生物化学课后习题详细解答.doc

1、 1 生物化学（第三版）课后习题详细解答 第三章 氨基酸 提要 -氨基酸是蛋白质的构件分子，当用酸、碱或蛋白酶水解蛋白质时可获得它们。蛋白质中的氨基酸都是 L 型的。但碱水解得到的氨基酸是 D 型和 L 型的消旋混合物。 参与蛋白质组成的基本氨基酸只有 20 种。此外还有若干种氨基酸在某些蛋白质中存在，但它们都是在蛋白质生物合成后由相应是基本氨基酸（残基）经化学修饰而成。除参与蛋白质组成的氨基酸外，还有很多种其他氨基酸存在与各种组织和细胞中，有的是 -、 -或 -氨基酸，有些是 D 型氨基酸。 氨基酸是两性电解质。当 pH 接近 1 时 ，氨基酸的可解离基团全部质子化，当 pH 在 13 左右

2、时，则全部去质子化。在这中间的某一 pH（因不同氨基酸而异），氨基酸以等电的兼性离子（ H3N+CHRCOO-）状态存在。某一氨基酸处于净电荷为零的兼性离子状态时的介质 pH 称为该氨基酸的等电点，用 pI表示。 所有的 -氨基酸都能与茚三酮发生颜色反应。 -NH2与 2,4-二硝基氟苯（ DNFB）作用产生相应的 DNP-氨基酸（ Sanger 反应）； -NH2与苯乙硫氰酸酯（ PITC）作用形成相应氨基酸的苯胺基硫甲酰衍生物（ Edman 反应）。胱氨酸中的二硫键可用氧化剂（如 过甲酸）或还原剂（如巯基乙醇）断裂。半胱氨酸的 SH 基在空气中氧化则成二硫键。这几个反应在氨基酸荷蛋白质化学

3、中占有重要地位。 除甘氨酸外 -氨基酸的 -碳是一个手性碳原子，因此 -氨基酸具有光学活性。比旋是 -氨基酸的物理常数之一，它是鉴别各种氨基酸的一种根据。 参与蛋白质组成的氨基酸中色氨酸、酪氨酸和苯丙氨酸在紫外区有光吸收，这是紫外吸收法定量蛋白质的依据。核磁共振（ NMR）波谱技术在氨基酸和蛋白质的化学表征方面起重要作用。 氨基酸分析分离方法主要是基于氨基酸的酸碱性质和极性大小。常用方法有离子交换柱层析、高效液相层析（ HPLC）等。 习题 1.写出下列氨基酸的单字母和三字母的缩写符号：精氨酸、天冬氨酸、谷氨酰氨、谷氨酸、苯丙氨酸、色氨酸和酪氨酸。 见表 3-1 表 3-1 氨基酸的简写符号

4、名称 三字母符 号 单字母 符号 名称 三字母符号 单字母符号 丙氨酸 (alanine) Ala A 亮氨酸 (leucine) Leu L 精氨酸 (arginine) Arg R 赖氨酸 (lysine) Lys K 天冬酰氨 (asparagines) Asn N 甲硫氨酸 (蛋氨酸 )(methionine) Met M 天冬氨酸 (aspartic acid) Asp D 苯丙氨酸 (phenylalanine) Phe F Asn 和 /或 Asp Asx B 半胱氨酸 (cysteine) Cys C 脯氨酸 (praline) Pro P 谷氨酰氨 (glutamine) G

5、ln Q 丝氨酸 (serine) Ser S 谷氨酸 (glutamic acid) Glu E 苏氨酸 (threonine) Thr T Gln 和 /或 Glu Gls Z 甘氨酸 (glycine) Gly G 色氨酸 (tryptophan) Trp W 组氨酸 (histidine) His H 酪氨酸 (tyrosine) Tyr Y 异亮氨酸 (isoleucine) Ile I 缬氨酸 (valine) Val V 2 2、计算赖氨酸的 -NH3+20%被解离时的溶液 PH。 9.9 解： pH = pKa + lg20% pKa = 10.53 (见表 3-3， P133

6、) pH = 10.53 + lg20% = 9.83 3、计算谷氨酸的 -COOH 三分之二被解离时的溶液 pH。 4.6 解： pH = pKa + lg2/3% pKa = 4.25 pH = 4.25 + 0.176 = 4.426 4、计算下列物质 0.3mol/L 溶液的 pH： (a)亮氨酸盐酸盐； (b)亮氨酸钠盐； (c)等电亮氨酸。 (a)约 1.46,(b)约 11.5, (c)约 6.05 5、根据表 3-3 中氨基酸的 pKa 值，计算下列氨基酸的 pI 值：丙氨酸、半胱氨酸、谷氨酸和精氨酸。pI:6.02;5.02;3.22;10.76 解： pI = 1/2（ p

