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生物大分子模拟.doc

第一1、 computational biology计算机生物学是利用计算的方法对复杂生命现象和过程进行研究和预测的科学。它是理论与数据分析、数学建模和计算机模拟在生物学、行为学、社会群体系统中的应用与研究。它是数学、生物、物理、化学和计算机科学等高度交叉的学科,并与人类的生活与健康紧密结合。2、 the four choices, define a model for a computer simulation自由度、力场、外部环境、运动方程第二分子模型的代表:量子力学、量子/分子力学、分子力学、联合原子模型、粗粒化模型分子力学,又叫力场方法(force field method),是基于经典牛顿力学方程的一种计算分子的平衡结构和能量的方法。与量子力学不同,它求解的是Newton方程,而不是薛定谔方程。(用量子力学处理分子,计算量特别大,因此量子力学方法适用于处理小分子体系。分子力学计算量较小,更适合于大分子体系,可考虑额外效应)简单分子力场:分子力场是分子力学的核心;简单作用模型;力场的可移植性成键/非键相互作用:键长、键角、二面角、范德华作

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