构建系统进化树的详细步骤.doc

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构建系统进化树的详细步骤1. 建树前的准备工作 1.1 相似序列的获得BLAST BLAST是目前常用的数据库搜索程序,它是Basic Local Alignment Search Tool的缩写,意矚慫润厲钐瘗睞枥庑赖賃軔朧。为“基本局部相似性比对搜索工具”(Altschul et al.,199062;199763)。国际著名生物信息中心聞創沟燴鐺險爱氇谴净祸測樅。都提供基于Web的BLAST服务器。BLAST算法的基本思路是首先找出检测序列和目标序列之间相似性程度最高的片段,并作为内核向两端延伸,以找出尽可能长的相似序列片段。 首先登录到提供BLAST服务的常用网站,比如国内的CBI、美国的NCBI、欧洲的EBI和日本的DDBJ。这些网站提供的BLAST服务在界面上差不多,但所用的程序有所差异。它们都有一个大的文本框,用于粘贴需要搜索的序列。把序列以FASTA格式(即第一行为说明行,以“”符号开始,后面是序列的名称、说明等,其中“”是必需的,名称及说明等可以是任意形式,换行之后是序列)粘贴到那个大的文本框,选择合适的

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