1、陈成1、国内的一些有针对性的数据库BIOSINO我国的核酸序列公共数据库更像是一个论坛，有一些提问，互动等功能，信息的筛选也不是特别的严格。但是规模较小0 条记录可以看出网站的维护和使用都不怎么频繁。其他许多网站也没有明显的巨大差距。2、国内的一些大型数据库中国知网大部分高校已经购买了它的资源，是国内较权威、全面的数据库。主要是文献下载，不针对我们实验过程中对数据遇到问题时的解答。冀鼎觉SciFinderSciFinder使用简介SciFinder Scholar是美国化学学会（ACS）旗下的化学文摘服务社CAS（Chemical Abstract Service）所出版的Chemical A
2、bstract化学文摘的在线版数据库学术版。其内容涵盖应用化学、化学工程、普通化学、物理、生物学、生命科学、医学、聚合体学、材料学、地质学、食品科学和农学等诸多领域。http:/www.cas.org/products/scifinder/SciFinder是可以与交大图书馆相连的，在找到文献时，可以直接连接到交大图书馆进行检索帮助。下面以检索Molecular Dynamics为例简单解释其使用。在登进SciFinder之后会进入检索界面。上图即为 SciFinder的文献检索界面，可以对文件类型，语言，作者等信息作初步筛选。除此之外也可以看到左面可以选择对作者，公司，杂志，专利进行直接检索
3、。在搜索之后会出现题目和内容相关两种文献分类，如我们选择内容相关Molecular dynamics，点进Get Reference。这是检索完成的结果。我们可以看到，在Reference字样之后又Getsubstances等字样，我们可以通过这些选项获取选定文献中相关的物质、反应、相关的引用及被引用等。在右侧可以看到Analysis以及Refine选项。现在显示的是Analysis中的Journal Name选项，可以看到对于MD来说，JCP, JPC, Biochemistry, JACS等杂志具有较多的信息。除此之外，还有对作者，公司的分析，为我们对相关内容的行业情况的了解提供了方便。R
4、efine即对相关文献进行提炼，即对标题，语言等选项进行选择。如图为对选中的文献进行refine，选择出是中文的文献。Explore Reference 模块大致就是如此。除此之外的对物质及反应的搜索模块 Explore Substances 和 Explore Reactions 的界面类似，同样十分友好，大家可以自行探索。刘士毅 UCSC Genome BioinformaticsUCSC Genome Bioinformaticshttp:/genome.ucsc.edu/5100809083 刘士毅这是一个非常常用的基因搜索工具，包含了许许多多实验室最新的测序结果。这是基因搜索界面，可
5、以定位想要搜索的基因的位置进到如上界面时我们可以通过界面看到所有不同结果（左列）在基因区域的分布而在这里我们可以选择想要在界面显示的序列，每个父项都可以展开，每个父项都有许多的子项供选择彭思杰 IntAct链接：http:/www.ebi.ac.uk/intact/介绍：EBI 下的一个蛋白质互作信息数据库，里面包含了模式生物以及常见生物的蛋白质互作信息。除了通过搜索查找蛋白质互作的信息，IntAct 还提供了一些 tools：Proviz 和Validator，前者用于图形可视化，后者未使用过，所以不是很清楚。这两个软件以及数据库的资料都可以免费在 ftp 中进行下载。如上图就是 IntAc
6、t 的一个搜索结果界面。里面包括了参与反应的两个分子以及反应类型等信息，左上角也提供了各种格式的结果下载，可以进行批量下载。沈方舟 InterProInterPro：http:/www.ebi.ac.uk/interpro/简介：InterPro是大型综合生物信息学数据库 EMBLEBI 下属的一个数据库，该数据库的功能是蛋白质序列分析与分类，该数据库通过多种特征将蛋白质按家族分类并且预测域（domain）和功能性位点。InterPro 可以提供域、蛋白质家族及位点的相关信息。数据库使用：1. 网页搜索：如下图所示，直接搜索 ID 可以得到 ID 的相关信息，包括综述、相关蛋白质、域组织、通路
7、与相互作用、物种、结构、文献和交叉引用。InterPro 支持搜索的ID 除了其自身数据库的 ID，还可以用 pfam（蛋白质域数据库）或 GO（基因注释）的 ID 进行搜索。除此之外，InterPro 还支持关键字搜索，如下图所示，搜索关键字的结果一般会有许多结果。从图中左侧可以看出 InterPro 所包含的信息有四种，包括蛋白质家族、域、蛋白质重复和位点。另外右上的 showmoredata 可以链接到 EMBLEBI 以获取更多的相关信息。最后，作为作为蛋白质序列分析的数据库，InterPro 也支持直接分析蛋白质序列，下图是序列搜索结果的页面。2. 数据下载除了在网页上搜索外，要获得更多的数据可以登陆其 FTP 进行下载。
