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刘芳 2015.12.11 系统发育分析方法系统发育分析常用方法 一、基于距离方法 Distance based (Algorithmic) methods 二、基于特征符方法 Character based (Tree searching) methods Maximum parsimony (MP) Maximum likelihood (ML) Bayesian inference (BI) unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA) Neighbor-Joining Method (NJ) Minimum Evolution (ME) Fitch-Margoliash Method (FM)方法 基本特征 适用范围 优 点 缺点 NJ 不需要分子钟 假设 ，是基于 最小进 化原理，进 行类 的合 并时 ，不仅 要求待合并的类 是相近的，而且要求待合并 的类远 离其他的类 。 远缘 序列，进 化距离不 大，信息位点少的短序 列 假设 少，树 的构建相对 准确，计 算速度快，只 得一颗树 ，可以分析较 多的序列
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