1、,NCBI网站介绍www.ncbi.nlm.nih.gov,National Center forBiotechnology InformationNCBI网站简介,1988年，美国的参议员 Claude Pepper 发起1988年11月4日通过立法建立国立生物技术信息中心NCBI的任务:建立基于计算机的信息处理的关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统。并进行先进方法的研究。 促进生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 促进全世界范围内的生物技术信息收集的合作,NCBI生物信息整合系统Entrez 用途,PubMed书目文献数据获取GenBank, EMBL
2、等数据库的核酸序列；获取Swiss-port,PIR,PRF,PDB等蛋白质序列；从核酸序列翻译到蛋白质的序列；蛋白质三维结构数据及大分子模式（MMDB）等其他生物信息数据库检索获取基因组图谱信息,因特网上检索免费MEDLINE,一.历史与背景,INDEX MEDCUSMEDLARS ONLINEMEDLINE CDMEDLINE WEB,MDLINE Web (Free) 检索特点:,MEDLINE Web (FREE),PubMed (http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed)BioMedNet Evaluated Medline (http:/)Healthga
3、te Medline (http:/),PubMed,数据类型：期刊论文、综述、以及与其他数据资源链接。特点：1.免费提供题录和文摘2.可与提供原文的网址链接 (部分免费获取） 3. 提供检索词自动转换匹配4. 操作简便、快捷,数据收录,MEDLINE4300余种生物医学期刊，内容涉及医学、护理、牙科、兽医、健康保健系统、前临床医学等学科。这些期刊来源于美国和世界上70多个国家和地区。文献量达1千1百万条记录，并回溯到1966年。indexed for MEDLIEN,In process citation提供MEDLINE尚未经规范处理的数据。获MeSH词后，再加入MEDLINE。记录中in
4、 process的标记。,Publisher Supplied Citations出版商直接向PubMed提供电子记录包括MEDLINE未收录的部分记录,PubMed 与MEDLINE的区别,收录范围广：MEDLINE收录的部分生命科学相关文章的非医学专业期刊（物理、天文、化学等）收录记录新：在MEDLINE数据标引前的最新题录文献类型全：提供电子原文链接（部分免费）,在检索栏中输入:一个或多个检索词(系统默认空格为AND检索)如： placenta growth oxygen genbacev o著者姓名,姓在前,名在后,如:smith ab刊名，可输全称或MEDLINE认可的标准缩写形式如
5、： clin exp immunol布尔逻辑运算式： (运算符须大写）如 ：Stem ti AND neuroscience,二.PubMed 基本检索功能,自动转换检索词（automatic term mapping） 自动对照规范词表,期刊名表，短语，著者名索引, 依次寻找转换短语寻找转换 单词转换单词在上述四个字段寻找转换 在所有字段中转换,如：输入stemti AND neuroscienceDetails显示：(stemti AND (neurosciencesMeSH Terms OR neuroscienceText Word),截词检索：treat*强迫短语检索：“brca 1
6、”（不再自动转换匹配和扩展检索）,自动扩展检索系统自动对主题词、副主题词进行扩展检索，如：输入“hypertension therapy,系统自动将高血压的药物治疗、饮食疗法，,三.PubMed的辅助检索功能,Limits（检索限制选择）字段限制：著者、刊名、篇名、滤过（filter原文收藏处）等数据输入时间：默认检索可回溯到1966年，限制选择30天-10年7种文献类型限制：7种语种：12种子文档：(01年新增2种Space Life Sciences and Bioethics ）,Previw/index（检索策略预览）浏览检索式改变检索式（可用检索式编号#1 OR #2）浏览索引（in
7、dex）,Index（索引字顺表）选择限制字段输入检索词（词根）在字顺表中选择检索词选用逻辑算符建立检索式点击GO,History检索式回顾编辑检索式如#3 AND child,Details,显示检索词转换匹配运算详细过程用途：转换、确定规范词如：liver cancer liver neoplasms修改检索策略,修改检索策略,1.检索框中随时修改2.“Limit” 、 “Preview/index”、 “History” “Details”功能键实现。,四.检索结果输出,显示检索结果保存检索结果保存检索策略打印检索结果,显示字段选择（Display),Abstract report:来源
8、期刊、标题、著者、著者地址、记录性质、文献类型、勘误、评论、PMID或UI、摘要。Citation Report: 显示除上述内容外，加MeSH叙词、化学物质名称、资助项目号等字段。MEDLINE Report: (最完整，有标识符）,显示记录选择单一记录：著者姓名所有记录：选格式、点按display选定记录: 方框内打钩,输出格式选择（send to ),选中题录（或文摘）后 Text当前网页文本格式 用浏览器文件保存 File所有记录文本格式 用对话框保存 Clipboad 剪贴板 允许存储1000条，多项检索后一起保存 Email: 通过邮件发送,new,保存检索策略,Details 中
9、的URL ，可以让检索匹配的详细策略放入检索框，该检索页面可以存储入浏览器收藏夹。Cubby 灰色栏中的功能按钮，存储在数据库的个人文档中。,打印检索结果,1 浏览器打印（当前显示的网页）2 show功能键，增加网页显示的记录数3 保存后一起打印（word),五.获取原文及相关资源,1.联机获取原文（文摘中超链）2.向NLM索取原文（order)（由图书馆出面向成员馆订购）3.相关文献查找（related article)4.其他数据库资源（生物信息学等）,六.其他检索,Mesh Database功能：确定规范检索词查看词义注释、树状结构表副主题词、扩展、主要主题词 例：欲查SARS（严重急性
10、呼吸窘迫症）是否有相关规范词，什么时候在系统中建立该词，有关治疗有无文献？,附加检索,引文匹配器（Citation Matcher）期刊浏览器（Journal Browser）临床问题（Clinical Queries）临床警示（Clinical Alert）:,引文匹配器（Citation Matcher）:,输入题录信息，查找特定文献进行补缺。刊名要准确，缩写要标准著者姓名大小写不敏感如查找：Taiwan I Hsueh Hui Chih由Chang PY（taiwan yi xue hui za zhi ) 撰写、 1975 发表文献的其他著者,期刊数据库（Journal databas
11、e）:,通过输入刊名、缩写名、等浏览期刊文献。提供电子原文的超链键。,临床问题（Clinical Queries）:,专门检索临床研究方法学（循证医学）文献，主要涉及治疗、诊断、病因、和预后四个分类，并提供强调选择，即敏感度（强调查全）或专指度（强调查准）。,临床警示（Clinical Alert）:,1991年开始，NIH美国卫生健康研究所不定期公布能引起死亡率和致病率升高的临床试验项目重要新闻稿。,Pubmed习题,1 查找肾功能衰竭的饮食疗法的文献，写出作者Rao M所写文献所涉及的化学物质2 已知：第一作者是Challis DE,出处是Pediatric Research,2000,4
12、7(3):30915。要求写出其他合著者,碱基数,原序列,核酸序列报告,蛋白质序列数据库,内容包括序列及功能信息、蛋白识别及其他功能SWISS-PROT （瑞士日内瓦大学）蛋白质序列数据库 http:/www.Expasy.ch PIR 蛋白质序列信息资源库（美、德）http:/www -nbrf.georgetown.edu/pir/,蛋白疏水特性图,待检序列与库存序列对排,Genoma Map viewer的主要功能,在所感兴趣的基因区域，获得基因组序列；已知物理或遗传图谱数据，可用显示器在该区域中查找代表疾病基因；用显示器查找或显示、分析基因；开发转录模型；寻找基因家族成员；查找基因编码蛋白质等。,角化过度症异常基因,
