1、Biotium 中国区总代理 上海开放生物科技有限公司页 1GelRed/GelGreen 基本问答美国技术关于 marker 跑电泳出现分辨率不高现象： 经过比对多家的 maker 产品，证实 Invitrogens 1kb Plus DNA Ladder 与 Gel Red 匹配度最好。Gel Red 比 EB 分子大（也是由于大分子特性，所以不会透过细胞膜进入人体产生伤害，染料的结合原理都是一样的） 。大分子的染料在预制胶中对 DNA 的迁移有一定影响，但是不确定对那种类型的 DNA 迁移影响严重。采用后染法，不会破坏胶中的 DNA 样本，保证了 DNA 迁移的真实水平。不同于 EB，你
2、不用在对染后的胶进行脱色。针对预制胶电泳拖带、不清晰的建议：1. 鉴于 GelRed 的高灵敏性，建议减少 DNA 的上样量。2. 建议把 GelREed 再稀释一倍后使用，但过低会影响结果的灵敏性。3. 用 1XTBE 缓冲液代替 TAE，因为含硼酸盐的试剂导电性能更好。GelRedGelGreen 常见问题：Q: 污染或微笑的 DNA 条带或错误的 DNA 迁移条带?A: 许多客户为方便使用 GelRed 预制凝胶。但 GelRed 和 GelGreen 是为安全而设计的分子量较大的高效亲和型染料，在预制凝胶电泳中它们可以影响 DNA 的迁移。如一些限制性酶切的 DNA 样本，可能会在 G
3、elRed 预制凝胶中异常迁移。下列建议可能会提高预制凝胶中的条带分离效果。1 减少 DNA 上样量。污染和微笑条带往往是过量的 DNA 样本造成的。推荐的泳道和已知浓度的样品的上样量为 50-200ng/泳道。对于未知浓度的样品，尝试 1/2 或1/3 的常用上样量2 减少 GelRed 在凝胶中的总量，比如用 0.5X 的浓度来代替 1X 的浓度。3 制百分比浓度小的琼脂糖凝胶。高分子量的 DNA 在低百分比的琼脂糖凝胶分离效果比较好。4 更换电泳缓冲液。 TBE 缓冲液比 TAE 缓冲液的效果更好。5 为了避免染料可能对 DNA 迁移的干扰，我们建议使用电泳后染胶。如果跑胶程序需要的上样
4、量超过推荐量，建议使用电泳后染色法。Q： 荧光弱，时间久染料性能降低，或使用后染法染料仍然在琼脂糖凝胶中。A : 染料可能从溶液中沉淀。1 加热 GelRed 至 45 - 50， 2min，搅拌溶解。2 染料在室温下储存，以避免沉淀。Q: 后染法需要去除染料的步骤吗？A: 不需要，不过高背景的结果可以考虑适当脱色步骤Q： GelRed 和 GelGreen 可以用来染色单链 DNA 或 RNA 吗？A: GelRed 和 GelGreen 可用于单链 DNA 和 RNA 的染色，但 GelRed 染单链核酸效果比GelGreen 敏感 5 倍左右。使用荧光酶标仪的滴定实验表明， GelRed
5、 绑定单链 DNA 和 RNA荧光信号约是结合双链 DNA 的一半左右。Biotium 中国区总代理 上海开放生物科技有限公司页 2Q： 用那些仪器检测 GelRed 和 GelGreen？A: GelRed 完美兼容标准（302 或 312nm）紫外透射成像仪。GelGreen 的吸光度在 250-300 nm 和吸收峰在 500 纳米左右。 GelGreen 兼容 254 nm 的紫外透射或可见光激发的凝胶成像仪，如 Dark Reader 或 488 nm 凝胶激光扫描仪。Q： 什么样的发射滤波片适合使用 GelRed 和 GelGreen？A: GelRed 使用溴化乙锭滤片; Gel
6、Green 使用 SYBR Green 或黄色滤片。另外，长通道黄色滤片可用于 GelRed 或 GelGreen。请查阅 GelRed 和 GelGreen 更多的特定波长的发射光谱。Q: 可以提前制作 GelRed / GelGreen 凝胶，储存供以后使用吗？A: 可以，GelRed 和 GelGreen 染料是稳定的。在保证琼脂糖凝胶的完整性不会被破坏的前提下，你可以将预制的 GelRed / GelGreen 凝胶储存供以后使用。 我们建议在 4避光贮存凝胶。Q： GelRed / GelGreen 在熔化的琼脂糖中稳定么？可以将 GelRed / GelGreen 储存在熔化的琼脂
7、糖胶中，到用的时候在制备凝胶吗？A: 可以，GelRed 比 GelGreen 更加稳定。但我们不建议将 GelRed 放在熔化的琼脂糖中存放几天。Q: GelRed /GelGreen 的预制凝胶可以重复使用吗？A: 不可以，我们不建议 GelRed / GelGreen 凝胶电泳后重复使用，因为连续电泳会减少染色强度。Q: 可以重新融化 GelRed / GelGreen 凝胶，再制备吗？A: 是的，但最好再添加一些染料，保证重新制备凝胶的信号强度。Q： GelRed 和 GelGreen 用后应该如何处置？A: GelRed 和 GelGreen 通过 EPA 环保监管局 22 个指标测
