1、 1 / 14R 编程笔记 2一、 简介1. 突出特点：【多领域的统计资源】目前在 R 网站上约有 2400 个程序包，涵盖了基础统计学、社会学、经济学、生态学、空间分析、系统发育分析、生物信息学等诸多方面。【免费】2. 缺点：【占用内存】所有的数据处理在内存中进行，不适于处理超大规模的数据。【运行速度稍慢】即时编译，约相当于 C 语言的 1/20。3. CRAN ：全称 The Comprehensive R Archive Network。由世界几十个镜像网站组成网络，提供下载安装程序和相应软件包。各镜像更新频率一般为 1-2 天。推荐镜像： 中国的镜像:数学所： http:/ftp.ct
2、ex.org/mirrors/CRAN/即时更新的 CRAN 源：http:/cran.r-project.org/界面下如下（版本 R2.11.1）4. R 程序包 （R packages）4.1 什么是 R 程序包R 程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。每个程序包包含 R 函数、数据、帮助文件、描述文件等,window 下是 zip 形式， 安装时不要解压缩。R 程序包是 R 功能扩展，特定的分析功能，需要用相应的程序包实现。例如：系统发育分析，常用到 ape 程序包，群落生态学 vegan 包等。4.2 常用 R 程序包ade4 利用欧几里得方法进行生态学数据分析adephyl
3、o 系统进化数据挖掘与比较方法ape 系统发育与进化分析apTreeshape 进化树分析boot Bootstrap 检验cluster 聚类分析ecodist 生态学数据相异性分析FD 功能多样性分析geiger 物种形成速率与进化分析Graphics 绘图lattice 栅格图maptools 空间对象的读取和处理2 / 14mefa 生态学和生物地理学多元数据处理mgcv 广义加性模型相关mvpart 多变量分解nlme 线性及非线性混合效应模型ouch 系统发育比较pgirmess 生态学数据分析phangorn 系统发育分析picante 群落系统发育多样性分析raster 栅格数
4、据分析与处理seqinr DNA 序列分析sp 空间数据处理spatstat 空间点格局分析，模型拟合与检验splancs 空间与时空点格局分析stats R 统计学包SDMTools 物种分布模型工具vegan 植物与植物群落的排序，生物多样性计算CRAN Task Views 中有对程序包的分类介绍4.3 R 程序包安装1 用函数 install.packages()，如果已经连接到互联网，在括号中输入要安装的程序包名称，选择镜像后，程序将自动下载并安装程序包。例如： 要安装 picante 包 ,在控制台中输入install.packages(“picante“)2 安装本地 zip 包
5、路径：Packagesinstall packages from local files选择本地磁盘上存储 zip 包的文件夹。4.4 程序包导入及使用程序包的中函数，都要先导入，再使用导入：library(vegan) 包中函数使用方法同 R 自带的函数使用方法一样。4.5 查看帮助文件1查询程序包内容：1 菜单 帮助Html 帮助2 查看 pdf 帮助 文档2查询函数使用介绍：1 ?t.test 2 RGuiHelpHtml help3 apropos(“t.test“) 4 help(“t.test“)5 help.search(“t.test“) 6 查看 R 包 pdf 手册3 /
6、143解读帮助文件：lmstats #函数名及所在包 Fitting Linear Models #标题Description #函数描述Usage #默认选项Arguments #参数Details #详情Author(s) #作者References #参考文献Examples #举例例：帮助R 函数帮助（文本）弹出 点“确定”后弹出下面网页或录入 4 / 14二、 函数与对象1. R 函数1.1 函数形式 R 是一种解释性语言，输入后可直接给出结果。功能靠函数实现。函数名(输入数据，参数= )例：平均值 mean(x, trim = 0, na.rm = FALSE, .) 线性模型 l
7、m(yx, data=test)1.2 函数种类低级 VS 高级（泛函） HelpHtml helppackages常用统计函数如下：举例：箱线图绘制函数的调用boxplot(daytype, data=bac, col=“red“, xlab=“Virus“, ylab=“days“)daytype， 以 type 为横轴， day 为纵轴绘制箱线图。 （type,day 都是向量对象（后面会介绍） ）data=bac 数据来源 bac （bac 为数据框对象）col=“red” 箱线图为红色xlab=“Virus” 横轴名称为 Virusylab=“days” 纵轴名称为 daysbino
8、m.test()fisher.test()chisq.test()glm(y x1+x2+x3, binomial)friedman.test()log() log10() exp() sin() cos() tan() asin() acos()返回值返回序号5 / 142. 对象R 处理的所有数据、变量、函数和结果都以对象的形式保存2.1 命名规则1. 区分大小写,注意 China 和 china 的不同。2. 不能用数字作为变量，对象也不能用数字开头，但是数字可以放在中间或结尾，如 2result 与result2，后者是合法的。3. 建议不要用过短的名称。可以用”.”作为间隔，例如 a
9、nova.result1。4. 不要使用保留名：NA, NaN, pi, LETTERS, letters, month.abb, month.name2.2 元素类型（存储类型）对象是由各元素组成的。每个元素，都有自己的数据类型数值型 Numeric 如 100, 0, -4.335字符型 Character 如 “China”逻辑型 Logical 如 TRUE, FALSE因子型 Factor 表示不同类别复数型 Complex 如：2 + 3i2.3 对象类型（结构化数据）向量(vector) 一系列元素的组合。如 c(1,2,3); c(“a“,“a“,“b“,“b“,“c“)因子(
10、factor) 因子是一个分类变量c(“a“,“a“,“b“,“b“,“c“)矩阵(matrix) 二维的数据表，是数组的一个特例x = 3) 数据框(dataframe) 是由一个或几个向量和（或）因子构成，它们必须是等长的，但可以是不同的数据类型。列表(list) 列表可以包含任何类型的对象。可以包含向量、矩阵、高维数组，也可以包含列表2.4 运算符数学运算 运算后给出数值结果+, -, *, /, (幂)比较运算 运算后给出判别结果(TRUE FALSE), =, =, !=逻辑运算 与、或、非!, &, &, |, |2.5 数据表每个数据表可以看作一个数据框(dataframe)，由很多不同类型的向量组成，如字符型，因子型，数值型，每一列(column)作为一个向量(vector)，每一行(row)作为一个记录(entry)。如何生成数据框？(1) 从外部数据读取test.data FileOpen Script #Ctrl+R 运行3 直接粘贴到 R 控制台ctrl+c, ctrl+v第三种最为简单直接
