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检验分子水平自然选择的方法在选择主义与中性主义的争论中，中性理论提出了很多的假设，其中的许多涉及到群体内等位基因频率分布，以及种内-种间遗传变异的关系。因此，可以利用统计学模型来验证中性学说的正确性，即把中性理论作为统计学检验的零假设（null hypothesis），非中性选择作为选择性假设（alternative hypothesis），如果这个零假设被显著地拒绝（significantly rejected），那么中性假设将被认为是不合适的（Kimura and Ohta 1971）。关于在分子水平验证选择的方法，Garrigan和Hedrick（2003）认为可以按照种群的当前世代，种群的短期历史和物种的长期演化历史三种时间尺度来划分为三类。然而，选择是一个长期作用的过程，种群的当前世代体现出来的临时状态无法真实反映选择的作用；并且这种时间尺度的划分也不利于寻找种内-种间遗传变异所反映的选择信号。Nielsen（2005）则把选择检验分为群体遗传学检验（population genetic approaches）和比较数据检验（comparative data appr
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