SWISS-MODEL蛋白质结构预测教程.docx

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SWISS-MODEL蛋白质结构预测SWISS-MODEL是一项预测蛋白质三级结构的服务,它利用同源建模的方法实现对一段未知序列的三级结构的预测。该服务创建于1993年,开创了自动建模的先河,并且它是讫今为止应用最广泛的免费服务之一。同源建模法预测蛋白质三级结构一般由四步完成:1-从待测蛋白质序列出发,搜索蛋白质结构数据库(如PDB,SWISS-PROT等),得到许多相似序列(同源序列),选定其中一个(或几个)作为待测蛋白质序列的模板;2. 待测蛋白质序列与选定的模板进行再次比对,插入各种可能的空位使两者的保守位置尽量对齐;3. 建模:调整待测蛋白序列中主链各个原子的位置,产生与模板相同或相似的空间结构待测蛋白质空间结构模型;4. 利用能量最小化原理,使待测蛋白质侧链基团处于能量最小的位置。最后提供给用户的是经过如上四步(或重复其中某几步)后得到的蛋白质三级结构。SWISS-MODEL工作模式SWISS-MODEL服务器是以用户输入信息的最小化为目的设计的,即在最简单的情况下,用户仅提供一条目标蛋白的氨基酸序列。由于比较建模程序可以具有不同的复杂

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