容与拟解决的主要问题（一）研究的基本内容1大弹涂鱼、弹涂鱼CO基因的克隆、序列分析。2分析大弹涂鱼、弹涂鱼及另外12种虾虎鱼科鱼类CO基因序列的差异。（二）拟解决的问题1大弹涂鱼、弹涂鱼CO基因的引物设计。2掌握PCR及其他分子克隆的方法。3对大弹涂鱼、弹涂鱼及另外12种虾虎鱼科鱼类CO基因序列的差异进行总结，构建出它们的进化树，为鱼类的分类鉴定提供依据。三、研究的方法与技术路线（一）研究方法1样本采集从市场上选购健康大弹涂鱼、弹涂鱼的成

4、鱼作为样本，进行养殖备用。2DNA的提取解剖样本，提取样本的肌肉，再从样本肌肉中提取DNA，用电泳和紫外线分光光度计测量DNA的浓度和质量，进行低温保存。3引物设计用PRIMER5OROLIGO6软件，根据相近鱼类CO及上下游序列保守序列设计引物。4COI克隆测序PCR扩增两种鱼类的CO基因，然后PCR产物进行克隆，最后送往测序公司测序。5基因序列下载从GENBANK上下载另外12种虾虎鱼科鱼类的CO基因序列。6COI基因序列分析使用程序软件分析CO基因序列的结构域，构建出进化树，评估虾虎鱼科的进化关系。（二）技术路线四、研究的总体安排与进度2010220103毕业论文选题，进行文献查阅和资料

5、收集。2010320104制定具体研究计划和试验方案，完成开题答辩与综述。大弹涂鱼、弹涂鱼样本采集鱼体的测量及解剖提取样本DNA数据整理，论文撰写引物的设计PCR扩增GENBANK下载另外12种虾虎鱼科的CO序列分析并构建出进化树分析进化树，总结鱼类CO与进化关系PCR产物克隆测序20104201012样本鱼类的购买、暂养、解剖，基因提取、引物设计、基因克隆及测序。20101220112数据和材料整理、分析、总结完成，2篇外文翻译。2011220114论文撰写、提交并答辩。五、主要参考文献1柏干荣,陆松敏线粒体DNA编码细胞色素氧化酶亚基基闪的进展J国外医学,分子生物学册,2003,25635

6、43572陈峥宏,郎书源,吴晓娟,等用COX1基因片段的PCR鉴定亚洲带绦虫和牛带绦虫J贵阳医学院学报,2009,3432392413陈虹,陈汉彬中国不同地理株白纹伊蚊细胞色素C氧化酶亚基1基因序列比较中国流行病学杂志,2003,2461911934陈艺燕,钱开诚,任岗,等大黄鱼与小黄鱼细胞色素B记忆全序列的比较分析J生态科学,2005,2421431455戴荣四,李芬,刘伟,等湘西地区山羊多头蚴感染调查与种类鉴定J中国人兽共患病学报,2009,2543913946董云伟,牛翠娟,鲍蕾,等单只轮虫DNA提取及其细胞色素C氧化酶亚基部分序列测定动物学研究,2002181837江世贵,刘红艳,苏天

7、凤,等4种鲷科鱼类的线粒体细胞色素B基因序列及分子系统学分析中国水产科学,2003,1031841888李连之,黄仲贤细胞色素C氧化酶研究新进展J无机化学学报,2001,1767617749李铁华,郭湘荣,胡铃,等我国五省美洲钩虫COI基因序列多态性分析中国寄生虫病杂志,2003,21421021310娄绘芬,黄艳青,吴信忠大黄鱼细胞色素P450CY4F7基因的克隆及表达分析J海洋学报,2008,30413113811彭居俐,王绪祯基于线粒体CO1基因序列的DNA条形码在鲤科鲌属鱼类物种鉴定中的应用J水生生物学报,2009,33227127612施大卫,王利,娄绘芳,等青石斑鱼细胞色素C氧化酶

8、亚基COX基因的克隆鉴定及表达分析J中国水产科学,20090446847513王敖金,徐建兴水对细胞色素C氧化酶膜的影响A第九次全国生物物理大会学术会议论文摘要集C,200213514王中华,应天雷,黄仲贤细胞色素C突变研究进展J化学通报,20101313615谢燕,江海洪,龚茜芬,等大鼠脑线粒体细胞色素C氧化酶亚基转录水平的影响J第三军医大学学报,2003,251198798916肖鹏,周宏灏细胞色素氧化酶CYPIA2的研究进展J中南大学学报医学版,2008,335606417杨天燕,高天翔3种鲻科鱼类线粒体CO基因片段序列的比较分析J中国海洋大学学报,2007,37SUP06106618杨

9、学明,郭亚芬罗氏沼虾3个群体线粒体CO基因的序列差异和遗传标记研究遗传,2006,28554054419张凤英,夏连军黄鲷线粒体CO基因部分序列遗传变异研究热带海洋学报,2005,245838920张新宇,高燕宁PCR引物设计及软件使用技巧生物信息学,2004,24151921ACHARDJORISM,GONZALEZP,MARIEV,ETALCYTOCHROMECOXYDASESUBUNITGENEISUPREGULATEDBYCADMIUMINFRESHWATERANDMARINEBIVALVESJBIOMETALS,2006,19323724422GENNISR,FERGUSONMILL

10、ERSSTRUCTUREOFCYTOCHROMECOXLDASE,ENERGYGENERATOROFACROHICLIFEJSCIENCE,1995,26952271063106423GASSERB,ZHUX,MCMANUSDPNADHDEHYDROGENASESUBANIT1ANDCYTOCHROMECOXIDASOSUBUNITSEQUENCESCOMPAREDFORMEMBERSOFTHEGENUSTAENIACESTODAJINTJPARASITOL,1999,29121965197024MAUDACHARDJORIS,PATRICEGONZALEZ,VRONIQUEMARIE,ETALCYTOCHROMECOXYDASESUBUNITIGENEISUPREGULATEDBYCADMIUMINFRESHWATERANDMARINEBIVALVESJBIOMETALS,2006,1932725WUW,SEHMIDTTR,GOODMANM,ETALMOLECULAREVOLUTIONOFCYTOCHROMECOXIDASESUBUNITINPRIMATESISTHERECOEVOLUTIONBETWEENMITOCHONDRIALANDNUCLEARGENOMESJMOLPHYLOGENETEVOL,2000,172294304