1、北京大学 政学者论文集（2002 年） 从噬菌体展示随机肽库中淘选药物454从噬菌体展示随机肽库中淘选多肽药物Selection of Peptide drugs from Phage-displayed Random Peptide Library生命科学学院 99 级 沈抒殚摘要以凝血酶为靶分子，利用噬菌体展示和亲和淘选技术，从随机十五肽库中筛选到结合凝血酶的 3 个特异结合肽克隆，并对其中结合活性最强的短肽进行了序列测定。ELISA 鉴定结果表明，3 个克隆对于凝血酶都有一定的结合能力，且都与凝血酶的天然抑制剂水蛭素产生竞争。关键词：噬菌体展示，随机肽库，淘选，凝血酶AbstractTh
2、rombin as target molecule, and with the new bio-technique of phage display and biopanning, 3 special binding peptide clones were selected out from a phage-displayed random 15-peptide library. The sequence of the clone, which had the highest affinity with thrombin, has been determined. Data of ELISA
3、showed that all the three clones could be combined to thrombin to some extent. And all of them could compete with hirudin, which is the natural inhibitor of thrombin.Key words: phage display, random peptide library, biopanning, thrombin一、前言噬菌体展示随机多肽库噬菌体展示随机多肽库技术是以噬菌体展示技术（phage display）为基础北京大学 政学者论文集
4、（2002 年） 从噬菌体展示随机肽库中淘选药物455的。1985 年由 Smith1首次通过基因工程手段将外源蛋白质与噬菌体的次要外壳蛋白 p形成融合蛋白展示于噬菌体颗粒表面，可保持相对独立的空间构象和生物活性，而不影响重组噬菌体对宿主菌的感染能力。与其他基因表达系统相比较，噬菌体展示技术的最大特点就是它有效地将被展示多肽或蛋白质和基因偶联起来，构成一个实体，因而在得到某种多肽结构的同时也就获得了它的基因。p蛋白因其序列中含有 SGGG 或 SGGGG 的重复而具有空间结构的灵活性，因此更适于在 N 端展示目的蛋白而不影响其空间结构。p位于丝状噬菌体尾端，具有识别和吸附大肠杆菌性菌毛的功能，
5、为解决融合蛋白失去感染能力这一问题，常采用噬菌质粒和辅助噬菌体双基因组系统。噬菌质粒中 p基因与外源基因融合，辅助噬菌体 M13KO7 中的 p基因为野生型。当噬菌体颗粒组装时，噬菌质粒 DNA 被优先包装，这时组装好的噬菌体外壳有一拷贝的 p融合蛋白，其余为野生型 p蛋白，称为单价展示。单价展示时噬菌体感染能力不受影响，而且有利于淘选出高亲和力的目的重组噬菌体。在丝状噬菌体 p 基因一侧插入特定长度的随机寡核苷酸，从而在噬菌体表面展示与 p融合的随机多肽；由于每一个噬菌体呈现一种序列的外源多肽，那么展示特定长度各种不同序列外源多肽的噬菌体集合体就构成一个完整的随机多肽展示库。本实验室利用改建
6、的噬菌体展示载体 pCANTAB5G8 构建了噬菌体展示随机十五肽库。拟从中淘选靶蛋白的结合多肽。亲和淘选表达于噬菌体表面的融合多肽或蛋白质能被特异性的抗体识别。如果将某种抗体包被于固相载体，就可将表达有相应抗原的噬菌体克隆从众多的噬菌体中分离纯化出来，且抗原的氨基酸序列又可以通过对噬菌体重组体的 DNA 测序而获得。按照同样原理，可以分离到蛋白质特异结合的配体。随机多肽展示库的出现充分利用了噬菌体展示技术的特点和优势，以生物合成肽库来实现化学合成肽库的功能和用途，并且更加经济和便利。近 10 年来，大量的研究小组利用噬菌体展示随机多肽库技术构建了不同种类的噬菌体展示多肽库，并从中筛选到不同靶
