PAML:最大似然法分析系统发育PhylogeneticAnalysisbyMaximumLikelyhood版本：4.3（2009年9月）ZihengYang马向辉翻译1、概述PAML（forPhylogeneticAnalysisbyMaximumLikelihood）是一个用最大似然法分析蛋白质或DNA序列系统发育的一个程序包。1.1 PAML文件：除了这个手册以外，以下资源也需要注意：PAML网站：http:/abacus.gene.ucl.ac.uk/software/PAML.html。在这个网站上有PAML的下载以及编译程序；PAMLFAQ页面：http:/abacus.gene.ucl.ac.uk/software/pamlFAQs.pdf;PAML讨论群:http:/www.rannala.org/phpBB2/,在这里你可以提出你的问题，或者提出你发现的漏洞。1.2PAML可以做些什么？PAML的最新版本包含一下几个程序模块：baseml,basemlg,codeml,evolver,pamp,ynOO,mc
