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项目建设运营过程中的税务处理由于目前我国对PPP项目建设运营，没有统一的税收政策，而是散布于多个税种的政策文件或税务总局的通知或答复函中，并没有形成统一的权威性的说法，根据我司咨询实践，发现各地区税务部门对政府付费/补贴是否须项目公司缴纳增值税及增值税适用税率按“建筑业”11%，还是按“服务”6%计取，莫衷一是。1、项目公司计税方式的选择（1）采用一般计税的处理方式：目前绝大多数PPP项目均按一般计税的方式考虑。建设阶段，项目公司将建筑工程承包给施工企业的，施工企业按建筑业增值税纳税人，按其工程承包额缴纳增值税。项目公司作为发包方按项目全部工程建设成本出所取得可抵扣的进项税额。在运营阶段项目公司对所取得的收入按照其销售的货物、服务适用的税率计税。在该模式下项目公司为平衡自身税负，更倾向于取得尽可能多的增值税专用发票用以抵扣进项税额。某路网PPP项目在合同中约定施工单位向项目公司开具工程费用增值税发票，工程费用和对应的增值税纳入总投资，税点为11%；项目公司获取可用性服务费及绩效服务费时向政府方以一般纳税人、适用税点6%向政府方开票，项目公司进项税可以抵扣销项税，
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