7、Ka1+ pKa2） pI(Ala) = 1/2（ 2.34+9.69） = 6.02 pI(Cys) = 1/2（ 1.71+10.78） = 5.02 pI(Glu) = 1/2（ 2.19+4.25） = 3.22 pI(Ala) = 1/2（ 9.04+12.48） = 10.76 6、向 1L1mol/L 的处于等电点的甘氨酸溶液加入 0.3molHCl，问所得溶液的 pH 是多少？如果加入0.3mol NaOH 以代替 HCl 时， pH 将是多少？ pH： 2.71； 9.23 7、将丙氨酸溶液（ 400ml）调节到 pH8.0，然后向该溶液中加入过量的甲醛，当所得溶液用碱反滴定

8、 至 Ph8.0 时，消耗 0.2mol/L NaOH 溶液 250ml。问起始溶液中丙氨酸的含量为多少克？ 4.45g 8、计算 0.25mol/L 的组氨酸溶液在 pH6.4 时各种离子形式的浓度（ mol/L）。 His 2+为 1.78 10-4， His +为 0.071， His0 为 2.8 10-4 9、说明用含一个结晶水的固体组氨酸盐酸盐（相对分子质量 =209.6；咪唑基 pKa=6.0）和 1mol/L KOH配制 1LpH6.5 的 0.2mol/L组氨酸盐缓冲液的方法 取组氨酸盐酸盐 41.92g(0.2mol)，加入 352ml 1mol/L KOH，用水稀释至 1

9、L 10、为什么氨基酸的茚三酮反映液能用测压法定量氨基酸？ 解：茚三酮在弱酸性溶液中与 -氨基酸共热，引起氨基酸氧化脱氨脱羧反映，（其反应化学式见P139），其中，定量释放的 CO2 可用测压法测量，从而计算出参加反应的氨基酸量。 11、 L-亮氨酸溶液（ 3.0g/50ml 6mol/L HCl）在 20cm 旋光管中测得的旋光度为 +1.81。计算 L-亮氨酸在 6mol/L HCl 中的比旋（ a）。 a=+15.1 12、标出异亮氨酸的 4 个光学异构体的（ R， S）构型名称。 参考图 3-15 13、甘氨酸在溶剂 A 中的溶解度为在溶剂 B 中的 4 倍，苯丙氨酸在溶剂 A 中的溶

10、解度为溶剂 B 中的两倍。利用在溶剂 A 和 B 之间的逆流分溶方法将甘氨酸和苯丙氨酸分开。在起始溶液中甘氨酸含量为 100mg ，苯丙氨酸为 81mg ，试回答下列问题： (1)利用由 4 个分溶管组成的逆流分溶系统时，甘氨酸和苯丙氨酸各在哪一号分溶管中含量最高？（ 2）在这样的管中每种氨基酸各为多少毫克？（ 1）第 4 管和第 3 管；（ 2） 51.2mg Gly+24mg Phe 和 38.4mgGly+36mg Phe 3 解：根据逆 流分溶原理，可得： 对于 Gly： Kd = CA/CB = 4 = q(动相 )/p（静相） p+q = 1 = (1/5 + 4/5) 4 个分溶

11、管分溶 3 次：（ 1/5 + 4/5） 3=1/125+2/125+48/125+64/125 对于 Phe： Kd = CA/CB = 2 = q(动相 )/p（静相） p+q = 1 = (1/3 + 2/3) 4 个分溶管分溶 3 次：（ 1/3 + 2/3） 3=1/27+6/27+12/27+8/27 故利用 4 个分溶管组成的分溶系统中，甘氨 酸和苯丙氨酸各在 4 管和第 3 管中含量最高，其中： 第 4 管： Gly： 64/125 100=51.2 mg Phe： 8/27 81=24 mg 第 3 管： Gly： 48/125 100=38.4 mg Phe： 12/27

12、81=36 mg 14、指出在正丁醇：醋酸：水的系统中进行纸层析时，下列混合物中氨基酸的相对迁移率（假定水相的 pH为 4.5）： (1)Ile, Lys; (2)Phe, Ser (3)Ala, Val, Leu; (4)Pro, Val (5)Glu, Asp; (6)Tyr, Ala, Ser, His. Ile lys； Phe, Ser； Leu Val Ala,； Val Pro； GluAsp； Tyr AlaSer His 解：根据 P151 图 3-25 可得结果。 15将含有天冬氨酸 (pI=2.98)、甘氨酸 (pI=5.97)、亮氨酸 (pI=6.53)和赖氨酸 (pI

13、=5.98)的柠檬酸缓冲液，加到预先同样缓冲液平衡过的强阳离交换树脂中，随后用爱缓冲液析脱此柱，并分别收集洗出液，这 5 种氨基酸将按什么次序洗脱下来？ Asp, Thr, Gly, Leu, Lys 解 ：在 pH3 左右，氨基酸与阳离子交换树脂之间的静电吸引的大小次序是减刑氨基酸 (A2+)中性氨基酸 (A+)酸性氨基酸 (A0)。因此氨基酸的洗出顺序大体上是酸性氨基酸、中性氨基酸，最后是碱性氨基酸，由于氨基酸和树脂之间还存在疏水相互作用，所以其洗脱顺序为： Asp, Thr, Gly, Leu, Lys。 4 第四章 蛋白质的共价结构 提要 蛋白质分子是由一条或多条肽链构成的生物大分子。

