用MCPB.py 的方法生成锌离子力场整体思路：按照tutorial（ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial20/mcpbpy.htm ）去做。用到的软件：Amber (AmberTools 15 or Higher) 及Gaussian09制作人：月牙泉tutorial 具体操作过程中遇到的问题及解决方法 1 、准备PDB 、mol2 文件 制作ZN.pdb: 新建文件，从原pdb 文件中复制出ZN 的pdb 文件信息，保存成pdb 格式。 运行：antechamber -fi pdb -fo mol2 -i ZN.pdb -o ZN_pre.mol2 -at amber -pf y 手动修改生成的ZN_pre.mol2 文件中的的ZN 离子类型为ZN （一定要注意大小写），并修改电荷为2.0 ，然后另存为ZN.mol2 。 2 、加氢 （网址：biophysics.cs.vt.edu ）, 保存top ，crd文件。 运行：ambpdb -p 0.15_80_10_pH7.2_3spu.top -c 0.15_80_10_pH7.2_3spu
