生物信息学 期末复习.doc

1、 一 、 选 择 题 :1. 以 下 哪 一 个 是 mRNA 条 目 序 列 号 ：A. J01536 . NM_15392 C. NP_52280 D. AAB1345062. 确 定 某 个 基 因 在 哪 些 组 织 中 表 达 的 最 直 接 获 取 相 关 信 息 方 式 是 ： . Unigene B. Entrez C. LocusLink D. PCR3. 一 个 基 因 可 能 对 应 两 个 Unigene 簇 吗 ？ 可 能 B. 不 可 能4. 下 面 哪 种 数 据 库 源 于 mRNA 信 息 ： dbEST B. PDB C. OMIMD. HTGS5. 下 面

2、 哪 个 数 据 库 面 向 人 类 疾 病 构 建 ： A. EST B. PDB . OMIM D. HTGS6. Refseq 和 GenBank 有 什 么 区 别 ： A. Refseq 包 括 了 全 世 界 各 个 实 验 室 和 测 序 项 目 提 交 的 DNA 序 列 B. GenBank 提 供 的 是 非 冗 余 序 列 . Refseq 源 于 GenBank， 提 供 非 冗 余 序 列 信 息 D. GenBank 源 于 Refseq7. 如 果 你 需 要 查 询 文 献 信 息 ， 下 列 哪 个 数 据 库 是 你 最 佳 选 择 ： A. OMIM B.

3、 Entrez PubMed D. PROSITE8. 比 较 从 Entrez 和 ExPASy 中 提 取 有 关 蛋 白 质 序 列 信 息 的 方 法 ， 下 列 哪 种 说 法 正 确 ：A. 因 为 GenBank 的 数 据 比 EMBL 更 多 ， Entrez 给 出 的 搜 索 结 果 将 更 多B. 搜 索 结 果 很 可 能 一 样 ， 因 为 GenBank 和 EMBL 的 序 列 数 据 实 际 一 样 搜 索 结 果 应 该 相 当 ， 但 是 ExPASy 中 的 SwissProt 记 录 的 输 出 格 式 不 同9. 天 冬 酰 胺 、 色 氨 酸 和

4、酪 氨 酸 的 单 字 母 代 码 分 别 对 应 于 ： N/W/Y B. Q/W/Y C. F/W/Y D. Q/N/W10. 直 系 同 源 定 义 为 ： 不 同 物 种 中 具 有 共 同 祖 先 的 同 源 序 列 B. 具 有 较 小 的 氨 基 酸 一 致 性 但 是 有 较 大 的 结 构 相 似 性 的 同 源 序 列C. 同 一 物 种 中 由 基 因 复 制 产 生 的 同 源 序 列 D. 同 一 物 种 中 具 有 相 似 的 并 且 通 常 是 冗 余 的 功 能 的 同 源 序 列11. 下 列 那 个 氨 基 酸 最 不 容 易 突 变 ： A. 丙 氨 酸

5、B. 谷 氨 酰 胺 C. 甲 硫 氨 酸 半 胱 氨 酸12. PAM250 矩 阵 定 义 的 进 化 距 离 为 两 同 源 序 列 在 给 定 的 时 间 有 多 少 百 分 比 的 氨 基 酸 发 生 改 变 ： A. 1% B. 20% . 80% D. 250%13. 下 列 哪 个 句 子 最 好 的 描 述 了 两 个 序 列 全 局 比 对 和 局 部 比 对 的 不 同 ：A. 全 局 比 对 通 常 用 于 比 对 DNA 序 列 ， 而 局 部 比 对 通 常 用 于 比 对 蛋 白 质 序 列B. 全 局 比 对 允 许 间 隙 ， 而 局 部 比 对 不 允 许

6、C. 全 局 比 对 寻 找 全 局 最 大 化 ， 而 局 部 比 对 寻 找 局 部 最 大化 全 局 比 对 比 对 整 体 序 列 ， 而 局 部 比 对 寻 找 最 佳 匹 配 子 序 列14. 假 设 你 有 两 条 远 源 相 关 蛋 白 质 序 列 。 为 了 比 较 它 们 ， 最 好 使 用 下 列 哪 个 BLOSUM 和 PAM 矩 阵 ： BLOSUM45 和 PAM250 B. BLOSUM45 和 PAM 1C. BLOSUM80 和 PAM250 D. BLOSUM10 和 PAM115. 与 PAM 打 分 矩 阵 比 较 ， BLOSUM 打 分 矩 阵 的