14、多肽链是由氨基酸通过肽键共价连接而成的，各种多肽链都有自己特定的氨基酸序列。蛋白 质的相对分子质量介于 6000 到 1000000 或更高。 蛋白质分为两大类：单纯蛋白质和缀合蛋白质。根据分子形状可分为纤维状蛋白质、球状蛋白质和膜蛋白质。此外还可按蛋白质的生物学功能分类。 为了表示蛋白质结构的不同组织层次，经常使用一级结构、二级结构、三级结构和四级结构这样一些专门术语。一级结构就是共价主链的氨基酸序列，有时也称化学结构。二、三和四级结构又称空间结构（即三维结构）或高级结构。 蛋白质的生物功能决定于它的高级结构，高级结构是由一级结构即氨基酸序列决定的，二氨基酸序列是由遗传物质 DNA 的核苷酸

15、序列规 定的。 肽键（ CO NH）是连接多肽链主链中氨基酸残缺的共价键，二硫键是使多肽链之间交联或使多肽链成环的共价键。 多肽链或蛋白质当发生部分水解时，可形成长短不一的肽段。除部分水解可以产生小肽之外，生物界还存在许多游离的小肽，如谷胱甘肽等。小肽晶体的熔点都很高，这说明短肽的晶体是离子晶格、在水溶液中也是以偶极离子存在的。 测定蛋白质一级结构的策略是：（ 1）测定蛋白质分子中多肽链数目；（ 2）拆分蛋白质分子的多肽链；（ 3）断开多肽链内的二硫桥；（ 4）分析每一多肽链的氨基酸组成；（ 5）鉴定多肽链的 N-末端和 C-末端 残基；（ 6）断裂多肽链成较小的肽段，并将它们分离开来；（ 7

16、）测定各肽段的氨基酸序列；（ 8）利用重叠肽重建完整多肽链的一级结构；（ 9）确定半胱氨酸残基形成的 S-S 交联桥的位置。 序列分析中的重要方法和技术有：测定 N-末端基的苯异硫氰酸酯（ PITC）法，分析 C-末端基的羧肽酶法，用于多肽链局部断裂的酶裂解和 CNBr 化学裂解，断裂二硫桥的巯基乙醇处理，测定肽段氨基酸序列的 Edman 化学降解和电喷射串联质谱技术，重建多肽链一级序列的重叠肽拼凑法以及用于二硫桥定位的对角线电泳等。 在不同生物体中行使相同或相似功能的蛋 白质称同源蛋白质。同源蛋白质具有明显的序列相似性 (称序列同源 ),两个物种的同源蛋白质，其序列间的氨基酸差异数目与这些物

17、种间的系统发生差异是成比例的。并根据同源蛋白质的氨基酸序列资料建立起进化树。同源蛋白质具有共同的进化起源。 在生物体内有些蛋白质常以前体形试合成，只有按一定方式裂解除去部分肽链之后才出现生物活性，这一现象称蛋白质的激活。血液凝固是涉及氨基酸序列断裂的一系列酶原被激活的结果，酶促激活的级联放大，使血凝块迅速形成成为可能。凝血酶原和血清蛋白原是两个最重要的血凝因子。血纤蛋白蛋白原在凝血酶的作用下 转变为血清蛋白凝块（血块的主要成分）。 我国在 20 世纪 60 年代首次在世界上人工合成了蛋白质 结晶牛胰岛素。近二、三十年发展起来的固相肽合成是控制合成技术上的一个巨大进步，它对分子生物学和基因工程也

18、就具有重要影响和意义。至今利用 Merrifield 固相肽合成仪已成功地合成了许多肽和蛋白质。 习题 1.如果一个相对分子质量为 12000 的蛋白质，含 10 种氨基酸，并假设每种氨基酸在该蛋白质分子中的数目相等，问这种蛋白质有多少种可能的排列顺序？ 10100 解： 1012000/120=10100 2、有一个 A 肽，经酸解分析得知为 Lys、 His、 Asp、 Glu2、 Ala 以及 Val、 Tyr 忽然两个 NH3 分子组成。当 A 肽与 FDNB 试剂反应后得 DNP-Asp；当用羧肽酶处理后得游离缬氨酸。如果我们在实验中将 A 肽用胰蛋白酶降解时，得到两种肽，其中一种（

19、 Lys、 Asp、 Glu、 Ala、 Tyr）在 pH6.4 时，净电5 荷为零，另一种（ His、 Glu 以及 Val）可给除 DNP-His，在 pH6.4 时，带正电荷。此外， A 肽用糜蛋白酶降解时，也得到两种肽，其中一种（ Asp、 Ala、 Tyr）在 pH6.4 时全中性，另一种（ Lys、 His、Glu2 以及 Val）在 pH6.4 时带正电荷。问 A 肽的氨基酸序列如何？ Asn-Ala-Tyr-Glu-Lys-His-Gln-Val 解： 1、 N-末端分析： FDNB 法得： Asp-； 2、 C-末端分析：羧肽酶法得： -Val； 3、胰蛋白酶只断裂赖氨酸或精

