感染性疾病与个体遗传背景-缪晓辉.ppt

1、感染性疾病与个体遗传背景,长征医院 缪晓辉,影响感染性疾病结局的因素,病原体个体因素,影响感染性疾病结局的因素,病原体毒力的差异耐药基因基因变异基因型 等等,影响感染性疾病结局的因素,个体因素年龄、基础疾病个体的遗传背景不同种群感染同一种病原体的结局不同不同个体感染同一种病原体的结局不同不同个体对同一种治疗措施的反应不同,个体遗传背景,感染性疾病的定义：病原体的侵入斗争与妥协的过程免疫系统对感染性疾病不同结局的基础性作用!,个体遗传背景,不能割裂地看待宿主与病原体,个体遗传背景,Host-pathogen interactions in emerging and re-emerging inf

2、ectious diseases:.,Annual Review of Public Health; 2000; 21, 15,遗传背景的研究方法,候选基因法HLA复合体细胞因子多态性病原体受体多态性全基因组扫描微卫星多态性SNP差异筛选 等等,候选基因法,确定候选基因：HLA复合体、各细胞因子基因、Vit-D受体、甘露糖结合凝集素(MBP)，等等候选基因突变体的筛查：IMGT(ImMunoGeneTics project)/HLA DatabaseCytokine Gene Polymorphism Database 关联/连锁分析：？基于群体遗传学的关联分析(如病例对照研究)连锁分析：核心

3、家系、患病同胞对功能或机制研究：？,几种重要感染性疾病的遗传背景研究,结核HIV病毒性肝炎HBV HCV疟疾,Tuberculosis,Tuberculosis,continued,HIV Infection,Malaria,Malaria,continued,Hepatitis B,HLA Class I 6p21.3 A*0301 + With HBV clearance 12.9% B*4402 + With HBV persistence 14.7%(B*44) B*4403 +,Hepatitis C,HLA Class IIDQB1*0201,DQB1*03, DQB1*0301,

4、DQB1*0302,DRB1*01, DRB1*0101,DRB1*0301,DRB1*04, DRB1*0401,DRB1*11, DRB1*1101,DRB1*1104, DRB1*12,DRB1*1302, DRB3*03,DRQ1*1101,DQA1*03,DQA1*0501,HLA Lass I A*1101, B*57,Cw*0102,6p21.3,6p21.3,Associated with better HCV outcomes,Associated with better HCV outcomes,+,+,几种重要感染性疾病的遗传背景研究,国内的研究情况,主要集中在乙型病毒性

5、肝炎结局与HLA-II类分子、以及细胞因子多态性等的关联分析报告的HLA II类分子(汉族人群)包括:易感： DRB1*0301、DQA1*0501 、DQB1*0301、DRB1*120X、DR3等。保护：HLA-DRB1*1101/1104 和 HLA-DQA1*0301 未就HLA I类分子与HBV感染结局的关系进行研究,应注意的几个问题,人种差异关于实验设计病例组/对照组的选择样本量的问题HLA分型的技术方法统计分析的问题关于病原与宿主的关系,应注意的几个问题,1.人种差异：,http:/www.ihwg.org,1.人种差异：,应注意的几个问题,应注意的几个问题,2.关于实验设计的问

6、题病例组与对照组的选择问题要尽可能控制能够影响感染结局的其它因素：如感染时的年龄、基础疾病、合并症等暴露强度尽可能均一关于样本量的问题,应注意的几个问题,3.HLA分型的技术方法血清学的方法Sequence-Specific Oligonucleotide ProbesPrimers: 73Probes:577Sequence-Based Typing,应注意的几个问题,4.关于统计分析的问题Hardy-Weinberg遗传平衡检验,应注意的几个问题,5.病原体与宿主的相互作用问题,HLA复合体多态性与HBV持续感染的关系研究,病例对照研究设计(病例:对照=1:2)候选基因：HLA-A，HLA

7、-B，HLA-DRB1上海地区汉族人群病例组：成年感染HBV，持续HBV DNA阳性对照组：成年人在未接种乙肝疫苗的情况下出现任何一种或多种HBV相关抗体阳性，HBV DNA阴性样本量已调查421人。病例组：71例，对照组：128例。,HLA复合体多态性与HBV持续感染的关系研究,主要的检测指标：HBV血清学标志物HBV DNA检测HBV基因型检测HLA分型检测,人基因组标本的质控：Fast2000人全血基因组抽提试剂盒琼脂糖凝胶电泳TNF启动子多态性片段的扩增和测序HLA测序分型的质控：中国1%人类基因组计划北方中心(华大基因)测序专业软件分型送检已知HLA基因型的参照标本同一标本重复编号送

