分子模拟PPT课件—第三章-tinker软件包的使用.ppt

上传人:晟*** 文档编号:10433168 上传时间:2022-01-15 格式:PPT 页数:24 大小:384KB
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资源描述

分子力学应用 -TINKER 软件包的学习使用TINKER 简介TINKER 软件包(http:/dasher.wustl.edu/tinker/ )是Jay William Ponder 教授开发的一个较完整的分子模拟软件包,涵盖分子力学、分子动力学的计算。 可以使用许多常用的力场及参数,如Amber (ff94, ff96, ff98, ff99), CHARMM (19 and 27), Allinger 的MM (MM2-1991 ,MM3-2000), OPLS (OPLS-UA, OPLS-AA, OPLS-AA/L), Liam Dang 的极化力场, Ponder 等发展的AMOEBA 极化原子多极矩力场。 配有一个可视化图形界面 软件FFE ,可以进行辅助模型构建和部分程序的执行计算。TINKER 的Windows 版本 FFE 图形界面 图形显示- 分子树 关键词编辑器 模拟命令 输出文件 DOS 窗口命令行 注意:程序安装在C: 盘,路径、文件不能有中文字符。TINKER 的Windows 版本 FFE 图形界面 图形显示- 分子树 关键词编辑器 模拟命令 输出文

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