1、The world leader in serving science,整体方案，带您玩转肿瘤免疫治疗研究,肿瘤治疗进入了免疫治疗的时代,传统疗法,手术切除(中早期 首选)化疗放疗针对-癌细胞相对便宜放、化疗副作用 相对大,靶向疗法,小分子靶向药（中晚期、有药敏位点的病人）单抗针对-癌细胞价格贵出现耐药,免疫疗法,调动机体的免疫 系统，增强肿瘤 免疫力针对-免疫系统（免疫细胞）超贵！疗效长，有效比例低,联合治疗,未来新方向多种联合手段； 如多种免疫治疗 联用；免疫治疗+ 靶向治疗等,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedu
2、res.,2,免疫治疗可应用于不同肿瘤的治疗,膀胱癌1-3乳腺癌4-8结直肠癌1,4,6,9-11胃癌8,11头 颈 癌 12,13 肝细胞癌14,15白血病16肺癌6,8,11,17-19淋巴瘤6黑色素瘤4,6,11,15,20,21骨髓瘤22-25 食管癌1,4,8卵巢癌1,4,6,8,11,15,20,21,26胰 腺 癌 5,11 前列腺癌4,27肾细胞癌1,4,6,15,28,已已在在多多种种肿肿瘤瘤中中观观察察到到肿肿瘤瘤介介 导导的的免免疫疫系系统统抑抑制制现现象象,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedur
3、es.,3,肿瘤免疫治疗方法一览,治疗性疫苗2,3,强化免疫 细胞功能1,细胞输注2,3,抗肿瘤单克隆抗体2,3,利妥昔单抗 曲妥珠单抗 西妥昔单抗,过继性细胞输注3（如CAR-T、TCR-T疗法）,调节T细胞功能2,3,细胞因子1,TG40104Belagenpumatucel-L5Racotumomab6 DRibbles7,免疫检查点治疗CTLA-4 抑制剂 2 PD-1 抑制剂2 PD-L1 抑制剂2,被动 (获得性)1,2靶向肿瘤，基于免疫机制抗击肿瘤,主动1直接作用于患者自身的免疫系统,免疫治疗,抗原依赖2,非抗原依赖2,CSCO 2017,For Research Use Onl
4、y. Not for use in diagnostic procedures.,4,肿瘤免疫治疗难点？,哪些患者适用于免疫治疗？有哪些Biomarker适用于免疫治疗人群筛选？是否有单一Biomarker进行评估？如何对免疫治疗预后进行监测？,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,5,肿瘤免疫 治疗获益,肿瘤免 疫原性,肿瘤微 环境,免疫,组库,肿瘤免疫治疗标记物的研究思路,MMR/MSI肿瘤突变负荷,PD-L1表达肿瘤微环境表达谱,T细胞浸润（TIL）T细胞组库,1.肿瘤免疫原性微卫星不稳定性肿瘤突变负荷,
5、2. 肿瘤微环境PD-L1表达肿瘤微环境表达谱,肿瘤免疫环境复杂，如何评估/预测免疫治疗疗效？肿瘤免疫的标记物研究,3.免疫组库免疫淋巴细胞浸润TILT细胞组库（TCR测序）,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,6,微卫星不稳定性（MSI/MMR）肿瘤免疫治疗的“广谱”标记物,FDA批准第一个 “广谱抗癌药” Keytruda,所有dMMR/MSI-H实体瘤结直肠癌子宫内膜癌胃癌,MSI检测方法：PCR+毛细管电泳,微卫星不稳定性常规检测方法MMR：IHC（MLH1/MSH2/MSH6/PMS2）,For R
6、esearch Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,7,微卫星稳定性并非肿瘤免疫治疗的万能biomarker,肿瘤突变负荷（TMB/TML）可能是更好的肿瘤免疫标记物？,MSI-H患者普遍(83%)具有高肿瘤突变负荷,并非所有肿瘤都是 dMMR/MSI-H，如该类型肺癌的比例很低子宫内膜癌、胃癌、结肠癌、直肠癌,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,8,肿瘤突变负荷TMB/TML肿瘤免疫治疗焦点,肿瘤突变负荷(TMB/TML)肿瘤每Mb基因组序列中的体
7、细胞非同义突变累积数量；TMB越高，新抗原产生越多，肿瘤免疫原性强，T细胞反应和抗肿瘤反应越强，越适合I-O治疗,ESMO 2017, POPLAR & OAK.,Better survivalCheckmate 227首次证实无论PD-L1表达水平如 何， I-O/I-O一线联合治疗能够 为TMB高表达的NSCLC患者带来PFS显著获益的III期临床研究；使用组织TMB检测；,组织TMB与临床获益有关,组织TMB与血液TMB一致性不高,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,9,赛默飞提供可靠、快捷、节省样本的
