1、PubMed使用方法,暨南大学图书馆咨询部 张春晓,内容纲要,一、PubMed及NCBI相关数据库简介二、PubMed数据范围三、PubMed主页的结构四、PubMed检索方法以及检索结果的处理五、PubMed Central,PubMed及相关数据库介绍,NCBI(National Center for Biotechnology Information，美国国立生物技术信息中心)NCBI是目前国际上几个重要分子生物信息网站之一，其成立的原因是为已故的参议院议员Claude Pepper发现计算信息处理方法对生物医学研究的重要性，因此，在1988年11月4日成立NCBI。NCBI是Natio
2、nal Institutes of Health（NIH）底下的National Library of Medicine（NLM）的部门之一。由于NLM具有建立与维护生物医学数据库经验，且因它是NIH的单位，因此可执行计算分子生物计划。NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位。 NCBI成立的主要任务为：提供生物医学的分析与计算工具，协助研究人员了解生物的语言-DNA在健康与疾病中所扮演的角色发展新技术协助了解调控健康与疾病的基本分子与遗传过程， 包括建立储存与分析分子生物、生化与遗传学知识的自动系统；促 进研究与医学社群使用数据库与软件；协调生物技术信息的传递与 管理；执行以计算机为基础的进
3、阶信息分析过程，用以分析生物重要分子的结构与功能。NCBI的组织架构 NCBI主要分为三个部门，分别为：Computational Biology Branch （CBB）、Information Engineering Branch（IEB）与Information Resources Branch（IRB），各部门分别具有不同的任务。,NCBI的组织架构,Computational Biology Branch（CBB）处理运算、数学及分子生物、生物与遗传学理论问题的基础与应用研究，包括基因体分析、序列比对、序列搜寻方法、巨分子结构、动力学与交互作用、结构/功能预测等。建立NIH实验室、政
4、府机构、学术单位与产业界之生物学家、化学家、数学家与计算机科学家间的计算分子生物合作研究计划。提供研究分子生物分析工具的咨询与建议。与分子生物社群互动，利用计算与理论方法提高实验研究质量。,NCBI的组织架构,Information Engineering Branch（IEB）进行数据表现与分析的应用研究，包括在分子生物、遗传学与生物化学的计算机储存、管理与检索系统。设计各种呈现分子生物信息的数据库架构与规格书，包括核酸、蛋白质与结构信息。设计与发展分布式软件系统，提供研究人员本机与远程的计算服务。 协调公开序列、遗传、结构、目录信息，建立管理与整合数据库或连结至外部数据库。 建立NIH内部
5、与外部学术单位的信息学合作研究计划。提供软件与数据库设计咨询与建议。发展与提倡数据库、数据交换与生物命名的标准。,NCBI的组织架构,Information Resources Branch（IRB）计划、监督与管理NCBI的计算机技术操作，包含用来研究、发展与存取公开数据库的计算机系统。提供NCBI人员与外来使用者技术支持。提供NCBI服务之网络操作指导。规划使用NCBI资源的教育训练与研讨会。计划、发展与管理政府合约与合作协议书，已获得支持NCBI信息功能的设备与服务。作为基因体计划使用者与服务办事处之联络人。执行应用研究与发展，提供技术支持与指导，鉴定使用者需求； 管理生物使用社群之问卷
6、调查，以评估NCBI发展的软件使用情形。协调政府其它办事处与生物信息资源，促进NCBI数据储存的发展。,NCBI的组织架构,NCBI还有一个跨多学科的基础研究群，组成人员包括计算机科学家、分子生物学家、数学家、生化学家与物理学家，共同致力于计算分子生物的基础与应用研究。他们一起研究利用数学与计算机方法解决分子层面的基本生物医学问题，这些问题包含了基因结构侦测与分析、序列分析、立体结构预测、重复序列类型（Pattern）、建立基因体图谱、HIV感染动力学的数学模型、分析序列错误对数据库搜寻的影响、发展数据库搜寻与多重序列比对的新算法、建立无重复的序列数据库、使用数学模型评估序列相似性在统计学上的