7、物质结合的多肽，使该技术在多个研究领域得到广泛应用。噬菌体展示随机肽库的筛选是一个亲和纯化（affinity purification）的生物淘选(biopanning)过程。其具体过程是：先将噬菌体肽库与靶分子相互作用一段时间，接着洗涤除去非特异结合噬菌体，将特异性结合噬菌体洗脱下来扩增，然后再投入下一轮的淘选。继续重复淘选、洗脱、扩增，最终淘选出特异结合的重组噬菌体克隆。凝血酶结合肽凝血酶(thrombin，II)是一种生成于损伤处血管内皮细胞的多功能丝氨酸蛋白酶，它能水解血纤维蛋白原的 4 个 Arg-Gly 肽键，产生不溶性的纤维蛋白，使血液变成凝胶而发生凝固。凝血酶不仅在凝血瀑布反应
8、中起着关键酶的作用，还可能诱发炎症、增生及修复等反应，而且能够和包括神经细胞在内的多种细胞发生反应，并影响其行为。凝血酶如此广泛的生理效应大部分由凝血酶受体介导。本实验以凝血酶为靶蛋白，从噬菌体展示随机十五肽库中淘选与凝血酶特北京大学 政学者论文集（2002 年） 从噬菌体展示随机肽库中淘选药物456异结合的多肽。在理论上可以通过对凝血酶结合多肽的序列性质分析来研究凝血酶受体的可能性质；在应用上通过对凝血酶结合肽的研究可以期望进一步找出有效的抗血栓药，具有一定的实际意义。二、实验材料（一）菌株大肠杆菌(Escherichia coli) TG1，辅助噬菌体 M13KO7 均为本实验室保存。（二
9、）主要试剂噬菌体展示十五肽库为本实验室构建（库容量 1.36108） ，凝血酶购自Pharmacia 公司，粗制牛凝血酶为天津血液所产品，凝血酶底物 Chromzym TH 购自 Boehringer Mannheim 公司，HRP M13 抗体购自华美公司， 96 孔酶标板为 Nunc 公司产品 ,ELISA 试剂均为华美公司产品。主要溶液的配制：PBS： 1PBS： 133mmol/l NaCl3mmol/L KCl8mmol/L Na2HPO41.5mmol/L KH2PO410PBS： 80.0g NaCl2.0g KCl11.5g Na2HPO47H2O20.0g KH2PO4溶于
10、1 升 H2O 中，调至 pH 7.5，高压灭菌。PBS-Tween 20 (PBST)：1 升 1PBS 中加入 1ml 吐温（Tween）20。PBSM: 100ml PBS 中加入 2g 脱脂奶粉，离心取上清。50mmol/L 甘氨酸HCl (Gly-HCl), pH 2.0:1mol/L 贮存液:111.6g 甘氨酸溶于 1L H2O 中，HCl 调成 pH2.0，高压灭菌。200mmol/L 磷酸钠缓冲液(pH 7.5)：1mol/L 贮存液:44.16g NaH2PO42H2O450.66g Na2HPO47H2O溶于 1LH2O 中，高压灭菌。北京大学 政学者论文集（2002 年
11、） 从噬菌体展示随机肽库中淘选药物45720%PEG-8000/2.5M NaCl:200.0g polyethylene glycol 8000146.1g NaCl溶于 1LH2O 中，0.22um 滤膜过滤除菌。邻苯二胺(OPD)底物缓冲液:2.84g Na2HPO47H2O2.10g Citric Acid溶于 100mlH2O 中，pH5.0M9 培养基平板的配制：瓶 1： 0.6g Na 2HPO40.3g KH2PO40.1g NH4Cl将上述试剂溶于 50 ml H2O 中，NaOH 调至 pH7.4。 瓶 2：1.5g 琼脂粉溶于 50 ml H2O 中。将瓶 1、瓶 2 高
