1、实用生物信息技术课程第 9 次作业1河豚鱼基因组序列片段和多药耐药基因序列分析姓名 学号 组号 日期 年 月 日1. 研究背景和文献阅读1) 阅读刘勇博士论文，简述该论文的研究目的、研究方法和主要研究结果。2) 阅读河豚鱼基因组测序计划相关论文，说明河豚鱼基因组特点。3) 阅读 NCBI 免费书架提供的 ABC 转运蛋白超家族（The Human ATP-Binding Cassette (ABC) Transporter Superfamily）网络书籍及其它相关论文，简述 ABC 转运蛋白超家族分类和功能，说明人 ABCB1 家族（即多药耐药基因家， Mutidrug Resistance
2、）的基因结构、染色体定位、序列特征和主要功能。4) 阅读 Molecule of the Month 有关多药耐药蛋白的文章，说明哺乳动物和细菌多药耐药蛋白的异同。2. 数据库检索和序列分析1) 检索 UniProtKB 序列数据库中 ABCB1 基因家族，列表说明已经过人工审阅的序列条目；对上述序列进行多序列比对，说明比对结果。2) 浏览人多药耐药基因蛋白质注释信息、文献报道和数据库交叉链接，说明其功能、亚细胞定位、组织特异性、互作蛋白、结构域特征、剪接变体、序列特征、基因结构、基因组定位、表达特异性等。3) 检索核酸序列数据库中人 ABCB1 基因的 mRNA 序列，提取其编码区核苷酸序列
3、，并将其翻译成蛋白质序列。 3. 河豚鱼柯氏质粒基因组序列片段分析1) 提取 GenBank 中刘勇等提交的柯氏质粒河豚鱼基因序列片段全长序列，用点阵图方法确定其中是否包含重复片段。2) 用多种方法预测上述河豚鱼基因组重复片段基因结构，比较它与人 ABCB1 基因结构的异同。3) 分析上述重复序列的全长基因 DNA 序列、编码区序列及其翻译得到的氨基酸序列的相似性，说明分析结果。4) 用 WebLab 中 coderet 程序提取上述柯氏质粒河豚鱼基因组序列条目中所有基因的编码区序列和所编码的氨基酸序列。5) 用点阵图方法分析上述提取的序列中第一个基因（即多药耐药基因 MDR2）所编码的氨基酸
4、序列，说明是否有重复结构域。6) 用多种跨膜螺旋预测程序预测上述 MDR2 蛋白质序列中可能的跨膜螺旋。4. 数据库搜索1) 以上述河豚鱼基因组多药耐药基因全长序列，用 BlastN 搜索人基因组核酸序列数据库，调节不同参数，比较搜索结果。2) 以上述河豚鱼基因组多药耐药基因编码区序列，用 BlastX 搜索人基因组蛋白质序列数据库，调节不同参数，比较搜索结果。3) 以上述河豚鱼基因组多药耐药基因氨基酸序列，用 BlastP 搜索人基因组蛋白质序列数据库，调节不同参数，比较搜索结果。4) 分析上述搜索策略，说明 Blast 数据库搜索工具的正确使用方法，举例说明不同参数对结果的影响。5. 归纳总结1) 通过以上河豚鱼柯氏质粒基因组序列片段分析过程，说明基因组序列分析的一般方法，实用生物信息技术课程第 9 次作业2所用软件种类和基本原理，以及不同软件的适用范围和优缺点。2) 将以上基因组序列片段分析方法用于与你研究课题相关基因组序列分析，说明分析结果。