8、肿瘤突变负荷TML方案,Oncomine Tumor Mutation Load解决方案优化设计，为组织TMB检测提供更可靠数据1.7MB，409 基因；肿瘤ONLY，无需癌旁，节省样本&精力20ng FFPE DNA，强大的数据分析流程定位体细胞突变；更全面的数据报告提供突变负荷，突变位点报告，FFPE样本质量和癌症突变诱因等多方位信息；兼容全自动化或手动流程，节省人工样本到数据仅需45分钟手动操作时间；,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,10,赛默飞TML方案数据分析流程一览,赛默飞Ion Report
9、er TML胚系突变过滤链：只关注SNV基于1000基因组数据的过滤*（dbSNP数据库）基于5000外显子组的过滤*基于ExAc的过滤*去除来源于大于7bp homopolymer序列的突变*只关注未注释突变或MAF (Minor Allele Frequency) 10-6Ion Reporter使用的Population Database,dbSNP (1000 Genomes),EVS (5000 Exomes),Exome Aggregation Consortium,11,赛默飞提供可靠、全面的肿瘤突变负荷TML报告,每Mb基因组的突变负荷,For Research Use Onl
10、y. Not for use in diagnostic procedures.,12,分析参数 样本信息QC指标,体细胞 & 体细胞+胚系突变情况,突变模式分析突变诱因分析(吸烟、UV、FFPE质量等),赛默飞肿瘤突变负荷方案客户应用示例（IPATIMUP）,“我们曾在一个结肠癌回顾性队列研究中使用了Oncomine Tumor Mutation Load Assay。结果显示，该试剂盒能 将高突变负荷和低突变负荷的样本有效分离，其结果与肿瘤微卫星不稳定性具有很好的相关性。该试剂盒利用其 简单的信息学，能够产生快速稳定的结果。结合其他的Oncomine试剂盒，我们确实拥有了全面的肿瘤样本检测
11、方,案。”,Jos Carlos Machado教授，博士IPATIMUP董事会成员兼集团协调人,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,13,赛默飞TML方案与全外检测一致性高，助力临床获益的预测研究,409 genes covering 1.7Mb for excellentcorrelation with exome wide data,COSMIC v8021,056 exomesPan-cancerr2 = 0.986,赛默飞TML方案与全外检测一致性高,For Research Use Only. N
12、ot for use in diagnostic procedures.,14,数据分析发现，赛默飞方案可以对免疫治疗获益人群有效分类,肿瘤免疫 治疗获益,肿瘤免疫原性,免疫,组库,肿瘤免疫治疗标记物的研究思路,MMR/MSI肿瘤突变负荷,肿瘤微环境PD-L1表达肿瘤微环境表达谱,T细胞浸润（TIL）T细胞组库,1.肿瘤免疫原性微卫星不稳定性肿瘤突变负荷,2. 肿瘤微环境PD-L1表达肿瘤微环境表达谱,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,15,肿瘤免疫环境复杂，如何评估/预测免疫治疗疗效？,肿瘤免疫的标记物研
13、究,3.免疫组库免疫淋巴细胞浸润TILT细胞组库（TCR测序）,PD-L1表达不足以准确判断免疫治疗的获益人群,PD-L1表达越高，临床获益越明显 但表达1%仍有获益人群,NSCLC,PD-L1（单靶点）效果不好,肿瘤微环境 的可量化检测,免疫组化（IHC）方法不准,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,16,肿瘤微环境中的基因表达谱助力肿瘤免疫的疗效与机理研究,肿瘤微环境(tumor micro-environment，TME) 肿瘤细胞生活的特殊环境，由肿瘤间质、邻近的各种组织细胞、微血管、多种 免疫细胞和
14、免疫分子组成。Nivolumab获益病人治疗前的TME表达谱明显不同病人治疗前后的TME表达谱变化,Pre,Response,On,Cell 171, 934949, November 2, 2017,British Journal of Cancer (2017) 117, 17 | doi: 10.1038/bjc.2017.136,赛默飞肿瘤免疫微环境表达谱方案Oncomine Immune Response Research Assay (OIRRA)多靶点代替单靶点，分子检测代替传统IHC；助力肿瘤免疫治疗的疗效与机理研究,For Research Use Only. Not for
15、 use in diagnostic procedures.,17,赛默飞肿瘤微环境表达谱方案（OIRRA）检测内容一览,OIRRA选定的基因和通路,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,18,肿瘤微环境方案OIRRA数据可靠、可高灵敏度检测低表达基因,13例卵巢癌样品（Oncomine Immune-Chef/Proton; Taqman qPCR）,OIRRA可高灵敏度地检测低表达基因， 有助于研究肿瘤微环境中重要而表达量 较低的通路,OIRRA的基因表达检测结果与qPCR，IHC一致，数据可靠13例卵巢癌