20、氨酸残基的羧基形成的肽键，得到的是以 Arg 和 Lys 为 C-末端残基的肽断。酸水解使 Asn Asp+ NH4+，由已知条件（ Lys、 Asp、 Glu、 Ala、 Tyr）可得：Asn-( )-( )-( )-Lys-( )-( )-Val； 4、 FDNB 法分析 N-末端得 DNP-His，酸水解使 Gln Glu+NH4+由已知条件（ His、 Glu、 Val）可得： Asn-( )-( )-( )-Lys-His-Gln-Val； 5、糜蛋白酶断裂 Phe、 Trp 和 Tyr 等疏水氨基酸残基的羧基端肽键。由题，得到的一条肽（ Asp、Ala、 Tyr）结合（ 3）、（

21、4）可得该肽的氨基酸序列为： Asn-Ala-Tyr-Glu-Lys-His-Gln-Val 3 、某多肽的氨基酸序列如下： Glu-Val-Lys-Asn-Cys-Phe-Arg-Trp-Asp-Leu-Gly-Ser-Leu-Glu- Ala-Thr-Cys-Arg-His-Met-Asp-Gln-Cys-Tyr-Pro-Gly-Glu_Glu-Lys。（ 1）如用胰蛋白酶处理，此多肽将产生几个肽？并解释原因（假设没有二硫键存在）；（ 2）在 pH7.5 时，此多肽的净电荷是多少单位？说明理由（假设 pKa 值： -COOH4.0； - NH3+6.0； Glu 和 Asp 侧链基 4.0

22、； Lys 和 Arg 侧链基 11.0；His 侧链基 7.5； Cys 侧链基 9.0； Tyr 侧链基 11.0）；（ 3）如何判断此多肽是 否含有二硫键？假如有二硫键存在，请设计实验确定 5， 17 和 23 位上的 Cys 哪两个参与形成？ （ 1） 4 个肽；（ 2） -2.5 单位；（ 3）如果多肽中无二硫键存在，经胰蛋白酶水解后应得 4 个肽段；如果存在一个二硫键应得 3 个肽段并且个肽段所带电荷不同，因此可用离子交换层析、电泳等方法将肽段分开，鉴定出含二硫键的肽段，测定其氨基酸顺序，便可确定二硫键的位置 4、今有一个七肽，经分析它的氨基酸组成是： Lys、 Pro、 Arg、

23、 Phe、 Ala、 Tyr 和 Ser。此肽未经糜蛋白酶处理时，与 FDNB 反应不产生 -DNP-氨基酸。经 糜蛋白酶作用后，此肽断裂城两个肽段，其氨基酸组成分别为 Ala、 Tyr、 Ser 和 Pro、 Phe、 Lys、 Arg。这两个肽段分别与 FDNB 反应，可分别产生 DNP-Ser 和 DNP-Lys。此肽与胰蛋白酶反应能生成两个肽段，它们的氨基酸组成分别是 Arg、Pro 和 Phe、 Tyr、 Lys、 Ser、 Ala。试问此七肽的一级结构怎样？ 它是一个环肽，序列为：-Phe-Ser-Ala-Tyr-Lys-Pro-Arg- 解：（ 1）此肽未经糜蛋白酶处理时，与 F

24、DNB 反应不产生 -DNP-氨基酸，说明此肽不含游离末端NH2，即此 肽为一环肽； （ 2）糜蛋白酶断裂 Phe、 Trp 和 Tyr 等疏水氨基酸残基的羧基端肽键，由已知两肽段氨基酸组成（ Ala、 Tyr、 Ser 和 Pro、 Phe、 Lys、 Arg）可得： -( )-( )-Tyr-和 -( )-( )-( )-Phe-； （ 3）由（ 2）得的两肽段分别与 FDNB 反应，分别产生 DNP-Ser 和 DNP-Lys 可知该两肽段的N-末端分别为 -Ser-和 -Lys-，结合（ 2）可得： -Ser-Ala-Tyr-和 -Lys-( )-( )-Phe-； （ 4）胰蛋白酶专

25、一断裂 Arg 或 Lys 残基的羧基参与形成的肽键，由题生成的两肽段氨基酸组成（ Arg、 Pro 和 Phe、 Tyr、 Lys、 Ser、 Ala）可得： -Pro-Arg-和 -( )-( )-( )-( )-Lys； 综合（ 2）、（ 3）、（ 4）可得此肽一级结构为： -Lys-Pro-Arg-Phe-Ser-Ala-Tyr- 5、三肽 Lys- Lys- Lys 的 pI 值必定大于它的任何一个个别基团的 pKa 值，这种说法是否正确？为什么？ 正确，因为此三肽处于等电点时，七解离集团所处的状态是 C-末端 COO-（ pKa=3.0）， N 末端NH2（ pKa 8.0）， 3

