第二章 结构生物学的研究方法l 生物大分子的计算机模拟.第一节 生物大分子的计算机模拟l 生物大分子的计算机模拟方法l 蛋白质三维结构的模建l 核酸结构的模拟.生物大分子的计算机模拟方法l 量子力学l 分子力学l 分子动力学l 概率统计热力学统计物理.量子力学l量子力学是微观世界物质运动的普遍规律l一个分子体系的状态可以用Schrodinger方程来表示，通过求解Schrodinger方程可以得到分子体系的结构和性质l量子力学的计算方法：l从头计算；l密度泛函理论；l半经验计算方法.l量子力学方法的特点：计算结果精确度高，限于计算机的计算能力，能够计算的体系小从头计算方法：100个原子；半经验计算：1000-10,000个目前，生物大分子体系还不能只用量子力学方法模拟，但与分子力学和分子动力学结合后发展了一些新的方法.分子力学l分子力学是一种近似处理方法 忽略电子的运动，将体系的势能看作是原子核位置的函数l力场：分子体系的势能函数 分子的势能 = 键伸缩能 + 键角扭曲能 + 扭转势能 + 非键相互作用项.函数形式和参数力场是经验的 “原子”的定义l特点：l针对局域能量极小，不是整个系
