1、MEV,MultiExperiment Viewer,zhangyi 2015.12.1,http:/www.tm4.org/mev.html,TM4,MeV：一个基于Java应用程序设计的微阵列数据识别的基因表达模式及差异表达基因分析软件。,1,MADAM（微阵列数据管理）：一个基于Java而设计的记录和检索微阵列数据并可建立数据库的软件。,2,TIGR spotfinder：是一个利用芯片扫描仪生成TIFF图像文件的图像处理软件工具。,3,MIDAS（TIGR基因芯片数据分析系统）：一个对微阵列数据进行筛选和规范化的工具，使原始实验数据通过各种数据规范化处理并通过用户设计方案进行转换分析。
2、,4,DNA Microarray,DNA微阵列（DNA Microarray）： 也叫寡核苷酸阵列（Oligonucleitide array），是人类基因组计划（Human Geneome Project，HGP）的逐步实施和分子生物学的迅猛发展及运用的产物，它是生物学家受到计算机芯片制造和广为应用的启迪，融微电子学、生命科学、计算机科学和光电化学为一体，在原来核酸杂交（Northern、Southern）的基础上发展起来的一项新技术，它是第三次革命（基因组革命）中的主要技术之一，是生物芯片中的一种。该技术的原理是在固体表面上集成已知序列的基因探针，被测生物细胞或组织中大量标记的核酸序列与
3、上述探针阵列进行杂交，通过检测相应位置杂交探针，实现基因信息的快速检测。,MEV,MEV,1,Download,MEV,JAVA,1,Download,MEV,2,JAVA,Java（计算机编程语言）： Java是一种可以撰写跨平台应用程序的面向对象的程序设计语言。Java技术具有卓越的通用性、高效性、平台移植性和安全性，广泛应用于PC、数据中心、游戏控制台、科学超级计算机、移动电话和互联网，同时拥有全球最大的开发者专业社群。,JAVA,http:/ 调整数据 度量 分析 显示 应用,FILE,FILE,FILE,FILE,ORGANISM,Abidopsis thaliana 拟南芥Ratt
4、us norvegicus 褐家鼠Drosophila melanogaster 黑腹果蝇Xenopus laevis 有爪蟾蜍Homo sapiens 现代人Mus musculus 小家鼠Bos taurus 牛Gallus gallus 原鸡Gaenorhabditis elegans 秀丽隐杆线虫Saccharomyces cerevisiae 出芽酵母Canis familiaris 家犬Danio rerio 斑马鱼,ORGANISM生物体,MEV,MEV,文件 调整数据 度量 分析 显示 应用,ADJUST DATE,基因/行的调节标本/列的调节对数转换数据筛选（过滤）标准化调整
5、强度为“0”,ADJUST DATE,标准化,通过均方根值进行划分,中位化,平均化,数字化,通过识别的刺激进行划分,ADJUST DATE,同上,ADJUST DATE,ADJUST DATE,低表达过滤,微列阵,MEV,文件 调整数据 度量 分析 显示 应用,METRICS,缺省距离欧氏距离曼哈顿距离（出租车距离）平均点积皮尔森相关皮尔森中心皮尔森平方泊松相关协方差斯皮尔曼等级相关肯德尔相关交互信息绝对距离,MEV,文件 调整数据 度量 分析 显示 应用,ANALYSIS,聚类统计分类分级数据约简Meta分析形象化混杂,层次聚类,层次聚类就是通过对数据集按照某种方法进行层次分解，直到满足某种
6、条件为止。,HCL,HCL,MEV,文件 调整数据 度量 分析 显示 应用,DISPLAY,样本/列的标记基因/行的标记颜色设计设置颜色比例界限设置元素尺寸设置字体类型设置字号大小绘图边界（设置图形边框）聚类视图选项,选择样本标记 默认出现的名称,编辑标记/重排样本 缩写样本名称 编辑/展示IDF现场,DISPLAY,DISPLAY,致密星团聚类颜色分组演示鼠标矩形自动排列聚类颜色,MEV,文件 调整数据 度量 分析 显示 应用,UTILITIES,搜索聚类应用附加基因注释输出Resourcerer（一种编辑软件源代码的工具）基因注释附加样本注释改变物种名称宣传,人工聚类分级聚类自动聚类,THANKS,