26、 个侧链 3（ 1/3 - NH3+）（ pKa=10.53） (pKa=10.53),因此 pI最大的 pKa 值（ 10.53） 6、一个多肽可还原为两个肽段，它们的序列如下：链 1 为 Ala-Cys-Phe-Pro-Lys-Arg-Trp-Cys-Arg- Arg- Val-Cys；链 2 为 Cys-Tyr-Cys-Phe-Cys。当用嗜热菌蛋白酶消化原多肽（具有完整的二硫键）时可用下列各肽：（ 1）（ Ala、 Cys2、 Val）；（ 2）（ Arg、 Lys、 Phe、 Pro）；（ 3） (Arg2、 Cys2、 Trp、 Tyr)；（ 4）6 (Cys2、 Phe)。试指出

27、在该天然多肽中二硫键的位置。（结构如下图） S-S Ala-Cys-Phe-Pro-Lys-Arg-Trp-Cys-Arg-Arg-Val_Cys S S Cys-Tyr-Cys-Phe-Cys 解：嗜热菌蛋白酶作用专一性较差，根据题中已知条件： （ 1）消化原多肽得到 （ Ala、 Cys2、 Val），说明链 1 在 2 位 Cys 后及 11 位 Val 前发生断裂， 2位 Cys 与 12 位 Cys 之间有二硫键； （ 2）由链 1 序列可得该肽段序列为： -Phe-Pro-Lys-Arg-； （ 3）由（ 1）（ 2）可知该肽段 (Arg2、 Cys2、 Trp、 Tyr)中必有一

28、 Cys 来自链 2，另一 Cys 为链 1中 8 位 Cys，即链 1 中 8 位 Cys 与链 2 中的一个 Cys 有二硫键； （ 4）嗜热菌蛋白酶能水解 Tyr、 Phe 等疏水氨基酸残基，故此肽（ Cys2、 Phe）来自链 2，结合（ 3）中含 Tyr，可知（ 3）中形成的 二硫键为链 1 8 位 Cys 与链 2 中 3 位 Cys 与链 2 中 3 位 Cys 之间；（ 4）中（ Cys2、 Phe）说明链 2 中 1 位 Cys 与 5 位 Cys 中有二硫键。 综合（ 1）、（ 2）、（ 3）、（ 4）可得结果。 7、一个十肽的氨基酸分析表明其水解液中存在下列产物： NH4

29、+ Asp Glu Tyr Arg Met Pro Lys Ser Phe 并观察下列事实：（ 1）用羧肽酶 A 和 B 处理该十肽无效；（ 2）胰蛋白酶处理产生两各四肽和游离的Lys；（ 3）梭菌蛋白酶处理产生一个四 肽和一个六肽；（ 4）溴化氢处理产生一个八肽和一个二肽，用单字母符号表示其序列位 NP；（ 5）胰凝乳蛋白酶处理产生两个三肽和一个四肽， N-末端的胰凝乳蛋白酶水解肽段在中性 pH 时携带 -1 净电荷，在 pH12 时携带 -3 净电荷；（ 6）一轮 Edman 降解给出下面的 PTH衍生物：（图略）写出该十肽的氨基酸序列。 Ser-Glu-Tyr-Arg-Lys-Lys-P

30、he-Met-Asn-Pro 解：（ 1）用羧肽酶 A 和 B 处理十肽无效说明该十肽 C-末端残基为 -Pro； （ 2）胰蛋白酶专一断裂 Lys 或 Arg 残基的羧基参与形成 的肽键，该十肽在胰蛋白酶处理后产生了两个四肽和有利的 Lys，说明十肽中含 Lys-或 -Arg- -Lys-Lys-或 -Arg-Lys- -Lys- Arg-Lys-四种可能的肽段，且水解位置在 4 与 5、 5 与 6 或 4 与 5、 8 与 9、 9 与 10 之间； （ 3）梭菌蛋白酶专一裂解 Arg 残基的羧基端肽键，处理该十肽后，产生一个四肽和一个六肽，则可知该十肽第四位为 -Arg-； （ 4）溴

31、化氰只断裂由 Met 残基的羧基参加形成的肽键，处理该十肽后产生一个八肽和一个二肽，说明该十肽第八位或第二位为 -Met-；用单字母表 示二肽为 NP，即 -Asn-Pro-，故该十肽第八位为 -Met-； （ 5）胰凝乳蛋白酶断裂 Phe、 Trp 和 Tyr 等疏水氨基酸残基的羧基端肽键，处理该十肽后，产生两个三肽和一个四肽，说明该十肽第三位、第六位或第七位为 Trp 或 Phe； （ 6）一轮 Edman 降解分析 N-末端，根据其反应规律，可得 N-末端氨基酸残疾结构式为：-NH-CH(-CH2OH)-C(=O)-，还原为 -NH-CH(-CH2OH)-COOH-，可知此为 Ser；