12、压灭菌后，冷却至 5060时加入：0.1 ml 1mol/L MgCl20.1 ml 1mol/L CaCl20.5 ml 1mol/L 葡萄糖0.2 ml 0.5mol/L 维生素 B1立即将瓶 1、瓶 2 混匀倒平板。（三） 、主要仪器DG5031 型 酶联免疫检测仪，华东电子集团公司医疗电子仪器厂JJT-7B 洁净工作台，北京半导体设备一厂THZ-C 恒温振荡器，江苏太仓市实验设备厂DF-C 型恒压恒流电泳仪， 北京东方仪器厂DYY-23A 型电泳槽，北京市六一仪器厂DYY-31B 型电泳槽，北京市六一仪器厂台式冷冻离心机 Sigma 1K15，Sigma 公司三、实验方法1.淘选过程1
13、.1 噬菌体展示随机十五肽库的扩增1.1.1 从 M9 平板培养基上挑取 TG1 单菌落于 3ml LB 培养基，37振荡培养过夜。1:100 转接至 50ml LB 培养基中，摇至对数期。取原库 10ul (1012cfu/ml)，于 37摇床低速(7090rpm)感染 30min。再加入 M13KO7，使感染系数达到北京大学 政学者论文集（2002 年） 从噬菌体展示随机肽库中淘选药物45810:1(M13K07:宿主菌10:1)。37摇床低速感染 30min. 取出菌液,5000 rpm 离心 10 分钟。去上清，将菌体重悬至 200ml 2YTAK (2YT，含 100ug/ml 氨苄
14、青霉素，50ug/ml 卡那霉素)。37210rpm 振荡培养 1216 小时。1.1.2取菌液 5000rpm 离心 10 分钟，取上清。加 1/4 体积的 PEG/NaCl，振荡混匀，冰上放置 1 小时。412000rpm 离心 20 分钟，去上清。适量 PBS重悬沉淀，使沉淀尽量溶解。10000rpm 离心 10 分钟。取上清，加 1/4 体积PEG/NaCl，振荡混匀，冰上放置 1 小时。412000rpm 离心 20 分钟，去上清。适量 PBS 重悬溶解， 10000rpm 离心 10 分钟。取上清，即得扩增后的噬菌体库。1.1.3用灭菌的 PBS 溶液梯度稀释噬菌体液，取 9 次，
15、10 次，11 次的稀释液各 50ul，加入已经转接培养到对数期的新鲜 TG1 菌液 50ul，混匀，37温育20 分钟。全部涂含 Amp100ug/ml 的 LB 固体平板。37温箱培养过夜。次日计单菌落数，计算滴度。1.2 凝血酶结合肽的亲和淘选1.2.1 包被 1PBS 稀释凝血酶， 100ul 包被酶标板，6ug/ 孔。以 100ul PBS包被空白对照孔。4静置过夜。1.2.2封闭 吸出包被液。2%PBSM 加满各孔，37静置 2 小时，或 4包被过夜。1.2.3结合 吸出封闭液，如前所述以 PBST 和 PBS 各洗涤 2-3 次，拍尽洗涤液。各孔加入 100ul 以封闭液稀释的随
16、机十五肽库液体（噬菌体滴度大于库容量的 1000 倍） ，37缓慢摇动或静置 2 个小时。1.2.4洗脱 吸出噬菌体液， PBST 洗 10 次，PBS 洗 10 次，拍尽洗涤液，以除去未结合的噬菌体粒子。各孔加入 100ul 甘氨酸 HCl (pH2.0)，37缓慢摇动或静置 15 分钟。吸出洗脱液，加等体积 pH 7.5 磷酸钠缓冲液中和。1.2.5. 测滴度 各孔取 10ul 中和液进行梯度稀释，取 2，3，4 次稀释度，按照 1.1.3 测滴度，计算洗脱噬菌体总数。1.2.6 扩增 剩余的洗脱噬菌体液加入到 3ml 新鲜 TG1 溶液中，吸附30-60min。加 M13K07，使感染系
17、数达到 10:1,吸附 3060min。5000rpm10min离心菌体，重悬至 3ml 2YTAK 中。37210rpm 振荡培养 1216 小时。按照1.1 的步骤提取噬菌体，并测得扩增后的滴度。(对照孔所得噬菌体液无需扩增)1.2.7 重复淘选 后面几轮筛库，步骤同第一轮淘选。但蛋白包被量递减。第二轮 2.5ug/孔，第三轮 1.5ug/孔，第四轮 1ug/孔。最后一轮筛得的噬菌体测滴度所得的单菌落保留。由于第四轮之后回收率没有明显增加了，故不再继续筛选。2.阳性克隆的挑选2.1.牛凝血酶的初步纯化CM Sepharose FF 离子柱，用 20mmol/L pH6.0 的磷酸缓冲液平衡