7、 最 大 区 别 是 ：A. 最 好 用 于 比 对 相 关 性 高 的 蛋 白 B. 它 是 基 于 近 相 关 蛋 白 的 全 局 多 序 列 比 对 它 是 基 于 远 相 关 蛋 白 的 局 部 多 序 列 比 对 D. 它 结 合 了 全 局 比 对 和 局 部 比 对16. 如 果 有 一 段 DNA 序 列 ， 它 可 能 编 码 多 少 种 蛋 白 质 序 列 ： A. 1 B. 2 C. 3 . 617. 要 在 数 据 库 查 询 一 段 与 某 DNA 序 列 编 码 蛋 白 质 最 相 似 的 序 列 ， 应 选 择 ： A. blastn B. blastp C. t

8、blastn D. tblastp blastx18. 为 什 么 ClustalW（ 一 个 采 用 了 Feng-Doolittle 渐 进 比 对 算 法 的 程 序 ） 不 报 告 E 值 ：A. ClustalW 报 告 E 值 使 用 了 全 局 比 对 C. 使 用 了 局 部 比 对 D. 因 为 是 多 序 列 比 对19. Feng-Doolittle 方 法 提 出 “一 旦 是 空 隙 ， 永 远 是 空 隙 ”规 则 的 依 据 是 ：A. 保 证 空 隙 不 会 引 物 序 列 加 入 而 填 充 B. 假 定 进 化 早 期 分 歧 的 序 列 有 较 高 优 先

9、 级 别 假 定 最 近 序 列 空 隙 应 该 保 留 D. 假 定 最 远 序 列 空 隙 应 该 保 留20. 根 据 分 子 钟 假 说 ：A. 所 有 蛋 白 质 都 保 持 一 个 相 同 的 恒 定 进 化 速 率 B. 所 有 蛋 白 质 的 进 化 速 率 都 与 化 石 记 录 相 符 合C. 对 于 每 一 个 给 定 的 蛋 白 质 ， 分 子 进 化 的 速 率 是 逐 渐 减 慢 的 ， 就 如 同 不 准 时 的 钟 对 于 每 一 个 给 定 的 蛋 白 质 ， 其 分 子 进 化 的 速 率 在 所 有 的 进 化 分 支 上 大 致 是 恒 定21. 系 统

10、 发 生 树 的 两 个 特 征 是 ： A. 进 化 分 支 和 进 化 节 点 树 的 拓 扑 结 构 和 分 支 长 度C. 进 化 分 支 和 树 根 D. 序 列 比 对 和 引 导 检 测 方 法22. 下 列 哪 一 个 是 基 于 字 母 特 征 的 系 统 发 生 分 析 的 算 法 ： A. 邻 位 连 接 法 （ NJ 法 ） B. Kimura 算 法 最 大 似 然 法 （ ML） D. 非 加 权 平 均 法（ UPGMA）23. 基 于 字 母 特 征 和 基 于 距 离 的 系 统 发 生 分 析 的 算 法 的 基 本 差 异 是 ： 基 于 字 母 特 征

11、的 算 法 没 有 定 义 分 支 序 列 的 中 间 数 据 矩 阵B. 基 于 字 母 特 征 的 算 法 可 应 用 于 DNA 或 者 蛋 白 质 序 列 ， 而 基 于 距 离 仅 能 用 于 DNA C. 基 于 字 母 特 征 的 算 法 无 法 运 用 简 约 算 法 D. 基 于 字 母 特 征 的 算 法 的 进 化 分 支 与 进 化 时 间 无 关24. 一 个 操 作 分 类 单 元 （ OTU） 可 指 ：A. 多 序 列 比 对 蛋 白 质 序 列 C. 进 化 分 支 D. 进 化 节 点25. 构 建 进 化 树 最 直 接 的 错 误 来 源 是 ： 多 序

12、 列 比 对 错 误 B. 采 样 的 算 法 差 异 C. 假 设 进 化 分 支 是 单 一 起 源 D. 尝 试 推 测 基 因 的 进 化 关 系26. 第 一 个 被 完 整 测 定 的 基 因 组 序 列 是 ： A. 啤 酒 酵 母 的 3 号 染 色 体 B. 流 感 病 毒 X174 D. 人 类 基 因 组27. 普 通 的 真 核 生 物 线 粒 体 基 因 组 编 码 大 约 多 少 个 蛋 白 质 ： 10 B. 100 C. 1000 D. 1000028. 根 据 基 因 组 序 列 预 测 蛋 白 质 编 码 基 因 的 算 法 的 最 大 问 题 是 ： A.