8、检,HLA复合体多态性与HBV持续感染的关系研究,统计分析流程：Hardy-Weinberg Equilibrium Test(遗传平衡检验)连锁不平衡分析等位基因频率、相关等位基因阳性个体频率的单因素分析(卡方检验) HLA-A，HLA-B，HLA-DRB1等位基因频率与其它汉族人研究样本相应位点等位基因频率的比较多因素分析(Logistic回归)单倍型分析统计软件：Cervus, GenePop，SAS 8.1e,HLA复合体多态性与HBV持续感染的关系研究,HLA复合体多态性与HBV持续感染的关系研究,统计分析流程：8.数据格式,参照人群,Southern Han Chinese fro

9、m Peoples Republic of China (2n=564) (HLA I)Singapore Chinese from Singapore (Han-Chinese 2n=298) (HLA I)Chinese from Hong Kong (Han-Chinese 2n=1141 of 1144) (HLA I)武汉汉族：2n=240 of 242 (HLA II)(SHCZ：2n=346),基因组DNA质控：,HLA复合体多态性与HBV持续感染的关系研究,HLA测序分型的策略,HLA-A,B Sequencing-Based Typing,HLA测序分型的策略,HLA-DRB

10、 Sequencing-Based Typing,2.华大基因HLA测序分型结果：,HLA复合体多态性与HBV持续感染的关系研究,2.华大基因HLA分型结果：,HLA复合体多态性与HBV持续感染的关系研究,HLA复合体多态性与HBV持续感染的关系研究,Hardy-Weinberg Equilibrium Test：(Minimum Expected Frequency=3),*: P0.05,HLA-A 主型、主型阳性个体频率分析,HLA-A亚型、亚型阳性个体频率分析,HLA-A*0207在不同汉族人群中的分布,HLA-A的其它分析,杂合优势分析,SHCZ HLA-A*0207 vs其它三个汉

11、族人群的HLA-A*0207,HLA-A等位基因的单因素分析结论,尚不能认为HLA-A主型等位基因在病例组与对照组间的分布频率存在显著差异在病例组与对照组间HLA-A*0207亚型等位基因频率存在显著差异(2=11.450, P=0.0007, OR=3.1121, CI: 1.5736 6.1547)。HLA-A*0201和HLA-A*0206在病例组和对照组间的分布频率差异不显著(P0.05)在病例组与对照组间HLA-A*0207亚型等位基因阳性个体频率存在显著差异(2=6.7736, P=0.0093, OR=2.7957)，HLA-A*0201和HLA-A*0206阳性个体分布频率差异

12、不显著(P0.05)HLA-A*0207在四个汉族群体中检出频率差异不显著HLA-A*0207可能是成年人HBV持续感染的易感基因或与其在存连锁,HLA-B等位基因的单因素分析结论,HLA-B*13、*51、*46等位基因频率及相应的阳个体在病例组与对照组间分布频率差异显著(P均小于0.05)，三种主型等位基因在五个汉族人群的分布频率无显著差异(P均大于0.0056)HLA-B*1302、*4601在病例组与对照组间分布频率差异显著(P=0.0326、0.0069)；对应阳性个体频率的分布频率亦存在显著差异(P=0.0216、0.0172)；HLA-B*4601 SHCZ与其它三个汉族人群中的

13、分布无差异(P均大于0.0083)；HLA-B*1302的频率分布差异显著。HLA-B*4601可能是成年人HBV持续感染的易感基因或与其连锁(P=0.0069, OR=2.5287, CI: 1.2679 5.0431),HLA-DRB1等位基因的单因素分析结论,在病例组与对照组间未发现频率分布存在显著差异的HLA-DRB1等位基因HLA-DRB1等位基因在SHCZ汉族人群与武汉汉族人群中的总体分布频率差异有统计学意义。分布存在差异的等位基因为：DRB1*1501和DRB1*1201(P=0.0129、0.0025)DRB1*0301在SHCZ汉族样本的病例组与对照组中的基因频率分别为：4.0%和5.8%，差异无统计学意义DRB1*1101在SHCZ汉族样本的病例组与对照组中的基因频率分别为：9.5%和6.4%，差异无统计学意义,