8、试。GelRed 和 GelGreen 已经被相关部门批准，可以直接倾倒入下水道。然而，由于地方规定的差异，您可以请联系您当地的安全监管部门，获取相关条例。详情请查阅 GelRed / GelGreen 安全报告信息。Q: GelRed 及 GelGreen 与如克隆，连接和测序的下游扩增子兼容吗？A: 可以。我们建议使用 Qiagen 公司或 Zymoclean 凝胶提取试剂盒，EXO-SAP 方案，或酚氯仿抽提法去除 DNA 中的染料成分。由于 GelRed/GelGreen 与 DNA 结合比 EB 更为紧密，所以需要去除样品 DNA 中的 GelRed/GelGreen 染料, 保证
9、DNA 的后续操作。Q: GelRed / GelGreen 安全性如何？A: GelRed/ GelGreen 经过埃姆斯 AMS 和相关测试，已经被证明是替代 EB 和 SYBR 染料更为安全的产品。不过，请使用这些试剂时，也要遵循实验室安全条例等。Q: 哪里可以找到 GelRed / GelGreen 安全性相关信息？A: 请访问我们的网站 下载完整的安全报告。Biotium 中国区总代理 上海开放生物科技有限公司页 3Q: GelRed / GelGreen 检测下限是什么？A: GelRed/ GelGreen 是超敏感的染料。有些用户反馈可以检测含量0.1ng 的 DNA。然而，
10、染色的灵敏度取决于仪器的性能和曝光设置等。Q: GelRed / GelGreen 的结合机制是什么？A: GelRed/ GelGreen 作用原理通过静电及电荷相互作用的结合。Q: GelRed / GelGreen 迁移的方向？A: GelRed 和 GelGreen 相比于 EB 来说，不容易通过凝胶迁移。不需要在电泳缓冲液中添加额外的染料，凝胶也会比 EB 染色更均匀。Q: GelRed/ GelGreen 需要在黑暗中使用吗？A: GelRed 和 GelGreen 是稳定的染料。你可以在室内光线下使用。然而，我们建议将染料避光储存。Q: GelRed / GelGreen 的使用
11、量？A: 10,000储备液用于 1X 预制凝胶使用量 1:10000（例如，5 uL 用于 50ml 凝胶） ，或1:3333 比例用于电泳后染色（15 uL 用于 50 mL 溶液） 。Q: GelRed / GelGreen 电泳后染色可重复使用吗？A: 可以。但，如果敏感度降低，则建议更换新鲜的染料溶液。Q: GelRed 可以被用于凝胶迁移电泳分析和脉冲凝胶电泳吗？A: 可以。 GelRed 可用于 EMSA 和 PFGE 凝胶的电泳后染色。Q: GelRed / GelGreen 可以被用于 Southern 或 Northern 杂交吗？它会干扰转膜或杂交过程吗？A: GelRe
12、d 可被用于 Southern 杂交（植物细胞报告 DOI：10.1007/s00299-011-1150-7） 。我们建议使用后染法。Q: GelRed 可以被用于基于甲醛的 RNA 凝胶中？A: 可以。Q: GelRed 可以被用于聚丙烯酰胺，DGGE 技术，EMSA 实验或 PFGE（脉冲场）凝胶吗？A: 可以。请使后染法。Q: GelRed 可以被用于彗星试验(单细胞凝胶电泳测定技术，它是一种敏感单链或双链 DNA突变和破损的遗传测定方法)？A: 是。Q: GelRed 是否用于碱性凝胶电泳缓冲液（30MM 的 NaOH，1mM 的 EDTA）？A: 是。Biotium 中国区总代理
13、上海开放生物科技有限公司页 4Q: GelRed 可被用于氯化铯梯度纯化的 DNA 染色吗？A: 客户使用的结果显示可以。为了去除氯化铯梯度纯化的 DNA 中的 GelRed，我们建议正丁醇萃取前添加 SDS 至终浓度 0.1。Q: 建议用什么方案去除电泳后胶中的 GelGreen / GelRed 染料？A: 客户报告中提到使用 Zymo Research 公司的 ZymoClean 凝胶 DNA 回收试剂盒，USB/Affymetrix 公司的 ExoSap-It 试剂盒、Sigma 的 GenElute 琼脂糖柱。Life Technologies 公司的 PureLink 快速凝胶回收试剂盒，GE Healthcare 公司的 Illustra GFX PCR DNA 和 凝胶条带纯化试剂盒、Roche 应用科学公司的高纯度 PCR 产物纯化试剂盒。Q: 为什么有 GelRed 和 GelGreen 两种溶剂（二甲基亚砜 DMSO 和水）？在 DMSO 和水中的染料是否存在差异？A: 水溶解的产品相对于储存在 DMSO 中，是一个全新的改良。由于 DMSO 会被皮肤吸收，我们建议染料溶于水，以避免处理二甲基亚砜存在的潜在危害。鉴于有些用户不希望改变实验方案，我们将继续提供储存在 DMSO 的染料。经过内部测试，两种溶剂方案的效果相似。