13、 软 件 太 难 使 用 . 假 阳 性 率 太 高 ， 许 多 不 是 外 显 子 的 序 列 部 分 被 错 误 指 定C. 假 阳 性 率 太 高 ， 许 多 不 是 外 显 子 功 能 未 知 D. 假 阴 性 率 太 高 ， 丢 失 太 多 外 显 子 位 点29. HIV 病 毒 亚 型 的 系 统 演 化 研 究 可 以 ： A. 证 实 HIV 病 毒 是 由 牛 病 毒 演 化 而 来 . 用 于 指 导 开 发 针 对 保 守 蛋 白 的 疫 苗C. 证 实 哪 些 人 类 组 织 最 容 易 遭 受 病 毒 侵 染30. 一 个 典 型 的 细 菌 基 因 组 大 小 约

14、 为 多 少 bp：A. 20000 . 200000 C. 2000000 D. 2000000031. 细 菌 基 因 组 与 真 核 生 物 基 因 组 分 析 工 具 存 在 较 大 差 异 的 主 要 原 因 是 ：A. 细 菌 拥 有 不 同 的 密 码 子 B. 细 菌 没 有 细 胞 核C. 细 菌 很 少 有 基 因 与 真 核 同 源 细 菌 DNA 的 基 因 含 量 、 组 成 结 构 很 不 一 样32. 下 列 具 有 最 小 基 因 组 的 原 核 生 物 可 能 是 ： A. 嗜 极 生 物 B. 病 毒 胞 内 细 菌 D. 杆 菌33. 要 证 明 某 大

15、肠 杆 菌 中 的 某 个 基 因 是 水 平 转 移 而 来 ， 需 要 ：A. 分 析 该 大 肠 杆 菌 中 该 基 因 的 GC 含 量 与 其 他 基 因 是 否 有 很 大 差 异B. 分 析 该 大 肠 杆 菌 中 该 基 因 的 密 码 子 使 用 与 其 他 基 因 是 否 有 很 大 差 异C. 系 统 发 生 分 析 该 基 因 与 其 他 物 种 中 基 因 的 同 源 关 系 获 取 以 上 三 个 方 面 的 信 息34. C 值 矛 盾 是 指 ： A. 某 些 基 因 组 中 核 苷 酸 C 的 含 量 少 B. 真 核 生 物 基 因 组 大 小 同 编 码

16、蛋 白 质 的 基 因 个 数 没 有 相 关性 真 核 生 物 基 因 组 大 小 同 屋 中 的 复 杂 性 相 关 性 很 小 D. 真 核 生 物 基 因 组 大 小 同 进 化 上 的 年 龄 相 关 性 小35. 成 百 上 千 个 48bp 的 重 复 序 列 单 元 最 可 能 出 现 在 ： A. 散 布 性 重 复 序 列 中 B. 假 基 因 中 端 粒 中 D. 片 段 复 制 区 域36. 从 头 预 测 真 核 基 因 的 原 因 有 ：A. 外 显 子 /内 含 子 边 界 难 以 确 定 B. 内 含 子 长 度 可 能 只 有 几 个 碱 基 对C. 编 码

17、区 域 的 GC 含 量 并 不 总 是 与 非 编 码 区 相 同 以 上 三 个 方 面 的 原 因37. 人 类 基 因 组 大 小 大 约 是 多 少 Mb： A. 130 B. 300 3000 D. 3000038. 各 种 重 复 元 件 在 人 类 基 因 组 中 大 约 占 的 百 分 比 为 ： A. 5% B. 25% 50% D. 95%39. 蛋 白 质 编 码 区 域 占 人 类 基 因 组 百 分 比 是 ： 1-5% B. 5-10% C. 10-20% D. 20-4-%40. 人 类 基 因 组 中 GC 含 量 高 的 区 域 ：A. 基 因 密 度 相

