最常见的基因变异——SNPSNP基础-太和医院.ppt

1、基因多态性研究的meta分析写作,十堰市太和医院牛 玉 明,内容概要,1、基因多态性meta分析的概论2、基因多态性的生物医学的基础知识3、基因多态性meta分析的相关知识4、实例演示,相关学科,生物医学的基础知识循证医学临床流行病学（生物/医学/卫生）统计学,概论,病因、危险因素,概论,诊断,概论,治疗、不良反应,概论,SNP基础知识,循证临床实践的PICOS原则：Population，Intervention，Comparison，Outcome，Study type,病因、危险因素,概论,SNP基础知识,循证临床实践的PICOS原则：Population，Intervention，Com

2、parison，Outcome，Study type,SNP基础,DNA - 氨基酸 - 蛋白质,DNA存在于细胞核和线粒体中，它携带合成细胞所需蛋白质的信息。每个基因含有一套指导信息，通常编码一个特定蛋白质。,SNP基础,基因变异是指DNA的序列组成或者结构在传递过程中发生了改变。根据其在人群中的分布和生物学效应，可将基因变异划分为DNA多态性和致病突变。根据DNA序列变异的物理形态及其对基因功能的影响，人类的基因变异可大致划分为点突变、大片段突变、段串联重复突变和拷贝数变异等四大类。以上的每一类基因变异都包含了DNA多态性和致病突变。,SNP基础,Human Genome Project

3、research showed that 99.9 percent of individual genes is the same, but there are sequences in a very small (0.1 percent) of genetic differences, which mainly were SNPs.SNPs (single nucleotide polymorphism) most commonly refer to single-base differences in DNA among individuals. Polymorphisms are usu

4、ally defined as sites where the less allele has a frequency of at least 1% in the population.SNPs present in the entire human genome, may be each 100-300bp existed a SNP, estimated that the total number in the millions, but for some purposes rarer variants are important as well.,核苷酸,磷酸,核苷,嘧啶：,嘌呤：,戊糖

5、,碱基,RNA,DNA,核酸,U、C、T,A、G,SNP基础,Gene Variation,Polymorphism,Mutation,CNV,SNP,Germline mutation,Somatic mutation,SNP基础,DNA与染色体结构,DNA 分子 (chromosome),碱基,A,T,G,C,SNP基础,SNP基础,蛋白质 2,蛋白质 1,非编码区,非编码区,基因 1 编码区,基因 2 编码区,SNP基础,DNA - 氨基酸 - 蛋白质,DNA,mRNA,SNP基础,DNA - 氨基酸 - 蛋白质,至少1%的人群,绝大多数人群,G to C,SNP 位点,最常见的基因变异

6、SNP,SNP基础,Some useful online SNP databases,http:/www.genome.utah.edu/genesnps/http:/snp500cancer.nci.nih.gov/snplist.cfmhttp:/www.ncbi.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed,基因检测的分类,预测性基因检测 多数用于多基因疾病的遗传风险预测诊断性基因检测 多数用于单基因疾病诊断个体化用药基因检测 用于指导临床药物治疗,SNP基础,检测基因多态性的实验方法PCR-SSCPPCR-RLFPPCR-SSOPCR-ASPDirect se

7、quencingSNaPshotdHPLCReal-time PCR,PCR-RFLP,Amplify the DNA fragment by PCR, then using specific enzyme digestion to cut into different fragments, gel-electrophoresis to distinguish. Different alleles of the restriction site distribution, have a length of DNA fragments of different bands.,-CACAGGAAG

8、CCTGCAGTCCTGGAA- Pst I -CACAGGAAGCCTGTAGTCCTGGAA-,Restriction enzyme,W/W,W/M,M/M,300bp,100bp,400bp,TaqMan原理,在PCR扩增反应时，一对两端有不同荧光标记的特异探针来识别不同的等位基因（allele1和allele2），5端为报告荧光基团，3端为淬灭荧光基团。 当探针以完整形式存在时，由于能量共振转移，荧光基团只发出微弱荧光。特异的探针与相应的等位基因杂合后，DNA聚合酶发挥5到3外切酶活性，将报告荧光基团切割下来，脱离了3端淬灭荧光基团的淬灭作用，从而发出荧光。,循证临床实践的PICOS原

9、则：Population，Intervention，Comparison，Outcome，Study type,SNPmeta,流行病学研究方法,描述性研究分析性研究实验性研究理论性研究,个案调查现况调查生态型研究,病例对照研究队列研究,临床实验现场实验社区实验,观察性研究,流行病学研究方法,SNPmeta,流行病学研究方法,SNPmeta,基因多态性与疾病的关联研究，通常采用病例-对照研究的方法，检测SNP的状态在病例组和对照组之间是否有差异。经过统计学处理，得到Odds Ratio(ORs)等信息。,SNPmeta,效应指标的选择,基因模型的选择,假设基因突变为A到B，则三种基因型分别为A

10、A，AB，BB。假定AA为野生纯合基因型，则AB为突变杂合基因型，BB为突变纯合基因型。则常用的基因模型为以下5种：BB vs. AA (homozygote)AB vs. AA (heterozygote)BB + AB vs. AA (dominant model)BB vs. AB + AA (recessive model)Allele B vs. Allele A,SNPmeta,被dbSNP数据库收录的每一个SNP均会被分配给一个不重复的，以rs加上阿拉伯数字组成的号码，如rs1799793。检索SNP常用的网站是： dbSNP数据库：www.ncbi.nlm.nih.gov/pr

11、ojects/SNP,SNPmeta,SNP信息的查询,www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP,SNPmeta,SNP信息的查询,制作（基因多态性）Meta分析的基本步骤1、提出问题，制定研究计划2、文献检索3、选择符合纳入标准的研究4、被纳入研究的质量评价5、提取纳入文献的数据信息6、资料的统计学处理7、结果及讨论,基因多态性研究的Meta分析制作的步骤,SNPmeta,SCI论文的框架结构多态性meta分析论文的模式类似八股文的模拟专业知识的填充统计学知识的运用,SNPmeta,SNPmeta,1、提出问题，制定研究计划,SNPmeta,SNPmeta,2、文献

12、检索：Medline, Embase, Web of science,中文数据库等（注意兼顾查准和查全）。3、选择符合纳入标准的研究4、被纳入研究的质量评价,SNPmeta,5、提取纳入文献的数据信息：主要是基因型分布情况。6、检验对照组基因型分布是否符合哈-温平衡(HWE)。,SNPmeta,SNPmeta,7. 选择最适合的遗传模型。假设基因突变为A到B，则三种基因型分别为AA，AB，BB。假定AA为野生纯合基因型，则AB为突变杂合基因型，BB为突变纯合基因型。则常用的基因模型为以下5种：BB vs. AA (homozygote)AB vs. AA (heterozygote)BB +

13、AB vs. AA (dominant model)BB vs. AB + AA (recessive model)Allele B vs. Allele A8. 数据输入Stata或Revman进行分析。,SNPmeta,SNPmeta,SNPmeta,SNPmeta,SNPmeta,SNPmeta,rs1799793G23591AAsp312Asn,SNPmeta,Asp - Aspartic acid - 天冬氨酸 - DAsn - Asparagine - 天冬酰胺 - N,SNPmeta,SNPmeta,7. 对结果进行解释。8.遵循报告规范发表论文（PRISMA、MOOSE）。,SNPmeta,SNPmeta,SNPmeta,SNPmeta,SNPmeta,SNPmeta,SNPmeta,SNPmeta,SNPmeta,SNPmeta,1057179657QQ.COM,谢谢！,