1、医学文献检索概述,仇 晓 春上海交通大学医学院医学文献检索教研室Tel: 021-64679741Email: ,涉及人体的医学研究必须遵从普遍接受的科学原则，应对科学文献和相关资料全面了解，并有充分的实验和动物试验（如有必要）的基础上进行。 -世界医学协会赫尔辛基宣言 11/30,医学科研与文献,概述,信息与知识,信息（Information）： 广义(客观性): 信息是事物存在和运动状态及其特性的反映; 狭义(主观性): 信息是针对一定对象的需要而传递的有参考价值的内容。知识（Knowledge): 是信息的一部分,系统化的信息才是知识,概述,信息是使人原有的知识结构发生变化的那一小部分知
2、识。 KS+I = KS + S = KS + KSK=knowledge(知识), S=structure(结构)，I=information（信息） - 英 B.C. Brookes 1980,布鲁克斯信息理论,概述,信息、情报、知识与文献的关系,信息是知识的源泉，知识是系统化、理论化的信息，情报是活化的知识和信息，文献是信息、知识、情报的主要载体形式。,5,信息,情报,知识,文献,信息与知识,概述,信息素养与信息意识,信息素养（Information Literacy）是人们能够判断确定何时需要信息、并能够对信息进行检索、评价和有效利用的能力。信息素养包括信息意识、信息技能和信息伦理三方
3、面；信息意识（Information Consciousness）是指信息与信息事业在人们头脑中的综合反映，主要是指人们对信息重要性的认识程度和需求信息的迫切程度，以及捕捉信息、分析信息、判断信息和吸收信息的自觉程度。,概述,知事 （Know- What）：知道是什么，即事实知识 知因 （Know-Why）：知道为什么， 即原理知识 知窍 （Know-How）：知道怎样，即技能知识 知人 （Know-Who）：知道谁有知识，人力知识 显性知识：知事、知因 隐性知识：知窍、知人 知识的 “波粒二相性”,知识的类型：,概述,文 献,文献（Document, Literature）是指记录着知识的载
4、体；医学文献就是记录着医学知识、信息的物质载体，如医学图书、期刊、会议录等。,概述,印刷型,缩微型,电子文献,按载体类型分,文献的类型,一次文献（原始文献) 二次文献 (书目文献、索引） 三次文献（教科书、参考工具书、综述）零次文献（私人笔记、试验记录、设计草图、口头交流的信息等）,按加工深度划分,文献的类型,医学文献的种类,概述,全文型数据库(一次文献) Elsevier、Springer、Wiley、BMJ、NATURE、KARGER Open access 、BMC 、PLoS CHKD、万方数据、维普文摘型数据库(二次文献) Medline(Pubmed)、Embase、CINAHL、
5、SCI CBMdisc（SinoMed）事实型数据库(三次文献) Best practice、 Dynamed、 Micromedex、 Cochranelibrary、EBMR,常用医学文献数据库,概述,图 书,连续出版物,特种文献,教科书,工具书,报 纸,期 刊,科技报告,专利文献,学位论文,标准规范,政府出版物,产品资料,会议文献,专著,文献的类型,按出版类型划分,期刊影响因子,期刊影响因子（Impact Factor, IF）指期刊近两年的平均被引用率，最早是由美国情报学家SCI创始人尤金加菲尔德(Eugene Garfield)博士在1972年提出来的。 IF=(C2+C3)/(A2
6、+A3) 以2011年Lancet杂志为例：A22010年出版的文献数271（篇），A32009年出版的文献数280 (篇)，C22010年出版的文献在2011年被引用的次数10244 (次)，C32009年出版的文献在2011年被引用的次数10847 (次)。IF38.278 (次篇)。,概述,核心期刊,核心期刊（Core Journal）是指学科的主要期刊，它们具有数量少（一般占期刊总数的5%），但信息量大（占期刊信息量的50%以上）。浏览核心期刊可在较短的时间内掌握较多的信息，了解最新的科研动态等。 医学核心期刊名录 北京大学图书馆2012版CSCD（中国科学引文数据库 ）中国科技论文统
7、计源期刊,概述,医学文献的现状和发展趋势,数量大、增长快出版类型复杂多种内容分散、交叉、重复 新陈代谢频繁、传播迅速 文献发表时滞严重,概述,8000 articles published per day30 kg of guidelines per family doctor25,000 biomedical journals in print1500 medical articles onto Medline per day,Whats so difficult about medical articles?,概述,OA Journal Successes: PLoS Biology,fe
8、atures works of exceptional significance in all areas of biological science, from molecules to ecosystems, including works at the interface with other disciplines, such as chemistry, medicine, and mathematicsPublic Library of Scienceimpact factor: 14.7,概述,信息检索（Information Retrieval）,广义的信息检索是指将信息按一定方
9、式组织和存贮起来，并根据用户的需求找出所需要的信息的过程。狭义的信息检索是指从信息存贮系统中查找出特定信息的过程。 文献检索（Document Retrieval） 数据检索（Data Retrieval） 事实检索（Fact Retrieval）,概述,用户,输入检索需求,分析转换处理需求,数据库,概念词典控制词表,信息源,筛选录,分类索引文档预处理,匹配运算,检索结果,文献检索的原理,检索语言,分类检索语言 中国图书馆分类法 主题检索语言 关键词法 主题词法 代码检索语言,概述,主题检索语言,主题检索语言 是用词语来表达各种概念，将各种要领完全按字顺排列。它具有直观性、专指性、适应性、集中