18、对 较 低 基 因 密 度 相 对 较 高 C. 基 因 密 度 多 变 D. 基 因 所 含 密 码 子 相 对 较 少41. 人 类 复 合 孟 德 尔 遗 传 的 基 因 疾 病 约 占 疾 病 基 因 的 ： 1% B. 10% C. 50% D. 60%42. 单 基 因 疾 病 趋 向 于 ： 在 普 通 人 群 较 少 见 ， 并 且 发 生 时 间 较 早 B. 在 普 通 人 群 较 常 见 ， 并 且 发 生 时 间 较 早C. 在 普 通 人 群 较 少 见 ， 并 且 发 生 时 间 较 晚 D. 在 普 通 人 群 较 常 见 ， 并 且 发 生 时 间 较 晚名 词

19、 解 释1. 生 物 信 息 学 （ bioinformatics） ： 是 一 门 结 合 生 物 技 术 和 信 息 技 术 从 而 揭 示 生 物 学 中 新 原 理 的 科 学 。2. 鸟 枪 法 测 序 （ shotgun method） 一 种 测 序 方 法 ， 包 括 从 基 因 组 中 获 得 随 机 的 、 已 测 序 的 克 隆 片 段 ， 并且 对 初 始 基 因 的 位 置 一 无 所 知 。3. BLAST： 基 本 局 部 相 似 性 比 对 搜 索 工 具 。 在 序 列 数 据 库 中 快 速 查 找 与 给 定 的 序 列 具 有 最 优 局 部 对 准 结

20、果 的 序 列 的 一 种 序 列 对 算 法 。4. 整 体 联 配 （ global alignment） ： 对 两 个 核 苷 酸 或 蛋 白 质 序 列 的 全 长 所 进 行 的 比 对 。5. FASTA： 是 第 一 个 被 广 泛 使 用 的 数 据 库 相 似 性 搜 索 算 法 ， 这 个 程 序 通 过 扫 描 序 列 中 “词 ”的 小 配 对 ，从 而 寻 找 最 优 局 部 比 对 。6. 算 法 （ algorithm） ： 在 计 算 机 程 序 中 包 含 的 一 种 固 定 过 程 。7. 序 列 比 对 （ alignment） ： 将 两 个 或 多

21、个 序 列 排 在 一 起 ， 以 达 到 最 大 一 致 性 的 过 程 （ 对 于 氨 基 酸 序 列 是比 较 他 们 的 保 守 性 ） ， 这 样 评 估 序 列 间 的 相 似 性 和 同 源 性 。8. 多 序 列 比 对 （ multiple sequence alignment） ： 三 个 或 多 个 序 列 之 间 的 比 对 ， 如 果 序 列 在 同 一 列 有 相 同结 构 位 置 的 残 基 和 （ 或 ） 祖 传 的 残 基 ， 则 会 在 该 位 置 插 入 空 位 。9. 最 佳 联 配 （ optimal alignment） ： 两 个 序 列 之 间

22、有 最 高 打 分 值 的 排 列 。10. 空 位 （ gap） ： 在 两 条 序 列 比 对 过 程 中 需 要 在 检 测 序 列 或 目 标 序 列 中 引 入 空 位 ， 以 表 示 插 入 或 删 除 。11. 模 块 替 换 矩 阵 （ BLUSUM） 在 替 换 矩 阵 中 ， 每 个 位 置 的 打 分 是 在 相 关 蛋 白 局 部 比 对 模 块 中 观 察 到 的 替换 的 频 率 而 获 得 的 ， 每 个 矩 阵 被 修 改 成 一 个 特 殊 的 进 化 距 离 。12. 可 接 受 点 突 变 （ PAM） 一 个 用 于 衡 量 蛋 白 质 序 列 的 进

23、化 突 变 程 度 的 单 位 。13. 互 补 序 列 （ complementary sequence） 能 够 与 其 他 DNA 片 段 根 据 碱 基 互 补 序 列 （ A 与 T 配 对 ， G 与 C配 对 ） 形 成 两 练 结 构 的 核 苷 酸 序 列 。14. 保 守 序 列 （ conserved sequence） 指 DNA 分 子 中 的 一 个 核 苷 酸 片 段 或 者 蛋 白 质 中 氨 基 酸 片 段 ， 它 们 在进 化 过 程 中 基 本 保 持 不 变 。15. 邻 接 片 段 ： 一 组 在 染 色 体 上 有 重 叠 区 域 的 DNA 片 段

