分子对接与全局最优化方法分子对接v配体受体的相互作用v结合自由能的理论计算v优化方法配体与受体的相互作用v生理过程与其有关v生物大分子与大分子之间v小分子与生物大分子之间v蛋白质的生理和药物作用体现在蛋白质与小分子之间结合自由能的理论计算v静电相互作用v氢键相互作用v范德华相互作用v疏水作用结合自由能的理论计算v几何形状互补v静电相互作用互补v氢键作用互补v疏水作用互补几种计算方法v分子动力学v自由能微扰方法(FEP)v经验计算方法自由能的经验计算方法(Autodock)自由能的经验计算方法(Autodock)网格能量(Grid Map)v近似计算v利用计算好的参数v三线性插值现在的问题和今后的方向v溶剂化效应、水分子、柔性问题v精确的计算和计算时间的问题v表面计算v数据库Autodock的处理vPdb文件的准备http:/www.rcsb.org/pdb/v小分子的准备分子处理v文件格式：pdb,mol2,mol,pdbqv优缺点v各种软件的使用babel，chemoffice，weblab viewer，hyperchem等等babelv转换分子类型，支持几十种分子类型，dos界面