7、重要性、建立文章检索的载体（Vector）模型等。除此之外，这些研究人员尚与NIH的研究单位、学术单位的研究实验室与政府机构的研究实验室间维持合作关系，目前仍有多项研究计划正在进行当中。,NCBI资源,NCBI目前提供的生物信息资源主要分为生物数据库生物信息工具,NCBI资源,生物数据库生物数据库是一个永久数据的大的组织体，通常结合计算机软件执行更新、查询与存取数据的功能。对于研究人员而言，数据库必须符合：容易取得信息以及只取得回答特殊生物问题的信息两项功能。NCBI的数据库搜寻与存取系统-Entrez，可用来获取单一数据库或许多数据库的整合数据。例如Entrez蛋白质数据库除了可查询蛋白质信
8、息，同时亦可连结到生物分类数据库查询生物分类信息。目前，NCBI提供的公开（Open Access）数据库包括如下：,Entrez以及BLAST,Entrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列，定位，分类，和结构数据的搜索和检索系统。Entrez同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具。这些数据库包括核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全基因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。Entrez的一个强大和独特的特点是检索相关的序列，结构，和参考文献的能力。杂志文献通过PubMed获得，PubMed是一个网络搜索界面，可以提供对在ME
9、DLINE上的九百万杂志引用的访问，包含了链接到参与的出版商网络站点的全文文章。 BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。NCBI提供的附加的软件工具有：开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从WWW或FTP来获得。NCBI还有E-mail服务器，提供用文本搜索或序列相似搜索访问数据库一种可选方法。,Entrez可以检索的数据库,Books 出版社提供之数字生医图书与医生参考书籍数据库Cance
10、r Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、临床与文献相关数据Conserved Domain Database（CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库3D Domains，蛋白质功能区块立体结构数据Gene，包含许多物种的基因数据库Genome，包含超过800种物种的基因组数据库GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱GEO Datasets，基因表现实验与生物芯片数值结果数据GEO Profiles，基因表现图谱HomoloGene，同
11、源基因批注数据库Journals，期刊文献（包含PubMed）MeSH，医学文献索引字符串NCBI Web Site，所有NCBI网页NLM Catalog，美国国立医学图书馆馆藏书目、期刊、视听数据目录Nucleotide sequence database，核酸序列数据库（包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序列数据库）,Entrez可以检索的数据库,Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)，人类遗传疾病相关文献数据库PopSet，族群演化分析相关研究资料Protein sequence database，蛋白质序列数据库（包含Swis
12、s-Prot、PIR、PRF、PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料）PubChem BioAssay，化学成分之生物活性筛选资料PubChem Compound，小分子化学物质结构PubChem Substance，具生物活性之化学物质筛选数据PubMed，科学文献报导数据库PubMed Central，科学文献数字全文数据库Site Search，可搜寻NCBI的网页与FTPSNP，单点核酸多样性数据库(dbSNP)Structure，分子模型数据(MMDB) Taxonomy，以核酸或蛋白质为基础的分类学信息UniGene，人类unique基因序列数据
