1、利用 SeqMan 进行序列拼接Step1:打开 Seqman 软件Step2:加入你要拼接的序列点击 Add sequences查找并选中要拼接的序列（可按住 control 键进行多选）点击 Add 按钮填加选择的序列填加完后点击 done注：最好用测序的图谱尽量不要直接用测序得到的序列Step3:去除末端序列主要是去除序列末端测序质量差或是载体序列有两种方法可以用来去除这类末端序列其一：利用 Seqman 自带的去除工具自动去除（利用 Trim ends 按钮进行）其二：手工去除个人感觉手工去除方法最有效，因此下边我们以后工去除为例进行演示手工去除侧翼序列双击要去除侧翼序列的目标序列将鼠
2、标放到测序图谱左边的一个黑色的竖线上，此时鼠标会变成一个有两个箭头的水平线按住左键拖动黑竖线，那么你就会发现侧翼序列的颜色变浅，这部分变浅的序列则就被去除，不再参加后面的拼接此步请将测序不准确或认为是载体的序列用这种方法去除。测序准确的峰形图峰形规则，一般在序列的中部，如下图所示测序不准确的峰形图峰形较乱，很难判断是哪个碱基，一般位于序列两端，如下图所示Step4:进行序列拼接点击 Assemble 按钮在新出现窗口处点击拼接好的 contig1在出现的 Alignment of contig1 窗口中点击左三角显示序列的测序图谱点击菜单 contig-strategy view 可以观察序列
3、拼接的宏观图Step5:查找拼接错误find conflict点击菜单 Edit 点击 Find Previous 或 Find Next 查找接接中出现的错误还可以通过 Seqman 左下角的快捷按钮查找错误的拼接查找错误的拼接错误的拼接的类型类型 1：两条序列的测序结果不一致并明显一条测序质量好而另一条质量差处理：直接将该处修改为正确的碱基类型 2：两条序列的测序结果不一致并两条测序质量都比较差处理：重新测序或用新的合适引物重新测定类型 3：两条序列的测序结果不一致并明显两条测序质量都好处理：测序过程出现问题，重新测定Step6:导出拼接的序列可选择合适的格式，导出拼接好的序列通过以上几步我们就能很快将几个测序片段进行拼接，大家可以拿着自己的序列试试!当然如果两个测序片段的拼接片段太短可能利用默认的参数不能完成拼接，大家可以试着修改一下拼接参数试试!如降低 Match size 及 Minimum Match Percentage 的值!修改参数命令