24、 的 克 隆 ；16. 支 架 ： 由 序 列 重 叠 群 拼 接 而 成 。17. 注 释 （ annotation） 对 数 据 库 中 原 始 的 DNA 碱 基 序 列 添 加 相 关 信 息 （ 比 如 编 码 的 基 因 ， 氨 基 酸 序 列 等 ）或 其 他 的 注 解 。18. 基 因 预 测 （ gene prediction） 用 计 算 机 程 序 对 可 能 的 基 因 所 做 的 预 测 ， 它 是 基 于 DNA 片 段 与 已 知 基 因序 列 的 匹 配 程 度 的 。19. 直 系 同 源 （ Orthologous） 指 不 同 种 类 的 同 源 序 列

25、 ， 他 们 是 在 物 种 的 形 成 事 件 中 从 一 个 祖 先 序 列 独 立 进化 而 成 的 ， 可 能 有 相 似 功 能 ， 也 可 能 没 有 。20. 旁 系 同 源 （ paralogous） 是 通 过 类 似 基 因 复 制 的 机 制 产 生 的 同 源 序 列 。21. 替 换 （ substitution） 在 指 定 的 位 置 不 相 同 的 氨 基 酸 进 行 连 配 ， 如 果 联 配 的 残 基 有 相 似 的 物 化 性 质 ， 那么 替 换 是 保 守 的 。22. 表 达 序 列 标 签 （ EST） 一 种 短 的 DNA 片 段 ， 是 c

26、DNA 分 子 的 一 部 分 ， 可 用 来 鉴 定 基 因 ， 通 常 用 于 基 因定 位 和 基 因 图 谱 中 。23. 多 态 性 （ PolyMorphism） 多 个 个 体 之 间 DNA 的 差 异 叫 多 态 性 。24. 序 列 模 式 （ Motif） 蛋 白 质 序 列 中 短 的 保 守 区 域 ， 它 们 是 结 构 域 中 保 守 性 很 高 的 部 分 。25. 结 构 域 （ domain） ： 蛋 白 质 在 折 叠 时 候 与 其 它 部 分 相 独 立 的 一 个 不 连 续 部 分 ， 他 有 自 己 独 特 的 功 能 。26. 开 放 阅 读

27、框 （ ORF） 位 于 DNA 或 RNA 上 起 始 密 码 子 与 终 止 密 码 子 之 间 的 序 列 。27. 表 达 谱 （ profile） 一 个 显 示 某 个 同 源 家 族 中 指 定 位 置 打 分 值 和 空 位 罚 分 的 表 格 ， 可 以 用 于 搜 索 序 列 数据 库 。28. 分 子 钟 （ molecular clock） 对 于 每 一 个 给 定 基 因 （ 或 蛋 白 质 ） 其 分 子 进 化 率 大 致 是 恒 定 的 。29. 系 统 发 生 （ phylogeny） 是指生物种族的进化历史，亦即生物体在整个进化谱30. 分 子 进 化 树

28、 （ molecular evolutionary tree） 在研究生物进化和系统分类中，常用一种类似树状分支的图形来概括各种（类）生物之间的亲缘关系，这种树状分支的图形成为系统发育树(phylogenetic tree)。问 答 题 1. 生 物 信 息 学 的 大 体 定 义 是 什 么 ？ 其 发 展 历 程 如 何 ？2. 请 论 述 生 物 信 息 学 的 研 究 内 容 有 哪 些 ？3. 请 叙 述 构 建 系 统 进 化 树 的 一 般 步 骤 。4. NCBI 的 Entrez 检 索 包 含 了 哪 些 方 面 的 信 息 。5. BLAST 系 列 软 件 分 别 用 哪 些 数 据 搜 索 何 种 数 据 库 ？6. 真 核 基 因 结 构 注 释 包 括 哪 些 内 容 ？ 相 关 的 软 件 所 依 据 的 理 论 基 础 是 什 么 ？7. 请 概 述 基 因 组 注 释 的 大 体 流 程 。