10、性、多元性的特点。主题检索语言包括标题词、单元词、叙词和关键词，统称主题法系统，主要有汉语主题词表中医药主题词表、美国医学主题词表Medical Subject Headings, MeSH。 MeSH有23000多个主题词，分16个大类（A-N, V、Z），124个小类，还有83个副主题词，Subheadings，分字顺表达式 Alphabetic List和树状结构Tree Structure两部分。,概述,自然检索语言引擎,概述,概 述,主题检索语言引擎,对于自然医学语汇中同义词、近义词学名与俗名的处理例：Cancer，Tumor * Neoplasms (近义词)German Meas
11、les * Rubella (同义词)Vitamin C * Ascorbic Acid (学、俗名)Apoplexy * Cerebrovascular DisordersDeoxyribonucleic Acid * DNA (繁、简称)非典 *严重急性呼吸道综合症乙酰水杨酸，阿斯匹林 *阿司匹林,MeSH作用1：规范自由词,概 述,MeSH作用2: 扩展下位(树型结构表),按照学科性质，词义范围的上下类属和派生关系，将字顺表中的主题词分别划分为16个大类，依次用A-N及V、Z代表。,等级关系:Diseases C Neoplasms C4 Neoplasms by Site (NON M
12、eSH) C4.588 Digestive System Neoplasms C4.588.274 Gastrointestinal Neoplasms C4.588.274.476 Intestinal Neoplasms. C4.588.274.476.411 Colonic Neoplasms C4.588.274.476.411.306 Colorectal Neoplasms C4.588.274.476.411.306.416 HereditaryNonpolyposis .C4.588.274.476.411.306.416.250,代表疾病类Diseases,肿瘤,消化系统肿瘤
13、,C6.240.476,概 述,MeSH树形结构表,28,副主题词的概念,副主题词：指明主题词所论述的重点课题的自然范畴或通常发生的某一方面，对主题概念起限定作用的一类词汇，故也称限定词。副主题词总是回答这样的问题：该主题是涉及什么方面的？,29,副主题词的概念,一篇医学文献所论及的往往只是某一主题的某个或某些方面 ： 器官：解剖、组织学、生理、病理 疾病：病因、病理生理、诊断、治疗 药物：治疗应用、副作用、药理学 Medline 副主题词：83个 SinoMed 副主题词：83+11个中医=94个,30,/abnormalities /畸形,与器官主题词组配，表明因先天性缺陷引致的器官形态学
14、的改变；也用于动物的畸形。 组配范围：A1-10,A13-14,B2注：（1）仅指结构异常，不指功能异常。凡涉及发育不全、异位、闭锁、畸胎、单一器官成双畸形、成双器官三联畸形，均属于“畸形”。 （2）出生时存在的非形态异常的疾病，标/先天性。 （3）C16类中畸形先组词要优先使用，如右位心、唇裂、动静脉畸形等。,31,/abnormalities /畸形,颅面骨发育不全： 颅面骨/畸形双子宫： 子宫/畸形 女性（CT） 人类（CT）,先天性耳聋： 聋/先天性先天性肾形态异常： 肾/畸形小脑功能异常： 小脑/病理生理学,32,/analysis /分析,用于某种物质或其成分、代谢产物的鉴定或定量
15、测定；包括对空气、水或其它环境载体的化学分析，但不包括组织、肿瘤、体液、有机体及植物的化学分析，此时用“化学”。可用于分析的方法学及分析的结果。分析血液、脑脊髓液和尿中的物质分别用“血液”、“脑脊髓液”和“尿”。组配范围：D,33,/analysis /分析,细菌脂类的测定： 细菌/化学 脂类/分析肾脏中IGG的测定： 肾/免疫学 免疫球蛋白G类/分析,睾丸中内源性睾酮的含量： 睾丸/化学 睾酮/分析,34,/analysis /分析,/blood /血液/cerebrospinal fluid /脑脊髓液/urine /尿,35,/diagnosis /诊断,/pathology /病理学/
16、radiography /放射摄影术/radionuclide imaging /放射性核素显像/ultrasonography /超声检查,36,检索步骤,1、分析检索课题 2、选择数据库 3、选择检索途径 4、确定检索词 5、构筑检索提问式并作检索操作6、调整检索策略 7、输出检索结果8、获取原始文献 9、创建文献跟踪服务,概述,检索途径,文献外表特征的检索途径： 文献名称途径、著者途径等文献内容特征的检索途径： 分类途径，主题途径等,概述,计算机检索技术,1.布尔逻辑检索 逻辑与，逻辑或，逻辑非2.邻近检索 near, N, W, adj3.截词检索 *，？（左，右，任意)4.字段检索
17、in . =5.限制检索 年份、语种 6.精确检索与模糊检索 7.扩展检索 8.智能检索 9.跨库检索,概述,布尔算符检索,A B,A and B,B,A or B,A B A not B,A,运算次序：not and or,概述,截词符检索,右截：用compute*可检索到含有以下词的记录 compute, computers, computed等左截：*ters 可检索到：computers，testers,等任意截： tal 可检索到：costal, talk, metallic,概述,位置算符检索,序列分析更具体的概念词检索：Sequence near3 analysisNear ：检索词出现在同一句子中，near3表示两个检索词中间最多允许插2个词。Sequence Amino Acid Analysis；Sequence Protein Analysis；Sequence DNA Analysis；Sequence Peptide Analysis；Sequence RNA Analysis；,概述,检索效果的评价,查全率（R）= a/(a+c)*100% 查准率（P）= a/(a+b)*100%,概述,谢 谢！,仇 晓 春上海交通大学医学院医学文献检索教研室Tel: 021-64679741Email: ,
