1、CBMDisc 数据库实习题数据库实习题 1、检索“视网膜再灌注损伤与半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶”表达的相关文献。方法 1：关键词、缺省、题名均可：视网膜 and 再灌注损伤 and 半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶方法 2：#1 缺省：视网膜 and 再灌注损伤#2 关键词：视网膜 and 再灌注损伤#3 半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶/全部副主题词#1 and #3 或 #2 and #32、检索中华实验外科杂志上肝移植的免疫学方面的文献。#1 刊名：中华实验外科杂志#2 主题检索：肝移植 / 免疫学#1 and #23、检索有关儿童肥胖与糖尿病的关系的文献方法 1：#1 主题检索：糖尿病/全部副主题词#2 关
2、键词： 肥胖 （限定儿童）#1 and #2方法 2：题名：儿童 and 肥胖 and 糖尿病4、检索有关血液透析治疗急性肾功能衰竭方面的文献。#1 主题检索：肾功能衰竭，急性/全部副主题词#2 关键词：血液透析#1 and #2PubMed 数据库实习题1. 利用基本检索，查 2002-2007 年“婴幼儿维生素 A 缺乏”方面的英文全文文献。（1）本例的中英文关键词： 维生素 A 缺乏Vitamin A Deficiency （2）检索步骤.#1 Vitamin A Deficiency.通过 Limits 从时间、年龄、语种方面进行限定。2.利用主题途径（MeSH Database） ，
3、查近 5 年来“青少年肾功能衰竭的并发症或死亡率”临床实验（Clinical Trial）方面的文献。（加权检索）（1）本例的中英文关键词：肾功能衰竭 Renal failure 并 发 症 Complication死 亡 率 mortality（2）分析课题本例讨论的是肾功能衰竭的并发症或死亡率，故副主题词选择并发症或死亡率，二者的逻辑关系是逻辑或。（3）检索步骤.点击 Pubmed 主页的 MeSH Database，进入主题检索页面;.输入检索词 renal failure 并点击 go;.点击主题词 Kidney Failure,并在 Subheadings（副主题词）选中 compl
4、ication(并发症) 和 mortality （死亡率） ；.在 Restrict Search to Major Topic headings only 选项前打标记（加权检索） ；.点击 Send to 下拉菜单 Search Box with AND,系统进入. 点击 Search PubMed 将显示检索结果；.点击 Limits: Ages 中选 Adolescent(13-18 岁)、 Type of Article 中选（Clinical Trial） 、输入起止年份2003-2008，点击 search ,系统返回检索结果。 3. 利用临床文献查询(Clinical Que
5、ries)，检索“关于胆结石（Cholelithiasis)诊断(Diagnosis)” 方面的文献。检索步骤如下：.点击主页的 Clinical Queries，进入临床文献查询页面，.在上方提问框内输入 Cholelithiasis，并点击左下方的Diagnosis，.选择 narrow(查准率)、点击 search 则系统返回检索结果。5、阿司匹林治疗心肌梗死方面的主要主题文献（加权检索）#1 aspirin / therapeutic use #2 myocardial infarction / drug therapy #1 and #2案例一、查找 2000 年以来有关冠心病合并慢
6、性肾功能不全老年患者冠状动脉介入治疗的文献。1课题概况冠状动脉介入治疗（PCI）已经广泛用于各种冠心病（CHD）及冠状动脉病变。慢性肾功能不全（CRI）在老年人中很常见，通常这些患者都有高血压、高脂血症、糖尿病等冠心病危险因素。对冠心病合并慢性肾功能不全的老年患者，PCI的手术难度大，并发症多，特别是远期疗效如何，尚有争议。本课题拟在PubMed数据库中检索这方面的文献。2分析概念本课题涉及的概念有（1）慢性肾功能不全：chronic renal insufficiency (CRI)（2）冠心病：coronary heart disease (CHD)（3）冠状动脉介入治疗：percutan
7、eous coronary intervention (PCI)（4）老年：aged3初步选定检索年限、检索途径，列出检索式检索年限：2000年-至今，可以在PubMed的高级检索中对年限进行限定检索途径：拟先采用PubMed默认的自动词语匹配检索，再根据检索结果调整检索式：chronic renal insufficience AND coronary heart disease AND percutaneous coronary intervention，再将检索结果限定为老年人即可4预检索（1）进入PubMed主页，在检索框中输入chronic renal insufficiency A