32、结合（ 1）、（ 2）、（ 3）、（ 4）、（ 5）、（ 6）可知该十肽的氨基酸 序列为： Ser-Glu-Tyr-Arg-Lys-Lys-Phe-Met-Asn-Pro 8、一个四肽，经胰蛋白酶水解得两个片段，一个片段在 280nm 附近有强的光吸收，并且 Pauly 反应和坂口反应（检测胍基的）呈阳性。另一片段用溴化氰处理释放出一个与茚三酮反应呈黄色的氨基酸。写出此四肽的氨基酸序列。 YRMP 7 解：胰蛋白酶酶专一水解 Lys 和 Arg 残基的羧基参与形成的肽键，故该四肽中含 Lys 或 Arg；一肽段在 280nm 附近有强光吸收且 Pauly 反应和坂口反应（检测胍基的）呈阳性，说

33、明该肽段含 Tyr 和Arg；溴化氰专一断裂 Met 残基的羧基参加形成的肽键，又因生成了与茚三酮反应呈黄色的氨基酸，故该肽段为 -Met-Pro-；所以该四肽的氨基酸组成为 Tyr-Arg-Met-Pro，即 YRMP。 9 蜂毒明肽（ apamin）是存在蜜蜂毒液中的一个十八肽，其序列为 CNVRAPETALCARRCOOH，已知蜂毒明肽形成二硫键，不与碘乙酸发生反应，（ 1）问此肽中存在多少个二硫键？（ 2）请设计确定这些（个）二硫键位置的策略。 （ 1）两个；（ 2）二硫键的位置可能是 1-3 和 11-15 或 1-11 和 3-15 或 1-15 和 3-11，第 一种情况，用胰蛋

34、白酶断裂将产生两个肽加 Arg；第二种情况和第三种，将产生一个肽加 Arg，通过二硫键部分氧化可以把后两种情况区别开来。 10、叙述用 Mernfield 固相化学方法合成二肽 Lys-Ala。如果你打算向 Lys-Ala 加入一个亮氨酸残基使成三肽，可能会掉进什么样的“陷坑”？ 8 第五章 蛋白质的三维结构 提要 每一种蛋白质至少都有一种构像在生理条件下是稳定的，并具有生物活性，这种构像称为蛋白质的天然构像。研究蛋白质构像的主要方法是 X 射 线晶体结构分析。此外紫外差光谱、荧光和荧光偏振、圆二色性、核磁共振和重氢交换等被用于研究溶液中的蛋白质构像。 稳定蛋白质构像的作用有氢键、范德华力、疏

35、水相互作用和离子键。此外二硫键在稳定某些蛋白质的构像种也起重要作用。 多肽链折叠成特定的构像受到空间上的许多限制。就其主链而言，由于肽链是由多个相邻的肽平面构成的，主链上只有 -碳的二平面角 和 能自由旋转，但也受到很大限制。某些 和 值是立体化学所允许的，其他值则不被允许。并因此提出了拉氏构像，它表明蛋白质主链构象在图上所占的位置是很有限的（ 7.7%-20.3%）。 蛋白质主链的折叠形成由氢键维系的重复性结构称为二级结构。最常见的二级结构元件有螺旋、转角等。螺旋是蛋白质中最典型、含量最丰富的二级结构。螺旋结构中每个肽平面上的羰氧和酰氨氢都参与氢键的形成，因此这种构象是相当稳定的。氢键大体上

36、与螺旋轴平行，每圈螺旋占 3.6 个氨基酸残基，每个残基绕轴旋转 100，螺距为 0.54nm。 -角蛋白是毛、发、甲、蹄中的纤维状蛋白质，它几乎完全由螺旋构成的多肽链构成。折叠片中肽链主链处于较伸展的曲折（锯齿）形式，肽链之间或一条肽链的肽段之间借助氢键彼此连接成片状 结构，故称为折叠片，每条肽链或肽段称为折叠股或股。肽链的走向可以有平行和反平行两种形式。平行折叠片构象的伸展程度略小于反平行折叠片，它们的重复周期分别为 0.65nm 和 0.70nm。大多数折叠股和折叠片都有右手扭曲的倾向，以缓解侧链之间的空间应力（ steric strain）。蚕丝心蛋白几乎完全由扭曲的反平行折叠片构成。

37、胶原蛋白是动物结缔组织中最丰富的结构蛋白，有若干原胶原分子组成。原胶原是一种右手超螺旋结构，称三股螺旋。弹性蛋白是结缔组织中另一主要的结构蛋白质。 蛋白质按其外形和溶解度可分为纤维 状蛋白质、球状蛋白质和膜蛋白。 -角蛋白、丝心蛋白（-角蛋白）、教员蛋白和弹性蛋白是不溶性纤维状蛋白质；肌球蛋白和原肌球蛋白是可溶性纤维状蛋白质，是肌纤维中最丰富的蛋白质。球状蛋白质是一类可溶性的功能蛋白，如酶、抗体、转运蛋白、蛋白质激素等，膜蛋白是一类与膜结构和功能紧密相关的蛋白质，它们又可分为膜内在蛋白质、脂锚定蛋白质以及膜周边蛋白质。 蛋白质结构一般被分为 4 个组织层次（折叠层次），一级、二级、三级和四级结