18、，并溶解粗凝血酶制剂。福林酚法测蛋白浓度。上样，以 20mM pH6.0 的磷酸缓冲液淋洗，至透过峰流出。先后以 pH 6.0 的 0.2M，0.3M 磷酸缓冲液梯度洗脱。检测洗脱液的活性，将洗脱液样品和凝血酶活性底物 TH 加入测活缓冲溶液中，37水浴 5 分钟，有颜色的则为有活性样品。收集有活性部分。透析，测蛋白北京大学 政学者论文集（2002 年） 从噬菌体展示随机肽库中淘选药物459浓度，冻干。2.2 随机挑选噬菌体克隆2.2.1.从最后一轮保存的平板上，随机挑选 20 个分离良好的单菌落，于 3ml LB(Amp100ug/ml)中 37振荡培养过夜。1:100 转接于 3ml LB
19、(Amp)中振荡培养至对数期。各加入 M13K07 使感染系数达到 10。缓慢振荡30min。5000rpm10min，离心菌体。弃上清，将菌体重悬至 3ml LBAK 或2YTAK 中，37 振荡 12 至 16 小时。 2.2.2. 如 1.1.2 所述，提取噬菌体。2.3 用 ELISA 方法初步挑选阳性克隆2.3.1. 包被 取 PBS 稀释的经初步纯化的凝血酶 100ul(约含凝血酶 0.25ug/孔)包被酶标板，4静置过夜。2.3.2封闭 吸出包被液，加 200ul 2%PBSM，37静置 2 小时或 4过夜。2.3.3结合 出封闭液，如前所述地洗涤，每孔加入 100ulPBSM
20、稀释的单克隆噬菌体液，37静置 2 小时。2.3.4抗体结合 甩出噬菌体液，洗涤。每孔加入以封闭液 1:5000 稀释的辣根过氧化物酶标记的 M13 噬菌体抗体 100ul，37静置 2 小时。2.3.5显色 甩出抗体溶液，洗涤。各加 100ul OPD 显色底物溶液，37于黑暗处显色 30min。2.3.6. 终止 加入 2mol/L 的 H2SO4 溶液 50ul，终止反应。2.3.7. 读取各孔 490nm 处的吸光度值。记录数据。从中挑出 ELISA 阳性隆。2.4 ELISA 进一步鉴定阳性克隆2.4.1扩增 2.2.3 中挑选出的阳性克隆。2.4.2纯凝血酶 0.25ug/孔包被酶
21、标板，按照 2.2.3 进行 ELISA 检测。3阳性克隆与水蛭素的竞争作用3.1.于两组酶标板孔中包被初步纯化的凝血酶溶液 100ul，各含凝血酶约 0.1ug/孔。3.2. 200ul PBSM 封闭，37 2 小时。3.3.一组继续封闭，一组加上封闭液稀释的 10ug/ml 水蛭素溶液 100ul/孔。水蛭素与凝血酶特异结合，分子量约 7K，凝血酶分子量约 35K，1ug/ 孔保证水蛭素对凝血酶大大过量。3.4.取 2.2.4 鉴定为阳性的克隆的扩增液，100ul/孔结合。3.5 加 HRPM13 抗体结合，显色，终止。测 490nm 吸光度值。4. 测序将结合活性最强的 4 号克隆送交
22、上海生工生物工程技术服务有限公司测序。四、实验结果北京大学 政学者论文集（2002 年） 从噬菌体展示随机肽库中淘选药物4601.凝血酶结合肽的淘选以凝血酶为靶分子，以酶标板为固相载体，对噬菌体展示随机十五肽库进行了四轮的淘选。各轮的淘选数据如下表所示。表 1.各轮淘选数据轮次 凝血酶（ug/孔） 投入噬菌体(cfu) 回收噬菌体(cfu) 回收率（/ug） P/N1 6.0 7.51011 6.4106 1.410-6 132 2.5 3.01011 8.2106 1.110-5 353 1.5 1.01011 7.5106 5.010-5 504 1.0 1.01011 5.2106 5.
