大家好：我在此介绍几个进化树分析及其相关软件的使用和应用范围。这几个软件分别是PHYLIP、PUZZLE、PAUP、TREEVIEW、CLUSTALX和PHYLO-WIN(LINUX)。在介绍软件之前，我先简要地叙述一下有关进化树分析的一些方法学问题。进化树也称种系树，英文名叫“Phyligenetictree”。对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤：要对所分析的多序列目标进行排列(Toalignsequences)。做ALIGNMENT的软件很多，最经常使用的有CLUSTALX和CLUSTALW,前者是在WINDOW下的而后者是在DOS下的。要构建一个进化树(Toreconstrutphyligenetictree)。构建进化树的算法主要分为两类：独立元素法(discretecharactermethods)和距离依靠法(distancemethods)。所谓独立元素法是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个碱基/氨基酸的状态决定的(例如：一个序列上可能包含很多的酶切位点，而每个酶切位点的存在与否是由几个碱基的状态决定的，也就是说一个序列碱基的状态决定着它的酶切位点状