16、样品（Oncomine Immune-Chef/Proton; Taqman qPCR）,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,19,赛默飞肿瘤微环境客户应用示例（Roswell Park Cancer Center + OmniSeq）,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,20,赛默飞肿瘤微环境客户应用示例（Roswell Park Cancer Center + OmniSeq）,获益预测打分高获益：人数占比26%，91.
17、3%准确率；灰区：人数占比25%；低获益：人数占比49%，93%准确率。,Training Dataset：88位患者，包含 黑色素 瘤，肾癌，膀胱癌，头颈癌，非小细胞肺癌；治疗方案：一种或多种FDA-approved CPIs；64基因免疫表达谱分型：Predictive value of the Immune Score for response to Check Point Inhibitors。,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,21,肿瘤免疫 治疗获益,肿瘤免 疫原性,肿瘤微 环境,免疫,组库,肿
18、瘤免疫治疗标记物的研究思路,MMR/MSI肿瘤突变负荷,PD-L1表达肿瘤微环境表达谱,T细胞浸润（TIL）T细胞组库,1.肿瘤免疫原性微卫星不稳定性肿瘤突变负荷,2. 肿瘤微环境PD-L1表达肿瘤微环境表达谱,肿瘤免疫环境复杂，如何评估/预测免疫治疗疗效？,肿瘤免疫的标记物研究,3.免疫组库免疫淋巴细胞浸润TILT细胞组库（TCR测序）,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,22,T细胞组库（TCR测序）肿瘤免疫治疗研究重要方向,“使用T细胞受体（TCR）测序检测T细胞组库，发现Nivolumab肿瘤免疫治疗
19、响应与T细胞组库变化相关”,Cell 171, 934949, November 2, 2017,T细胞组库研究的应用方向：,肿瘤免疫检查点治疗的机理研究、标记物开发、基于TCR的免疫治疗副作用研究免疫细胞治疗、其它免疫相关疾病（病毒类疾病、自身免疫疾病）赛默飞免疫组库分型方案Ion AmpliSeq Immune Repertoire Assay Plus, TCR beta,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,23,样品制备文库制备,模板制备、测序,数据分析,赛默飞TCR免疫组库NGS方案介绍,RNA起始
20、；血液，新鲜/冰冻组织， 分选细胞；,Ion AmpliSeq多重PCR技术扩增CDR1/2/3区域；,400bp文库,Ion GeneStudio S5,Ion Reporter生成TCR分型报告（Shannon Diversity, Evenness, VJ combinations等）,更全面AmpliSeq多重PCR技术，实现了CDR1/2/3区域的全覆盖；实验和数据分析简便、快捷自动化程度高，2天获得内容丰富的分析报告；上样量灵活兼容(10ng2.5ug)起始RNA；数据可靠成熟的检测和分析流程，避免引物偏好带来的误差；,For Research Use Only. Not for
21、use in diagnostic procedures.,24,肿瘤免疫治疗获益,肿瘤免 疫原性,肿瘤微环境,免疫组库,肠道菌群研究肿瘤免疫治疗新思路,MMR/MSI肿瘤突变负荷,PD-L1表达肿瘤微环境表达谱,T细胞浸润（TIL）T细胞组库,肠道菌群,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,25,2018新年首期Science，重磅三连发,肠道菌群影响肿瘤免疫治疗效果,肠道菌群对免疫治疗有重要影响,特定肠道菌群缺乏，使肺癌、肾癌患者的抗PD-1疗法响应差1；肠道菌群的组成和多样性，与黑色素瘤患者的免疫治疗获益
22、相关2,3；肠道菌群有助于免疫治疗的疗法优化，Biomarker开发和机理研究,肠道菌群的常用研究手段16s rRNA基因测序鸟枪法宏基因组测序；,赛默飞肠道菌群方案,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,26,1. Routy et al., Science 359, 9197 (2018)；2. V. Gopalakrishnan et al., Science 10.1126/science.aan4236 (2017)；3. Matson et al., Science 359, 104108 (201