8、ND coronary heart disease AND percutaneous coronary intervension，点击search，检索结果为115篇（见图1）（2）检索结果显示页面右侧的Search Details栏给出了PubMed采用自动词语匹配检索的实际检索式为：(“renal insufficiency, chronic“MeSH Terms OR (“renal“All Fields AND “insufficiency“All Fields AND “chronic“All Fields) OR “chronic renal insufficiency“All F
9、ields OR (“chronic“All Fields AND “renal“All Fields AND “insufficiency“All Fields) AND (“coronary disease“MeSH Terms OR (“coronary“All Fields AND “disease“All Fields) OR “coronary disease“All Fields OR (“coronary“All Fields AND “heart“All Fields AND “disease“All Fields) OR “coronary heart disease“Al
10、l Fields) AND (percutaneousAll Fields AND (“heart“MeSH Terms OR “heart“All Fields OR “coronary“All Fields) AND (“Intervention (Amstelveen)“Journal OR “intervention“All Fields)由上述检索式可以看出，自动词语匹配检索将慢性肾功能不全转化为相应MeSH主题词renal insufficiency, chronic；冠心病转化为相应的MeSH主题词coronary disease；但“冠状动脉介入治疗 ”这一概念没有转化为相应的
11、MeSH主题词。图1 PubMed中采用自动词语匹配检索的检索结果图2 浏览密切相关文献的 MeSH Terms字段，帮助选择正确的主题词（3）采用文摘格式浏览预检索结果，对密切相关且已经收录在Medline中的文献，点开Publication Types, MeSH Terms 字段，查看其标引的 MeSH主题词，以帮助选择正确的MeSH主题词。例如，第14篇文献为密切相关文献，从该文标引的MeSH主题词（见图2）可知，冠状动脉介入治疗可采用MeSH主题词Coronary Angiography或Angioplasty, Transluminal, Percutaneous, Coronar
12、y。此外，浏览预检索结果发现，为保证查全，与冠心病相关的急性冠脉综合征、心肌梗死等也应该列为检索词。5检索策略调整、反馈（1）根据预检索结果，调整检索策略，采用主题词检索，MeSH主题词有：Coronary Angiography；Angioplasty, Transluminal, Percutaneous；Coronary Disease；Myocardial Infarction；Acute Coronary Syndrome；Renal Insufficiencey, chronic（2）为防止漏检尚未被Medline收录的in process citations等文献，可以结合采用字
13、段限定检索查找最新文献（例如将检索结果限定在篇名） 。6实际检索（1）从PubMed主页点击MeSH Databases，进入MeSH 主题词检索页面，输入主题词Angioplasty, Transluminal, Percutaneous Coronary，勾选Restrict Search to Major Topic headings only（限定检索主要主题词） ，点击Send Box with OR；（2）在检索框中输入主题词Coronary Angiography，勾选限定检索主要主题词，点击Send to Search with OR；（3）在检索框中输入主题词Coronary
14、 Disease，浏览MeSH树形结构表（MeSH Tree） ，点击上位词 Myocardial Ischemia（心肌缺血） ，发现Myocardial Ischemia的下位词包含了Myocardial Infarction、Coronary Disease, Acute Coronary Syndrome等相关的主题概念。因此，采用上位主题词 Myocardial Ischemia进行检索，系统自动扩检所有下位主题词，同时勾选限定主要主题词，点击Send to Search With AND；（4）在检索框中输入主题词Renal Insufficiency, chronic，浏览MeS
15、H Tree，其上位主题词为Renal Insufficiency检索，包括了kidney failure、renal insufficiency, chronic、renal insufficiency, acute等下位主题词。因此，为保证查全，采用上位主题词Renal Insufficiency，同时勾选限定主要主题词，点击Send to Search With。（5）查看检索框显示的完整检索策略（见图3） 。点击Search PubMed，检索结果为132篇。（6）点击检索结果显示页面的Advaced Search按钮，在Advaced Search页面的Search by Autho
