如何找同源基因并用DNAman比对序列.ppt

Zakery 2016年5月26日,如何在phytozome中找物种同源基因并用DNAman比对序列,首先到phytozome网站上选择你要找的物种，比如水稻Oryza sativa v7_JGI (Rice),,点击BLAST search,在target type中选择proteome，把氨基酸序列复制到BLAST框中，点GO,,这是结果，得分越高说明同源性越高,点击第一个前面字母G，得到如图可以看到CDS sequence和Peptide equence,把基因名和CDS序列如图复制到记事本，把txt格式改为SEQ格式（直接更改扩展名）,接下来就是用DNAman分析了,选择输入序列,,,,,,选择序列文件所在位置,,,注意输入的序列是DNA或者是蛋白质序列,打勾相应的选项,,然后一直点击下一步,,选项不需要修改,默认就行,,选项不需要修改,默认就行,,选项不需要修改,默认就行,,,注意,由于是用了免费的版本,它会在这里加上了一段标记,手工去除它.,,序列前面一般会加上CREATED..FEATURESLCATINQUALIFIERS这一段标记,,,这是去除后的序列情况,,,点击这个按钮,出现下拉菜单,,,保持EMF格式的文件即可,然后用图片查看器打开可以放大缩小而不改变像素,前面软件演示所用的序列比对后做出来的图,注意:由于前面软件自动加了约为几十个bp长度的标记,因此在所获得的图中,会在尾部出现N多个点,不影响图片的质量与美观!,