38、构。细分时可在二、三级和四级结构。细分时可在二、三级之间增加超二级结构和结构域两个层次。超二级结 构是指在一级序列上相邻的二级结构在三维折叠中彼此靠近并相互作用形成的组合体。超二级结构有 3中基本形式：（螺旋束）、（如 Rossman 折叠）、（曲折和希腊钥匙拓扑结构）。结构域是在二级结构和超二级结构的基础上形成并相对独立的三级结构局部折叠区。结构域常常也就是功能域。结构域的基本类型有：全平行螺旋结构域、平行或混合型折叠片结构域、反平行折叠片结构域和富含金属或二硫键结构域等 4 类。 球状蛋白质可根据它们的结构分为全 -结构蛋白质、 -结构蛋白质、全 -结构蛋白质和富含金属或二硫键蛋白质 等。

39、球状蛋白质有些是单亚基的，称单体蛋白质，有些是多亚基的，称寡聚或多聚蛋白质。亚基一般是一条多胎链。亚基（包括单体蛋白质）的总三维结构称三级结构。球状蛋白质种类很多，结构也很复杂，各有自己独特的三维结构。但球状蛋白质分子仍有某些共同的结构特征：一种分子可含多种二级结构元件，具有明显的折叠层次，紧密折叠成球状或椭球状结构，疏水测链埋藏在分子内部，亲水基团暴露在分子表面，分子表面往往有一个空穴（活性部位）。 蛋白质受到某些物理或化学因素作用时，引起生物活性丢失，溶解度降低以及其他的物理化学常数的改变 ，这种现象称为蛋白质变性。变性实质是非共价键破裂，天然构象解体，但共价键未遭破裂。有些变性是可逆的。

40、蛋白质变性和复性实验表明，一级结构规定它的三维结构。蛋白质的生9 物学功能是蛋白质天然构象所具有的性质。天然构象是在生理条件下热力学上最稳定的即自由能最低的三维结构。 蛋白质折叠不是通过随机搜索找到自由能最低构象的。折叠动力学研究表明，多肽链折叠过程中存在熔球态的中间体，并有异构酶和伴侣蛋白质等参加。 寡聚蛋白是由两个或多个亚基通过非共价相互作用缔合而成的聚集体。缔合形成聚集体的方式构成蛋白质的四级结构，它涉及亚 级在聚集体中的空间排列（对称性）以及亚基之间的接触位点（结构互补）和作用力（非共价相互作用的类型）。 习题 1.（ 1）计算一个含有 78 个氨基酸的螺旋的轴长。（ 2）此多肽的螺旋

41、完全伸展时多长？ 11.7nm；28.08nm 解：（ 1）螺旋中每个残基绕轴旋转 100，沿轴上升 0.15nm，故该螺旋的轴长为： 78 0.15nm=11.7nm (2) 螺旋每圈螺旋占 3.6 个氨基酸残基，故该螺旋圈数为： 78 3.6 圈；螺旋的直径约为 0.5nm，故每圈轴长为 0.5 nm。完全伸展的螺旋长度约为： 0.5（ 78 3.6） 34.01nm。 2.某一蛋白质的多肽链除一些区段为螺旋构想外，其他区段均为折叠片构象。该蛋白质相对分子质量为 240000，多肽链外姓的长度为 5.06 10-5cm。试计算：螺旋占该多肽链的百分数。（假设折叠构象中每氨基酸残疾的长度为

42、0.35nm） 59% 解：一般来讲氨基酸的平均分子量为 120Da，此蛋白质的分子量为 240000Da，所以氨基酸残基数为240000 120=2000 个。设有 X 个氨基酸残基呈螺旋结构，则： X 0.15+（ 2000-X） 0.35=5.06 10-5 107=506nm 解之得 X=970，螺旋的长度为 970 0.15=145.5，故 -螺旋占该蛋白质分子的百分比为： 145.5/536 100%=29% 3.虽然在真空中氢键键能约为 20kj/mol，但在折叠的蛋白质中它对蛋白质的桅顶焓贡献却要小得多（ 5kj/mol）。试解释这种差别的原因。 在伸展的蛋白质中大多数氢键的共

