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引物查询方法.doc

1、 引物查询方法一共有两种查询引物的方法,包括 primerbank 和 primer3,当我们查到引物时,我们需要用 Pubmed 来验证。详细说明见下文。1.Primerbank用引物银行查询引物时,我们只需要输入引物的名称,种属网址:http:/pga.mgh.harvard.edu/primerbank/1.将 search by 修改为keyword2.将 species 修改为您所需要的种属,如mouse3.输入您所需查的基因的名字,如 atg5 4.点击 submit2.primer 3使用这个工具之前您需要在 Pubmed 中查到您的目的基因的序列,然后黏贴到primer3中,软

2、件便会自动设计引物。Pumed 的使用方法如下:网址:http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/您将得到所需查的基因的引物的结果点击这里,您将看到引物在编码序列中的位置点击这里绿色的部分,您可以看到这个引物的 Qpcr的结果修改为 nucleotide输入您的目的基因,如atg7最后单击search点击这里选种属筛选符合您需求的,我们是自噬相关的 atg7,因此选这个点击 fasta 选项这就是您所要的序列,复制Primer3网址:http:/bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/ 打开 primer3 的网址选中 pick left 和 pick

3、right修改为您所需产物的大小范围点击这个选项修改为 None黏贴如在 pubmed 中查到的基因序列这就是结果的页面这个是软件默认的最好的引物,下面还有其他引物完成引物的设计后,我们可以用 pubmedblast 来验证引物Blast网址:http:/blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi输入网址会显示以下页面,按照以下步骤便可验证下拉页面,您将看到软件对您的基因锁设计的全部引物.输入网址后选择网页下面的这个地方,primer blast输入查得的上下游引物的序列修改您所期望得到的扩增产物的大小,如 qpcr 一般在 200以内修改种属最后点击页面最下的此选项点击这个紫色的,这是引物的一个编号,您会看到详细的介绍大概就是这样,不足之处还望大家给予建议和谅解这个页面有引物的位置等信息点击这里您会看到一些文献是使用过 atg7 的,但不一定是您所查的那一个

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