蛋白结构解析流程概要(共2页).doc

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精选优质文档-倾情为你奉上结构解析和修正流程以下是我总结的晶体结构解析方法:I 分子置换法使用condition:目标蛋白A有同源蛋白结构B,同源性30%以上。用到的软件及程序: HKL2000, CCP4, COOT, Phenix, CNS,解析过程: 收集数据(X-RAY)- hkl2000 处理数据- 置换前数据处理分子置换(ccp4Molecular Replacement-MR) -COOT手工修正,氨基酸序列调换 -phenix refine-coot 手工修正 phenix refine。_拉氏构象图上outlier为0为之,且R-free,R-work达到足够低的值。 -phenix 加水refine(溶剂平滑)。(若修正过程中有bias 最好也用CNS修正一下)II 同晶置换法-硒代蛋白使用condition: 目标蛋白没有同源结构。用到的软件及程序:HKL2000, CCP4, COOT, Phenix, CNS,解析过程:收集数据(X-ray 硒代蛋白及母体蛋白)- h

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