1、DNA甲基化检测之甲基化特异性HRM检测技术（ Methylation-sensitive high resolution melting）,内容提示,DNA甲基化的定义及生物学意义MS-HRM检测的原理MS-HRM检测的方法及步骤MS-HRM检测结果分析,DNA甲基化的定义在甲基转移酶的催化下，DNA的CG两个核苷酸的胞嘧啶被选择性地添加甲基基团的化学修饰现象。,DNA甲基化的形式：DNA甲基化主要形成5-mC和少量的N6-甲基嘌呤（N6-mA）及7-甲基鸟嘌呤（7-mG）,CpG 岛（CpG Island） 在基因组的某些区域中，通常是基因的启动子区域，5端非翻译区和第一个外显子区，CpG
2、序列密度非常高，超过均值5倍以上，成为鸟嘌呤和胞嘧啶的富集区，称之为CpG岛(CpG Islands, CGIs)。正常结构基因组中70% 90% 的独立CpG 都被甲基化, 未甲基化的CpG 成簇地聚集形成CpG 岛主要位于结构基因的启动子和第一外显子区域，约有60以上基因的启动子含有CpG岛。 是结构基因启动子的核心序列和转录起始点,CpG island的功能：通过甲基化与去甲基化，调控下游基因的表达 基因表达的调控开关,DNA甲基化的生物学意义,1、转录抑制 基因启动子区的甲基化可影响转录激活因子和其识别序列 的结合.,DNA甲基化的生物学意义,2、影响基因表达 直接抑制基因表达 或甲基
3、化的 CpG双核苷酸序列可被甲基结合蛋 白家族 识别,而后者可通过吸引补充组蛋白去乙酞化酶 和组蛋白甲基化转移酶 等组蛋 白修饰蛋白质来改变染色质的活性 ,以间接方式影响基因表达.,3、损伤与修复 一方面参与凋亡和修复的基因受DNA 甲基化调控,另一方面异常甲基化往往会导致DNA 的多种损伤。此外 ,甲基化还可能直接参与DNA损伤的识别和修复过程.4、其他 ： 甲基化还参与DNA 的复制和包装及 DNA片段的转座等。,基因组甲基化的特点：可逆性许多甲基化位点可以根据细胞活性的要求重新甲基化或去甲基化；组织特异性不同的组织细胞具有不同的甲基化模式，为基因表达设定程序。异常的甲基化可分为高甲基化和
4、低甲基化 ，前者指正常组织中不发生甲基化的位点被甲基化 ，后者是指在正常组织中发生甲基化的位点去甲基化。,DNA甲基化与肿瘤的关系,肿瘤细胞的特征：癌基因低甲基化 被激活；抑癌基因高甲基化 被沉默 甲基化水平与肿瘤生物学特性密切相关，DNA甲基化水平越低，染色体越容易发生功能异常，肿瘤的浸润能力就越高，临床分期也愈晚,常见易被甲基化的抑癌基因与修复基因及其作用,DNA甲基化与肿瘤的关系 MGMT基因在许多肿瘤中被认为是抗肿瘤药物治疗的预测标记。MGMT启动子肿瘤特异性甲基化，可以抑制MGMT蛋白的活性，从而使得肿瘤细胞对烷化类的抗肿瘤药物敏感，因而被广泛用于肿瘤化疗治疗。,Figure： Ka
5、planMeier Estimates of Overall Survival, According toMGMTPromoter Methylation Status.,DNA 甲基化的检测方法,DNA 甲基化的检测方法MS-HRM检测技术 目前，甲基化检测的方法很多，例如甲基化特异性PCR，Northern印迹法、Western印迹法、免疫细胞化学等，这些检测方法由于需要花费大量时间，成本高等等，在临床推广应用时均存在一定的困难。最新报道了一种基于熔解曲线的高分辨率熔解（High Resolution Melt，HRM）的新方法，为甲基化的检测带来了新的曙光。用HRM方法检测MGMT启动子
6、区域内的甲基化状态，可检测低达0.1%的甲基化程度；并且可以根据已知甲基化程度的标准曲线对未知样品的甲基化百分比进行测定。,MS-HRM检测技术原理 采用重亚硫酸盐处理DNA模板后，在非CpG岛位置设计一对针对经亚硫酸氢钠处理后DNA链的引物，这对引物中间包含有意义的甲基化CpG岛，一旦这些CpG岛发生甲基化，胞嘧啶不发生变化，而未甲基化的胞嘧啶转变成胸腺嘧啶，样品中的GC含量发生了变化，最终被转化成了熔解曲线Tm值之间的差异。CpG位点在小的扩增片段内的相对位置也会对熔解峰的形状产生影响，因此，根据Tm值和熔解峰的形状可以检测出样本的甲基化位点和甲基化程度,MS-HRM检测方法及步骤引物设计
7、：引物需包含个CpG二核苷酸序列；CpG二核苷酸序列应尽量靠近引物的端；引物的Tm值应尽量接近，最好控制在内；引物的端应包含有个或多个T碱基，从而确保只有经过重亚硫酸盐修饰的DNA模板得到扩增；引物不能有二聚体存在；扩增子的长度尽量控制在100bp左右,MS-HRM检测方法及步骤引物设计：,MS-HRM检测方法及步骤2. DNA样本的准备： 可使用新鲜组织或石蜡组织样本，一般不使用血液样本；3. 仪器选择（一般可进行HRM分析的仪器均可）：如LightCycler480 (Roche), RotorGene6000 (CorbettResearch), Applied Biosystems 7
8、500 FAST real-time PCR system(Applied Biosystems), LightScanner System and the HR-1 instrument(Idaho Technologies).,MS-HRM检测方法及步骤4. DNA样本的甲基化修饰： 可使用FFPE Tissue Kit (QIAGEN) 对DNA甲基化修饰及回收；3. PCR扩增：上样体系PCR-HRM反应程序,MS-HRM检测方法及步骤上样体系：,MS-HRM检测方法及步骤b. PCR-HRM反应程序：,MS-HRM检测结果分析,MGMT甲基化检测的标准曲线图,MS-HRM检测结果分析
9、,MS-HRM检测结果分析,Figure 1 | The effect of the PCR annealing temperature on the sensitivity of the ATM MS-HRM assay. Thedilutions of methylated and unmethylated templates are indicated as follows: 100% methylated-red, 10%methylated-blue, 1% methylated-green and 0.1% methylated-brown and unmethylated-bla
10、ck.,MS-HRM检测结果分析,Figure 4. The MS-HRM assay for BNIP3 methylation. Results of theBNIP3-MS-HRM assay for five clinical samples compared to thedilution standards. Samples 15 show different methylation levels. Thesamples have been distributed over three panels to help distinguish theindividual samples.,谢谢！,
