序列比对的基本方法（二）序列比对的基本方法（二）内 容1.基本方法概述2.FASTA简介3.BLAST介绍概 述 序列比对（alignment）：为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定的规律排列。，将两个或多个序列排列在一起，标明其相似之处。序列相似性比较：就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包括BLAST,FASTA等；序列同源性分析：是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序有CLUSTAL等。FASTA简介Fasta算法是由Lipman和Pearson于1985年发表的，基本思路是识别与代查序列相匹配的很短的序列片段，称为k-tuple。以下是EBI提供的fasta的服务：http:/www.ebi.ac.uk/fasta33/BLASTBLAST是一个NCBI开发的基因序列相似性数