16、r，Journal，Publication Date， and more栏目下的Publication Date中输入2000 to Present；在Limit by Topics，Languages，and Journal Groups栏目下的Ages子栏目中勾选aged，65+years，点击Search，检索结果为86篇（见图4） ；（7）浏览这86篇文献（见图5） ，均为密切相关文献。实际检索式为：(“2000“Publication Date : “3000“Publication Date) AND (“Angioplasty, Transluminal, Percutaneou
17、s Coronary“Majr OR “Coronary Angiography“Majr) AND “Myocardial Ischemia“Majr) AND “Renal Insufficiency“Majr) Limits: Aged: 65+ years图3 主题词检索的检索策略图4 检索结果限定（检索年限及年龄）图5 PubMed检索结果7检索结果分析本课题先采用PubMed的自动词语匹配检索进行预检索，通过浏览文献帮助选择正确的主题词。主题词检索时限定检索主要主题词（Major Topic） ，查准率较高。利用主题词树形结构，选择了合适的上位主题词进行扩建，保证查全率。案例二、查
18、找结直肠癌干细胞的文献，要求尽量查准，将检索结果保存在My NCBI中，并设置通过Email定期发送最新的检索结果。1课题概况有关肿瘤干细胞的研究是近几年肿瘤研究的一个热点，国内这方面的研究文献还不多。本课题通过PubMed检索有关结直肠肿瘤干细胞的研究报道。2分析课题概念（1）结直肠癌：colorectal cancer（2）肿瘤干细胞：cancer stem cell，cancer stem cells3选择检索途径，列出检索式本课题要求查准，结直肠癌有相应的主题词“结直肠肿瘤” ，但肿瘤干细胞还没有收录为MeSH主题词，拟直接采用词组检索，如有必要，继续进行字段限定检索，因此，列出检索式
19、为：(“cancer stem cells” OR “cancer stem cells” ) AND colorectal neoplasms Majr此外，本课题要求将检索结果保存在My NCBI中，因此，首先注册并建立My NCBI账号，并点选keep me sign in。以后只要打开PubMed，即可保持自动登录My NCBI的状态。4实际检索（1）从PubMed主页点击MeSH Databases，进入MeSH 主题词检索页面，输入主题Colorectal Neoplasms，勾选Restrict Search to Major Topic headings only（限定检索主要
20、主题词） ，点击Send Box with AND，点击Search PubMed，可得检索结果90818篇；（2）在返回检索结果页面的检索框中输入”cancer stem cell” OR “caner stem cells”，点击Search ，可得检索结果 1518篇；（3）点击检索结果浏览页面的Advanced Search按钮，进入高级检索页面，浏览Search History，将步骤一、步骤二的检索式序号用AND连接，即可得到检索结果为51篇； （4）浏览检索结果，基本符合要求。如果需要检索结果更精简，可以采用字段限定检索，即限定在篇名中出现肿瘤干细胞。采用检索式 (“cancer
21、 stem cells” ti OR “cancer stem cells” ti ) AND colorectal neoplasms Majr，检索结果为29篇；（5）浏览文献，发现这29篇均为密切相关文献，查准率较高（见图5） 。（6）为检索到尚未被Medline收录的最新文献，可限定篇名字段出现检索词，采用检索式(“cancer stem cell“ ti OR “cancer stem cells“ ti) AND (colorectal neoplasms ti OR colorectal cancer ti OR colorectal adenocarcinoma ti) 作为补
22、充，检索结果为14篇；（7）将步骤四、步骤六的结果执行OR布尔逻辑运算（见图 6） ，最终检索结果为33篇。浏览结果，均为密切相关文献，且包含了in process以及as supplied by publisher的文献（见图7） 。（8）在检索结果浏览页面，在Send to下拉菜单选择 Collections，进入My NCBI页面，选择Create new collection，新建文件名为 “结直肠癌干细胞” ，点击Save保存。（9）在检索结果浏览页面，点击Save Search链接，进入 My NCBI页面，在Name of search栏中输入检索策略的名称为 “结直肠癌干细胞 ”，点击Save ，选择通过Email 定期自动发送新的检索结果，选择发送频率及格式即可（见图8） 。5检索结果分析本课题的检索词及检索策略比较明确，象肿瘤干细胞这样的新概念，还没有收录为主题词，为保证查准率，一般可采用词组检索加字段限定检索。如果直接用自动词语匹配检索，例如输入cancer stem cell，检索结果为22825篇，检索结果很泛，查准率很低。将检索结果保存在My NCBI，可以很方便进行编辑管理。保存检索策略后还可以通过Email 自动接受最新的检索结果。图6 PubMed检索史图7 PubMed检索结果及保存方式
