随着lncRNA功能逐步显现，其与靶点的作用机制成为进一步的热点。早期认为原位调控是LncRNA作用的唯一机制，它通过招募形成染色质修饰复合物而沉默邻近基因转录，例如IGF2R反义RNA（antisenseofIGF2RRNA，AIR）、XIST等。而Hox基因反义基因间RNA（HoxantisenseintergenicRNA，HOTAIR）的发现提示LncRNA可能存在远程调控。同源异型基因（homeoticgenes，HOX）在细胞增殖与定向分化中起关键作用，人类Hox基因簇约含100个ncRNA基因，其中HOTAIR定位于HOXC基因座12ql3.13。HOTAIR的5端可招募结合多梳蛋白抑制复合物2（polycombrepressivecomplex2,PRC2），借助PRC2上三个H3K27甲基化酶EZH2、SUZ12和EED，使另一基因座HOXD上长约40kb的序列转录沉默，从而在乳腺上皮细胞内使细胞内转录倾向于胚胎成纤维细胞样表型。超过20%的LncRNA能够通过结合PRC2或其他类似复合物发挥作用，提示LncRNA的远程调控机制在生物体内广泛存在。其作用机制