13、库UniSTS，unique序列卷标地址数据库,PubMed数据范围,数据类型：期刊论文、综述、以及与其他数据资源链接。特点：免费提供题录和文摘提供与原文的网址链接(部分免费获取） 提供检索词自动转换匹配操作简便、快捷,PubMed数据范围,MEDLINE4800余种生物医学期刊，内容涉及医学、护理、牙科、兽医、健康保健系统、前临床医学等学科。这些期刊来源于美国和世界上70多个国家和地区。文献量达1千2百多万条记录，并回溯到1966年。记录中用indexed for MEDLINE标记表示注 截止2006年3月15日PubMed公布的数据,In process citation提供MEDLIN
14、E尚未经规范处理的数据。获MeSH词后，再加入MEDLINE。记录中用in process标记表示。,Publisher Supplied Citations出版商直接向PubMed提供电子记录包括MEDLINE未收录的部分记录记录中用PubMed-as supplied by publisher标记表示。,OldMedline1950-1965年间发表的200多万篇文献没有MeSH字段和摘要记录中用PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966标记表示。,PubMed not MedlinePubMed 收录Medline不收录的文献。记录中用PubMed标记表示。,PubMed
15、与MEDLINE的区别,收录范围广：MEDLINE收录的部分生命科学相关文章的非医学专业期刊（物理、天文、化学等）收录记录新：在MEDLINE数据标引前的最新题录文献类型全：提供电子原文链接（部分免费）,基本检索输入框,特征栏提供辅助检索功能,侧栏提供其他检索如期刊数据库检索、规范词数据库检索、特定文献检索,执行检索,PubMed主页,PubMed 基本检索规则,在检索栏中输入:一个或多个检索词(系统默认空格为AND检索）如：placenta growth oxygen genbacev o著者姓名,姓在前,名首字母在后。如: smith ab刊名输全称或MEDLINE认可的标准缩写形式 如：
16、clin exp immunol布尔逻辑运算式： (运算符须大写） 如 ：Stem ti AND neuroscience,多个检索词输入Moore AM撰写的有关接触性皮炎的文章,刊名的输入（字段限定来源出SO）,著者检索moore amau,检索提问输入,仅检索有文摘的文献,PubMed 基本检索规则,截词检索：treat*强迫短语检索：“brca 1”（不再自动转换匹配和扩展检索）,PubMed 基本检索规则,自动转换检索词（automatic term mapping）自动对照规范词表,期刊名表，短语，著者名索引, 依次寻找转短语寻找转换单词转换单词在上述四个字段寻找转换在所有字段中转
17、换,如：输入stemti AND neuroscienceDetails显示： stemti AND (neurosciencesTIAB NOT MedlineSB) OR neurosciencesMeSH Terms OR neuroscienceText Word),自动扩展检索系统自动对主题词、副主题词进行扩展检索，如：输入“hypertension therapy,系统自动将高血压的药物治疗、饮食疗法，,PubMed的辅助检索,Limits（检索限制选择）字段限制：著者、刊名、篇名、滤过（filter原文收藏处）等数据输入时间：默认检索可回溯到1950年，限制选择30天-10年7种
18、文献类型限制7种语种限制12种子文档：(01年新增2种Space Life Sciences and Bioethics ）,编制检索式,主题词型哮喘的药物治疗（asthma, drug therapy） asthma/drug therapy手损伤的治疗（hand injuries, surgery, therapy） hand injuries/surgery OR hand injuries/therapy阿司匹林治疗心肌梗死（aspirin, therapeutic use, myocardial infarction, drug therapy）aspirin/therapeutic
19、 use ANDmyocardial infarction/drug therapy,混合型检索舌根肿瘤的病理学(tongue neoplasms, pathology, tongue base, base of the tongue)tongue neoplasms/pathology AND (“tongue base” OR “base of the tongue”),编制检索式,编制检索式,字段限制查找闻玉梅教授的文献Wen ymau查找 Jhon Adorn Williams 撰写的文章Williams JAAU查找英语综述文献englishla AND reviewpt,PubMe