23、8),扩增16s区域,文库构建,模板制备,测序,数据分析,更长、更快、数据分析更简单的赛默飞16s检测方案,为分型更准，测更多V区，reads是否够长？为提高效率，数据分析够不够简单？,16s客户疑问,赛默飞提供：长达600bp reads，业界最长；出具16s数据分析、注释、分类完整报告；2天内完成样本到报告的工作,Ion 16s宏基因组试剂盒(或)根据需求设计V区引物,Ion Xpress Plus片段文库试剂盒,Ion Chef，Genestudio S5自动化模板制备和测序平台,Ion Reporter16s分析流程,For Research Use Only. Not for use
24、 in diagnostic procedures.,27,可靠的赛默飞鸟枪法宏基因组方案,Routy等人在2018首期Science发表文章 “应用Ion Torrent NGS平台，和鸟枪法宏基因组测序，发现肠道菌群与NSCLC和RCC的抗PD-1疗效相关”,Routy et al., Science 359, 9197 (2018)；,文库构建,模板制备,测序,数据分析,Ion Xpress Plus片段文库试剂盒,Ion Chef，Genestudio S5自动化模板制备和测序平台,数据可承接多种成熟分析软件,For Research Use Only. Not for use in
25、diagnostic procedures.,28,肿瘤免疫 治疗获益,肿瘤免疫原性,肿瘤微环境,免疫组库,肠道菌群,赛默飞方案多角度、全方位支持肿瘤免疫治疗研究,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,29,PD-L1表达肿瘤微环境表达谱,T细胞浸润（TIL）T细胞组库,MMR/MSI肿瘤突变负荷赛默飞肿瘤突变负荷方案Oncomine Tumor Mutation Load,赛默飞肿瘤微环境研究方案Oncomine Immune Response Research Assay,赛默飞免疫组库方案AmpliSeq
26、 Immune Repertoire Assay, TCR beta,肠道宏基因组赛默飞肠道菌群研究方案 16s rRNA Sequencing Shortgun Sequencing,赛默飞助力中国肿瘤免疫治疗研究,30,赛默飞肿瘤精准医疗研究全方位解决方案,Oncology research specimen,Routine research,Translational,FFPE-basedsolutions,Liquid biopsysolutions,Immuno-oncologysolutions,+,+,Full characterization of oncology sampl
27、es,Oncomine FocusAssay,OncomineComprehensive Assay,Oncomine BRCAResearch Assay,Oncomine Pan- Cancer Cell-Free Assay,Oncomine cfDNA Assaysfor Lung, Breast, Colon,Oncomine Tumor Mutation Load Assay,Ion AmpliSeq Immune Repertoire Assay Plus,TCR ,Oncomine Immune Response Research Assay,Heme-oncology sol
28、utions,Liquid biopsy solutions,Immuno-oncology solutions,Oncomine Lung cfTNA Research Assay,Oncomine Breast cfDNA Research Assay v2,FFPE-based solutions,Heme-oncologysolutions,+,Oncomine Myeloid Research Assay,31,Ion 16s宏基因组试剂盒,The content provided herein may relate to products that have not been of
29、ficially released and are subject to change without notice.For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,Page 3 Reference:1. Sharma P et al. Proc Natl Acad Sci U S A. 2007;104(10):3967-3972.2. Winerdal ME et al. BJU Int. 2011;108(10):1672-1678.3. Inman BA et al. Cancer. 2007;109(8):14
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