酵母双杂交是在真核模式生物酵母中进行的，研究活细胞内蛋白质相互作用，对蛋白质之间微弱的、瞬间的作用也能够通过报告基因的表达产物敏感地检测得到，它是一种具有很高灵敏度的研究蛋白质之间关系的技术。酵母双杂交系统的建立是基于对真核生物调控转录起始过程的认识。细胞起始基因转录需要有反式转录激活因子的参与反式转录激活因子结构上是组组件式件式的，即这些因子往往由两个或两个以上相互独立的结构域构成，其中有DNA结合结构域结合结构域(DNA binding domain，简称为简称为BD)和转录激活结构转录激活结构域域(activation domain，简称为简称为AD)。这两个结合域将它们分开时仍分别具有功能，但不能激活转录，只有当被分开的两者通过适当的途径在空间上较为接近时，才能重新呈现完整的转录因子活性，并可激活上游激活序列（upstreamactivatingsequence,UAS）的下游启动子，使启动子下游基因得到转录。酵母双杂交酵母双杂交系统的另一个重要的元件报道株指经改造的、含报道基因含报道基因(reporter gene)的重组质粒的重组质粒的宿主细胞。最常用的是酵母细胞酵母细胞，