20、d记录字段说明,文摘第一著者单位地址出版商提供文献识别号著者群版权说明参考评论文献合著者文献参考评论定稿版校样版输入日期输入完成日期电子出版日期,电子出版日期文献出版日期数据加入PubMed日期文献勘误参考文献勘误全部著者姓名全部调研者姓名作为文章主题的著者全称文献相关注释基金编号基因符号期编号资助调研者资助调研单位国际标准期刊号美国立医学图书馆识别号期刊全称,最后修订日期规范词表词规范词确立日期系统组织的文摘版权拥有者题录提供机构的识别号病史相关与原始记录其他关键词提供其他关键词的机构数据提供者机构文章总页数出版商提供数据时间期刊出版国数据库文献编号,作为主题词的个人姓名出版状态文献类型出版
21、模式（纸张或电子） 参考文献数已撤回的文献酶或化学物质代码正在撤消中的文章初版文献修订和再版的文章子专题文档太空署提供的数据二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号原文来源引用了病例的文献内部处理代码,作者限定,添加作者姓名输入框,清除限定,期刊限定,作者姓名索引选词,多作者逻辑匹配选项,全文、免费全文、摘要限定,日期限定,出版日期限定,入库日期限定,研究对象人/动物限定,研究对象性别限定,语种限定,子文档限定,文献类型限定,研究对象年龄限定,检索字段限定,执行检索,清除所有限定,Previw/index（检索策略预览）,浏览检索式改变检索式（可用检索式编号#1 OR #2）浏览索引（ind
22、ex）,检索预览,检索历史,索引加词检索,Index（索引字顺表）,选择限制字段输入检索词（词根）在字顺表中选择检索词选用逻辑算符建立检索式点击GO,步骤3 索引选词,步骤4 确定与检索栏中检索提问的逻辑关系,步骤2 输入待选词,步骤1 点击预览和索引,History（检索史）,检索式回顾编辑检索式如#3 AND child,检索历史回顾,检索式,检索时间,检出篇数,检索式编号可替代检索式进行输入检索如：#5 AND #6,Details （匹配过程）,显示检索词转换匹配运算详细过程用途：转换、确定规范词如：liver cancer - liver neoplasms修改检索策略,检索明细,数
23、据库匹配过程,检索词转换,显示用户输入的检索式,数据库匹配过程,词转换,你输入的检索式,修改检索策略,检索框中随时修改“Limit” 、 “Preview/index”、 “History”、 “Details”功能实现。,四.其他检索,Mesh Database功能：确定规范检索词查看词义注释、树状结构表副主题词、扩展、主要主题词 例：欲查肾衰竭的饮食疗法相关文献？,基本检索肾衰竭的饮食疗法,结果中有些主要内容并非肾衰竭,MeSH Database 规范主题词数据库检索肾衰竭饮食疗法课题,1.输入检索词,3.点按规范词可获详细注解,2.执行浏览,主题词注释,可选副主题词,限定作为主要主题词匹
24、配,不进行下位词扩检,该主题词所替代的非规范词形式,主题词树形结构表：显示该词的学科隶属关系,通过MeSH Database检索的结果，其中41篇综述文献,检出结果更为专指,例：从主题途径查找FK506副作用和肾移植的文献（限定条件：1年，人类，英语）,检索流程第一步：主题分析 英文转换FK506 adverse effectskidney transplantation点击MeSH Database Mesh界面 依次输入检索词 go,MeSH Database,FK506,第二步：选定该主题词 主题词轮排表点击该主题词 主题词细节屏,主题词轮排,提示相关词,主题词轮排表,第三步：主题词细节
25、屏（主题词词义注释、副主题词、加权或不扩展、入口词、曾用词、树状结构） 选择合适的副主题词选择加权或不扩展 send to,主题词细节屏,主题词词义注释,主题词细节屏,副主题词选择,主题词词义注释,加权检索,不扩展检索,p175,曾用词,药理作用,树状结构,曾用词,入口词,树状结构,药理作用,选择组配方式Search Box with ANDSearch Box with ORSearch Box with NOT,第四步：search box 点击 search PubMed 检索结果,search box,Tacrolimus / adverse effectsMeSH,1194篇,125