43、体和接纳体都与水形成氢键。折旧时氢键能量对稳定焓贡献小的原因。 4.多聚甘氨酸是一个简单的多肽，能形成一个具有 =-80 =+120的螺旋，根据拉氏构象图（ 图5-13），描述该螺旋的（ a）手性；（ b）每圈的碱基数。 （ a）左手；（ b） 3.0 解：据 P206图 5-13 拉氏构象图， = -80 =+120时可知该螺旋为左手性，每圈残基数为 3.0。 5.螺旋的稳定性不仅取决于肽链间的氢键形成，而且还取决于肽链的氨基酸侧链的性质。试预测在室温下的溶液中下列多聚氨基酸那些种将形成螺旋，那些种形成其他的有规则的结构，那些种不能形成有规则的结构？并说明理由。（ 1）多聚亮氨酸， pH=7

44、.0；（ 2）多聚异亮氨酸， pH=7.0；（ 3）多聚精氨酸， pH=7.0；（ 4）多 聚精氨酸， pH=13；（ 5）多聚谷氨酸， pH=1.5；（ 6）多聚苏氨酸， pH=7.0；（ 7）多聚脯氨酸， pH=7.0； （ 1）（ 4）和（ 5）能形成螺旋；（ 2）（ 3）和（ 6）不能形成有规则的结构；（ 7）有规则，但不是螺旋 6. 多聚甘氨酸的右手或左手螺旋中哪一个比较稳定？为什么？ 因为甘氨酸是在 -碳原子上呈对称的特殊氨基酸，因此可以预料多聚甘氨酸的左右手螺旋（他们是对映体）在能量上是相当的，因而也是同等稳定的。 7.考虑一个小的含 101 残基的蛋白质。该蛋白质将有 200

45、个可旋转的键。并假设对每 个键和有亮个定向。问：（ a）这个蛋白质可能有多种随机构象（ W）？（ b）根据（ a）的答案计算在当使 1mol10 该蛋白质折叠成只有一种构想的结构时构想熵的变化（ S 折叠 ）；（ c）如果蛋白质完全折叠成由 H 键作为稳定焓的唯一来源的螺旋，并且每 mol H 键对焓的贡献为 -5kj/mol，试计算 H 折叠 ；（ d）根据逆的（ b）和（ c）的答案，计算 25时蛋白质的 G 折叠 。该蛋白质的折叠形式在 25时是否稳定？ （ a） W=2200=1.61 1060；（ b） S 折叠 =1.15 kj/（ K mol）（ c） H 折叠 100（ -5

46、kj/mol） =-500 kj/mol；注意，这里我们没有考虑在螺旋末端处某些氢键不能形成这一事实，但考虑与否差别很小。（ d） G折叠 =-157.3 kj/mol.由于在 25时 G 折叠 0，因此折叠的蛋白质是稳定的。 8.两个多肽链 A 和 B，有着相似的三级结构。但是在正常情况下 A 是以单体相识存在的，而 B 是以四聚体（ B4）形式存在的，问 A 和 B 的氨基酸组成可能有什么差别。 在亚基 -亚基相互作用中疏水相互作用经常起主要作用，参与四聚体 B4的亚基 -亚基相互作用的表面可能比单体 A 的对应表面具有较多的疏水残基 。 9.下面的序列是一个球状蛋白质的一部分。利用表 5

47、-6 中的数据和 Chou-Faman 的经验规则，预测此区域的二级结构。 RRPVVLMAACLRPVVFITYGDGGTYYHWYH 残基 4-11 是一个螺旋，残基 14-19 和 24-30 是折叠片。残基 20-23很可能形成转角 10.从热力学考虑，完全暴露在水环境中和完全埋藏在蛋白质分子非极性内部的两种多肽片段，哪一种更容易形成螺旋？为什么？ 埋藏在蛋白质的非极性内部时更容易形成螺旋。因为在水环境中多肽对稳定焓（ H 折叠 ）的贡献要小些。 11.一种酶相对分子质量为 300000，在酸性环境中可解理成两个不同组分，其中一个组分的相对分子质量为 100000，另一个为 50000

48、。大的组分占总蛋白质的三分之二，具有催化活性。用 -巯基乙醇（能还原二硫桥）处理时，大的失去催化能力，并且它的沉降速度减小，但沉降图案上只呈现一个峰（参见第 7 章）。关于该酶的结构作出什么结论？ 此酶含 4 个亚基，两个无活性亚基的相对分子质量为 50000，两个催化亚基的相对分子质量为 100000，每个催化亚基是由两条无活性的多肽链（相对分子质量为 50000）组成。彼此间由二硫键交联 在一起。 12.今有一种植物的毒素蛋白，直接用 SDS 凝胶电泳分析（见第 7 章）时，它的区带位于肌红蛋白（相对分子质量为 16900）和 -乳球蛋白（相对分子质量 37100）良种蛋白之间，当这个毒素蛋白用 -巯基乙醇和碘乙酸处理后，在 SDS 凝胶电泳中仍得到一条区带，但其位置靠近标记蛋白细胞素（相对分子质量为 13370），进一步实验表明，该毒素蛋白与 FDNB 反应并酸水解后，释放出游离的 DNP-Gly和 DNP-Tyr。关于此蛋白的结构，你能做出什么结论？ 该毒素蛋白由两条不同的多肽链通过链间二硫键交联而成，每条多 肽链