1、大型机使用手册快速使用指南 用户软件环境加载 可加载的软件环境列表可以在命令行使用下面的命令获取或查看本手册后续部分 module avail 由用户根据自己使用的 shell在下列文件中通过 module load / unload命令来加载 /卸载自己所需要的运行环境 .bash_profile/.bashrc （ bash shell ) .cshrc/.tcshrc (csh / tcsh) .kshrc (ksh) 可以在命令行使用下面的命令，获取自己使用的的 shell 信息echo $0 示例 shell为 bash，希望登录后自动加载 mvapich2, ncl, netcdf
2、, grads等的软件环境信息，则把下列命令添加到 /.bashrc中module load mvapich2 netcdf ncl GrADS快速使用指南 加载注意事项 编译器模块必须第一个加载 如需要的环境与系统缺省设置不一致，先用下面命令清除，再加载需要的环境module purge 加载编译器后，再加载其他的应用模块 有依赖关系的模块，在加载时需要注意先后顺序，例如 ncl/6.1.2依赖 hdf5/1.8.11, netcdf/4.3.0 netcdf/4.3.0依赖 hdf5/1.8.11 其加载顺序为module load hdf5/1.8.11 netcdf/4.3.0 ncl
3、/6.1.2 加载缺省版本模块时，可以不用指明版本号 可通过 env命令来查看模块加载后进行的相关设置，例如，模块的安装位置，有关的环境变量设置等快速使用指南 PBS脚本设置 以下 PBS指令为必需指令#PBS P project_no (项目号 )#PBS -q queue_name (队列名 )#PBS -l walltime=hh:nn:mm (墙钟限制） PBS脚本中 MPI程序运行方式mpirun -np nproc my_mpi_app.exe注意： 1. 不需要指定 -hostfile 参数2. 现在启用了墙钟限制，脚本有可能需要根据相应的墙钟限制进行调整，避免由超时造成强制中断
4、而的问题示例脚本在 /nuist/p/public/app/scripts/pbs_example快速使用指南 目录设置/nuist/u/home/$LOGNAME ( 用户主目录， 个人配额 10G)/nuist/p/work/$LOGNAME (用户工作目录 , 个人配额 500G）/nuist/scratch/$LOGNAME (用户临时目录 , 个人配额 5T）/nuist/p/public/app (常用软件包安装目录，例如： NetCDF, NCL等）/nuist/p/public/data (共用数据存放目录，例如： WRF地形数据等） 系统预定义的目录环境变量$TEMPDIR
5、/nuist/scratch$WORKDIR /nuist/p/work$APPDIR /nuist/p/public/app一 系统简介 集群计算节点 308台 两路六核 IBM HS22刀片服务器 ,共 3696个核 存储 一个 38TB高速 SAS硬盘做成1. /nuist/u/home ( 8.4 T )2. /nuist/p/public ( 30 T ) 一个 706TB近线 SAS硬盘做成3. /nuist/p/work ( 214 T )4. /nuist/scratch ( 492 T )二 存储空间设置 卷功能 配 额 删 除策略 备 份/nuist/u/home 10G/
6、用 户 不做 删 除 备 份/nuist/p/work 500G/用 户 当文件系 统 的可用空 间 低于 10%的 时 候将删 除一定 时间 以上的文件（如 90天）不 备份/nuist/scratch 5T/用 户 当文件系 统 可用空 间 90天的当文件系 统 可用空 间 30天的当文件系 统 可用空 间 7天的不 备份/nuist/p/public 不做 删 除， 用于保存共用的基 础 数据，例如地形数据等备 份磁盘空间配额使用查询mmlsquota u username 三 运行环境设置 编译器 Intel 11.1.046 / 12.1.0.233 PGI 11.7 / 13.3
7、GNU 4.4.6 / 4.7.2 / 4.8.2 并行环境 OpenMPI 1.4.3 / 1.6.5 MVAPICH2 2.0b 软件环境管理 Environment Modules 3.2.10三 运行环境设置 软件包 /库安装位置 /nuist/p/public/app /nuist/p/public/data /usr/lib64 /usr/include /usr/bin三 运行环境设置 已安装的软件包 /nuist/p/app名称 版本 编译器实现CDO 1.6.2NCL 6.1.2 Intel, GNU, PGINCO 4.3.7NCVIEW 2.1.2VIS5D+ 1.2.1GrADS 1.8, 1,9, 2.0.2OpenGrADS 1.10, 2.01
