1、实用生物信息技术课程第 7 次作业1斑头雁血红蛋白序列、结构、功能、进化分析姓名_ 学号_ 日期_年_月_日1. 文献检索1) 以“hemoglobin” 检索 PubMed 文献摘要数据库。该数据库中收录斑头雁、灰雁和安第斯雁血红蛋白相关文献共_篇，其中_篇为综述。2) 上述文献中有关蛋白质晶体结构的文献共_篇，已经测定的结构包括_，其 PDB 代码为_。2. 序列比对1) 以“bar-headed goose hemoglobin”检索 UniProt/Swiss-Prot 序列数据库，该数据库中收录斑头雁序列共_条，其中血红蛋白序列_条。斑头雁血红蛋白 A 链序列登录号为_，名称为_。
2、2) UniRef 数据库中与该序列条目相似性高于 90的序列共_条，其中 Swiss-Prot数据库中收录_条。3) 下载上述 Swiss-Prot 数据库中收录的与斑头雁血红蛋白 A 链相似性高于 90的序列物种序列，进行多序列比对，结果表明，上述序列中变异位点共_个，约占_%，其中信息位点_个，约占 _%。3. 系统发育树构建1) 从 UniProt 数据库中提取鸟类代表性谱系血红蛋白不同亚基蛋白质序列，构建系统发生树。2) 分析所构建的系统发生树，说明斑头雁和其它鸟类的系统发生关系。 4. 结构分析1) 用蛋白质结构图形显示软件 Swiss-PdbViewer 比较斑头雁氧合血红蛋白（
3、1A4F ）和灰雁氧合血红蛋白（1FAW ）空间结构。斑头雁氧合血红蛋白 B 链有_个组氨酸残基，其中_与血色素环中央鉄原子共价结合，键长_埃；_与血色素环中央氧原子（OXY150）以氢键结合，键长为_埃；2) 用结构叠合（Fit ）方法将斑头雁氧合血红蛋白 A 链 链二聚体和灰雁氧合血红蛋白 A 链 B 链二聚体按碳（CA ）叠合，叠合后均方根误差（ Root Mean Square Deviation, RMSD）为_埃；3) 找出斑头雁和灰雁血红蛋白 A 链第 119 位差异残基；斑头雁血红蛋白中该残基为_，其侧链碳原子（CB）与 B 链上距离小于 4 埃的残基共_个，分别为_；灰雁氧合血红蛋白中该残基为_，其侧链、 碳原子（CB、CG、CD）与 B 链上距离小于 4 埃的残基共_个，分别为_。5. 根据上述分析结果，阅读相关文献，简述斑头雁血红蛋白序列、结构、功能和进化关系。6. 将以上斑头雁血红蛋白分析策略用于自己课题相关蛋白质序列、结构、功能和演化分析，说明分析结果。