26、1篇,题录格式界面,BMJ 2005 Mar 5 ; 330(7490) : 516,文摘格式,Free full text,Abstract,Methods,Results,Discussion,第五步：Limits 选择限定条件 （字段、文献类型、年龄、时间、语种、人类或动物、性别） 检索结果,第六步：第二个主题词步骤同上 第二个检索结果 history 逻辑组配（大写）（AND OR NOT） 最后结果,逻辑组配 (#7 AND #10),19篇,Pubmed主题词检索的功能：理解词义和收入词表的时间限定副主题词 ，提高查准率。 加权检索，提高查准率。了解树形结构,扩展检索，提高查全率了
27、解同义词，提高查全率。,引文匹配器（Citation Matcher）输入题录信息，查找特定文献进行补缺。刊名要准确，缩写要标准著者姓名大小写不敏感如查找：Taiwan I Hsueh Hui Chih由Chang PY（taiwan yi xue hui za zhi ) 撰写、 1975 发表文献的其他著者,输入待检刊名,输入待检第一著者,特定文献查找（已知文献第一著者，欲查其他信息如其他著者等,得出其他著者,期刊数据库（Journal database）通过输入刊名、缩写名、等浏览期刊文献。提供电子原文的超链键。,期刊数据库检索,Journals Database,查找刊名中包含immu
28、nology的期刊,p178,110种,111种,输入Med Pediatr Oncol刊名简称，了解其全称及其出版情况。,查找Med Pediatr Oncol全称,Medical and Pediatric Oncology,创刊时间 1975,p179,浏览全部期刊列表 点击屏幕中部的links to full-text web sites，可获得PubMed收录的全部期刊列表，按英文字母顺排列。依据此列表可以了解Pubmed的收刊情况以及录入这些期刊的电子出版商的网址。 提供电子原文的超链键。,浏览全部期刊列表,241 providers,5300 journals,2006.10.6
29、,期刊出版商,CSIROEBSCOHighWire PressInfotrieveOvid TechnologiesProQuest,Science,p180,EBSCOHighWire pressInfotrieveOvid,提供电子原文的超链键,临床问题（Clinical Queries)专门检索临床研究方法学（循证医学）文献，主要涉及治疗、诊断、病因、和预后四个分类，并提供强调选择，即敏感度（强调查全）或专指度（强调查准）。,临床警示（Clinical Alert）1991年开始，NIH美国卫生健康研究所不定期公布能引起死亡率和致病率升高的临床试验项目重要新闻稿。,五.检索结果输出,显示
30、检索结果保存检索结果保存检索策略打印检索结果,显示字段选择（Display),Abstract report:来源期刊、标题、著者、著者地址、记录性质、文献类型、勘误、评论、PMID或UI、摘要。Citation Report: 显示除上述内容外，加MeSH叙词、化学物质名称、资助项目号等字段。MEDLINE Report: (最完整，有标识符）,显示格式选择,显示记录选择,单一记录：著者姓名所有记录：选display旁的格式，及每页显示记录数选定记录: 方框内打钩,可获电子全文的链接,输出格式选择（send to）,选中题录（或文摘）后Text当前网页文本格式，用浏览器文件保存File所有记
31、录纯文本格式保存，用对话框保存Clipboad 剪贴板，暂存需下载记录，多项检索后一起保存。 最多允许存储500条，保留8小时。 Email: 通过邮件发送RSS Feed：检索结果的RSS订阅，通过安装网络聚合器可接收最新检索结果，不必再次检索。Other：全文传递服务等申请，需帐号、收费,Send to text,Send to file,Send to E-mail,Send to order,LINKOUT,保存检索策略,Details 中的URL ，可以让检索匹配的详细策略放入检索框，该检索页面可以存储入浏览器收藏夹。My NCBI（Cubby）灰色栏中的功能按钮，存储在数据库的个人文档中。,打印检索结果,1 浏览器打印（当前显示的网页）2 show功能键，增加网页显示的记录数3 保存后一起打印（word),六.获取原文及相关资源,联机获取原文（ linkout,文摘中超链图标,PMC ）向NLM索取原文（order)（由图书馆出面向成员馆订购）相关文献查找（related article)其他数据库资源（生物信息学等）,文摘中的期刊图标链接,Linkout链接,点击获取原文,获取的OVID全文,PMC (PubMed Central),生命科学期刊资源中心免费提供130多种期刊的10多万篇全文（不包括PubMed动态免费全文）,
