1、,NCBI网站的常规应用 赵文瑾,1查找基因,选择种属,2 BLAST -序列对比,同一基因的不同变异体,蛋白质blast,BLAST-验证所设计探针的同源性,例：A型乙肝探针同源性分析结果截图（同源性程度由高至低排列）,3设计引物,变异体共同序列设计引物,NCBI引物设计的功能特点,Primer-BLAST在设计出引物之后还在某些相应数据库中进行BLAST搜索，因此可以得到特异性引物，扩增出目的片段。用户在给出DNA模板的同时还可以限定正向引物或反向引物，这样，NCBI就只会给出另一条引物。如果用户给出了模板DNA和两条引物序列，Primer-BLAST就只会运行BLAST程序，帮助用户对引
2、物进行分析。用户也可以只给出两条引物而不给出模板序列，这时Primer-BLAST会通过BLAST程序分析出与这对引物最匹配的模板序列。,dbSNP,dbSNP数据库(单核苷酸多态性数据库)收录的是单核苷酸多态性信息，例如单个碱基的替换、缺失或插入信息。共收录有将近1800万条人类SNP信息和3300万条其它各物种的SNP信息。dbSNP数据库还收录确认信息、种群特异性等位基因频率信息(population-specific allele frequencies)和个体基因型信息。所有这些信息都可以在dbSNP数据库的FTP站点中找到。,4怎样查找一个基因的启动子区域,打开NCBI网站，输入要查找的基因名,选择物种,查找并点击see related中Ensemble：区域；,点击左上角sequence区域；,这时右下角会出来一堆序列，红色字母区域为外显子，外显子前面的即为启动子，其默认值为600bp,一般的启动子长为3000-5000。所以要点击基因左边configure this page区域修改。,出现一个新的框框，修改5flanking sequence的值，一般取1000，点击右上角的“对号”键。,
