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1,实习二 真核生物基因结构的预测分析,浙江加州国际纳米技术研究院
2010年11月,苏锟楷 楼小燕 韩 序 蒋 琰,2,课程内容,基因组学,,转录物组学,,蛋白质组学,,系统生物学,3,基因组序列cDNA序列,基因组功能分析,4,真核生物基因的主要结构,5,基因结构分析常用软件,6,开放读码框的识别,开放读码框（open reading frame, ORF)
是一段起始密码子和终止密码子之间的碱基序列
ORF 是潜在的蛋白质编码区,,7,8,ORF识别：GENSCAN,http://genes.mit.edu/GENSCAN.html,9,9,GENSCAN输出结果：文本,10,10,GENSCAN输出结果：图形,11,ORF识别： GenomeScan,http://genes.mit.edu/genomescan.html,12,GenomeScan输出结果：文本,13,GenomeScan输出结果：图形,14,课堂练习,1使用GENESCAN预测序列中可能的ORF。
2使用GENOMESCAN预测序列中可能的ORF。
练习用的序列文件在c:\zcni\shixi2文件下，名字为clone.fasta，使用写字板打开查看。,15,转录调控序列分析 CpG岛、转录终止信号和启动子区域的预测,16,CpG岛的预测,CpG岛
常位于真核生物基因转录起始位点，GC含>50% ，长度>200bp的一段DNA序列。,17,CpG岛的预测：CpGPlot,http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html,19,,,,GENESCAN 预测结果
起始为532bp
终止于51783bp,20,转录终止信号,上游作用元件：AAUAAA,下游作用元件：GC rich二重对称区、UUUUUU,21,转录终止信号预测：POLYAH,http://www.softberry.com/berry.phtml?topic=polyah&group=programs&subgroup=promoter,22,GENESCAN预测结果
PolyA位点52490bp,POLYAH输出结果,23,启动子区结构,启动子（Promoter）
位于结构基因5’端上游，能活化RNA聚合酶，使之与模板DNA结合并具有转录起始的特异性。
转录起始位点(Transcription start site, TSS)
PYCAPY（嘧啶）
核心启动子元件(Core promoter element)
TATA box，Pribnow box （TATAA)
上游启动子元件(Upstream promoter element，UPE)
CAAT box，GC box，SP1，Otc
增强子(Enhancer),,24,原核和真核生物基因转录起始位点上游区结构,原核生物,真核生物,上游启动子元件，UPE,核心启动子元件,转录起始位点,25,启动子结合位点分析常用软件,26,启动子预测：PromoterScan,http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/,27,PromoterScan输出结果,,28,课堂练习,1 使用CpG Plot预测基因的CpG island位置。
2 使用PolyAH预测基因可能的转录终止的位置。
3 使用PromotorScan寻找基因上游序列里可能的转录因子调控区域。,基因密码子偏好性,29,1.研究蛋白质结构功能中的作用
2.在表达外源基因方面的作用
3.在生物信息学研究中的作用,基因密码子偏好性: CodonW,30,31,参 数 选 择,32,CodonW结果界面,课堂练习,使用CodonW分析基因的密码子使用偏好，
了解密码子偏好分析中各指数的含义。,33,34,内含子/外显子剪切位点识别,如何分析核酸序列中的外显子组成？
通过对特征序列(GT-AG)的分析进行直接的预测基因预测软件（NetGene2）
与相应的基因组序列比对，分析比对片段的分布位置（Spidey）,35,,,,36,剪切位点识别：NetGene2,http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGene2/,37,NetGene2输出结果,,,38,mRNA剪切位点识别：Spidey,NCBI开发的在线预测程序
用于mRNA序列同基因组序列比对分析,,http://www.ncbi.nih.gov/spidey,39,Spidey同源序列的获得:序列比对,通过BLAST进行序列比对，找到可能同源的相似性好的一系列mRNA序列。,40,41,Spidey输出结果,42,课堂练习,1 练习两种预测剪切位点的软件的使用，NetGene2和Spidey。
2 Spidey的同源序列文件保存在c:\zcni\shixi2文件下，名字为Spidey.txt，使用写字板打开查看。,43,选择性剪切（Alternative splicing）分析,选择性剪接是调控基因表达的重要机制
了解不同物种、细胞、发育阶段、环境压力下基因的调控表达机制,44,选择性剪接的类型,选择性剪切的五种基本类型:
内含子保留.
5‘端选择性剪切位点.
3’端选择性剪切位点.
外显子遗漏.
互斥外显子.,45,查询选择性剪切相关的网站,从已知基因的功能推测剪切机制,46,选择性剪切查询：ASTD数据库,http://www.ebi.ac.uk/astd/main.html,47,ASTD数据库检索结果：基因描述信息,48,ASTD数据库检索结果：选择性剪切的mRNA,,十一种选择性剪切产物,,,,,,,,,,,,,49,ASTD数据库检索结果：表达的组织特异性,50,Thanks!,51,,,
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