1、Leica TCS SP5 激光共聚焦显微镜系统软件操作手册打开软件后，默认在 Acquire 面板的 acquisition 中，acquisition mode 为xyz， Format 扫描像素为 512x512，average line and frame average 为 1。根据需要选择扫描模式，常用的有以下几种：xyz 层面扫描；xyt 时间扫描；xy 光谱扫描。扫描像素 一般选 10241024设置平均 一般选择 line average 2-3 次保存图像方法注意：一般在扫描结束后统一保存，为免数据丢失，可以从获取第一张图片后就要开始保存，以后每获取一张图片保存一次。1、
2、保存 Leica .lif 文件进入Acquire 面板的Experiment 中，右键点击Experiment，从弹出菜单中选中“Save Experiment “Experiment” as”，保存lif文件到自己的文件夹中并取名。2、 导出lif文件右键点击Experiment，从弹出菜单中选中“Export Experiment as tiff”，选择目标文件夹，选中rawdata导出单通道图片。如需导出overlay 图片，则再次 右键点击Experiment ，从弹出菜单中选中 “Export Experiment as tiff”，选择目标文件夹，选中overlay 导出多通道合
3、成图片。一、 获取单一荧光图像1、在 beam path setting 中的 load/save single setting 中选择所标记荧光的光路设置方法。2、点击 live 开始连续扫描，优化图像质量。调节 z position 选择需扫描层面，调节 gain 和 offset 使图像亮度和背景到达到合适的状态，Zoom 调节电子放大倍率。点击 stop，停止扫描。3、选择像素 102410244、点击 capture image 获取图像。5、保存图像。二、获取多荧光图像1、点击 seq ，出现 sequential scan 面板。2、在 sequential scan 面板中点击
4、 scan 1，在 beam path setting 中选择所标记的一种荧光的光路设置方法。点击 live 开始连续扫描，优化图像质量。调节 z position 选择需扫描层面，调节 gain 和 offset 使图像亮度和背景到达到合适的状态，Zoom 调节电子放大倍率。点击 stop，停止扫描。在 sequential scan 面板中点击“+” ，点击 scan 2，在 beam path setting 中选择所标记的另一种荧光的光路设置方法，点击 live 开始连续扫描，优化图像质量。标记了几种荧光就添加几种方法。选择“between frames ”模式。3、选择像素 1024
5、1024，点击 Start 获取图像。4、保存图像。三、获取多层荧光图像1、在 beam path setting 中选择所标记荧光的光路设置方法。2、打开 Z-stack 面板。3、点击 live 开始连续扫描，优化图像质量。调节 z position 选择需扫描层面，设置 begin 和 end ，调节 gain 和 offset 使图像亮度和背景到达到合适的状态，Zoom 调节电子放大倍率。点击 stop，停止扫描。在 Z-stack 面板中确定 Nr. Of steps （在选择层面中确定需扫描张数）4、点击 start 获取图像。5、如需将扫描图像叠加，选择 Process 面板，选
6、择 visualization 3D projection ，点击apply ，即可生成叠加图像。6、 保存图像。四、获取时间序列图像1、 Acquisition mode 改为 xyt。2、根据需要拍摄图像的时间间隔和图像质量调整 fomat 和 line average 值。3、在 beam path setting 中的 load/save single setting 中选择所标记荧光的光路设置方法。如是多种荧光则选择点击 seq，设置序列扫描。4、点击 live 开始连续扫描，优化图像质量。调节 z position 选择需扫描层面，调节 gain 和 offset 使图像亮度和背景到达到合适的状态，Zoom 调节电子放大倍率。点击 stop，停止扫描。5、点击 start 获取图像。6、保存图像。
