1、实用生物信息技术课程第 5 次作业1系统发生树构建和分析姓名_ 学号_ 分组编号_ 日期_年_月_日1. 以人珠蛋白基因家族 12 个成员蛋白质序列，采用 MEGA 7 邻接法（Neighbor-Joining）及默认参数，构建系统发生树。参阅 Burmester 和 Hardision 论文，说明人珠蛋白基因家族 12 个成员之间的演化关系。2. 以人珠蛋白基因家族 12 个成员核苷酸编码区序列，采用 MEGA 7 邻接法及默认参数，构建系统发生树。比较蛋白质序列和编码区序列构建的系统发生树的异同。3. 以人珠蛋白基因家族 12 个成员蛋白质序列，采用 MEGA 7 邻接法，选择不同氨基酸替
2、换模型（Substitution Model） ，分别构建系统发生树，比较所构建的系统发生树的拓扑结构和稳定性值（Bootstrap value） ，说明不同替换模型对结果的影响。4. 以人珠蛋白基因家族 12 个成员编码区序列，采用 MEGA 7 邻接法，选择不同核苷酸替换模型，分别构建系统发生树，比较所构建的系统发生树的拓扑结构和稳定性值（Bootstrap value） ，说明不同替换模型对结果的影响。5. 从 209 个不同物种血红蛋白 alpha 数据表（http:/ 软件中 User Tree/Display Newick trees 绘制系统发生树。从 UniProt 中提取它们
3、的蛋白质序列，采用 MEGA 7，构建系统发生树。选择适当的方法、模型和参数，以获得稳定性较好的系统发生树。比较所构建的基于分子数据的系统发生树与基于传统分类学的系统发生树的异同。6. 以人、小鼠和大鼠三个物种珠蛋白家族 37 个成员编码区序列，分别采用 MEGA7 中邻接法、最大简约法和最大似然法构建系统发育树，选择适当的替换模型和参数，比较采用不同方法、不同模型和不同参数时所构建的系统发生树的拓扑结构和稳定性值。7. 根据上述人、小鼠和大鼠三个物种珠蛋白家族 37 个成员编码区序列系统发生树，参阅ABC Example，说明珠蛋白基因家族的起源和演化。8. 将上述珠蛋白家族系统发生树构建的
4、思路、策略和方法用于你自己的课题研究，阅读相关文献，说明系统发生分析对课题研究的作用。参考文献1. Burmester T, Ebner B, Weich B, Hankeln T. Cytoglobin: A Novel Globin Type Ubiquitously Expressed in Vertebrate Tissues. Mol. Biol. Evol. 2002 Apr; 19(4):416-421.2. Hardison RC. Evolution of hemoglobin and its genes. Cold Spring Harb Perspect Med. 2012 Dec 1;2(12):a011627