23、210-5 40淘选过程中逐步减少靶蛋白的量以提高淘选效果。第一轮靶蛋白为 6g/孔，第二轮为 2.5ug/孔，第三轮为 1.5g/孔，第四轮为 1g/孔。这样有利于淘选到高亲和力的结合肽。表中的 P/N 值为包被凝血酶的孔和空白孔所洗脱回收的噬菌体数之比，每一轮的 P/N 值都大于 10,可见每一轮筛选都有一定的特异性。回收率代表富集程度。各轮的回收率如下图所示。01020304050601 2 3 4轮 次回收率(10-6)图 1. 各轮淘选回收率示意图由图可见，各轮的富集程度有明显的增加，第三轮之后就趋于平稳。故第四轮之后不再继续筛选。2.牛凝血酶的初步纯化以 CM Sepharose
24、FF 离子柱，采用梯度洗脱的策略，0.3M pH6.0 磷酸盐缓冲液洗脱峰有凝血酶活性。纯化前后的 SDSPage 蛋白电泳图如下。北京大学 政学者论文集（2002 年） 从噬菌体展示随机肽库中淘选药物461 1 2 3 4 5 6 7 8 9 100.104 0.205 0.053 0.755 0.887 0.102 0.081 0.084 0.544 0.204 0.169+ 11 12 13 14 15 16 17 18 19 200.907 0.167 0.205 0.031 0.201 0.614 0.165 0.209 0.215 0.208 0.1761 2 3图 2.SDSPa
25、ge 蛋白电泳图lane 1: 标准蛋白 marker，从上至下分 别为94K，67K，43K，30K，20.1K，14.4Klane 2: 粗凝血酶样品lane 3: 离子柱纯化后样品上样前 12.99mg,得到 1.58mg 的产物。由电泳图可看出，经初步纯化的凝血酶仍有两条杂带，并且凝血酶的含量不到 50%。但是，鉴于只是用来初步淘选出有阳性可能的克隆，对纯度不做太高要求。3.阳性克隆的挑选包被经初步提纯的凝血酶，用 ELISA 检验随机挑选出来的 20 个克隆，从中挑出有阳性可能的 3 个克隆。实验数据见下表。表 2. 随机挑选 20 个克隆的 ELISA A490nm 值其中， “”
26、表示只包被蛋白，不加噬菌体的阴性对照。 “”表示直接包被 M13K07 的阳性对照。由上表可以看出，3 号，4 号，15 号克隆，具有较高的阳性。4.阳性克隆的鉴定将粗凝血酶挑选出来的 3 个候选阳性克隆，用购自 Pharmacia 公司的凝血酶进行 ELISA 鉴定。实验数据见下表凝血酶北京大学 政学者论文集（2002 年） 从噬菌体展示随机肽库中淘选药物462 3 4 15 0.065 0.365 0.465 0.343 0.578表 3. 阳性克隆的鉴定可见，3 号，4 号，15 号的确是与凝血酶有较高的结合能力。5.阳性克隆对水蛭素的竞争作用水蛭素是凝血酶的天然抑制剂。在竞争性 ELI
27、SA 实验中，一组以阳性克隆和凝血酶直接结合；一组凝血酶经水蛭素结合后，再与阳性克隆作用。两组的结合活性有明显的差异。实验数据见下表。表 4.阳性克隆对水蛭素的竞争作用其中，A 是包被凝血酶，结合 M13K07 的阴性对照B 是包被凝血酶，不结合噬菌体的阴性对照A3A15 是凝血酶结合水蛭素后再与噬菌体结合的实验组B3B15 是凝血酶直接与噬菌体结合的实验组A,B是重复的阳性对照，直接包被 M13K07。由上表可以看出，水蛭素对 3 号，4 号，15 号克隆均有竞争作用，尤其是4 号克隆最为明显。由此我们推测，所筛得的噬菌体克隆所展示的十五肽和水蛭素凝血酶的结合位点可能具有某种相似性，特异结合
28、肽可能具有抑制凝血酶活性。6.测序4 号克隆所展示的十五肽序列如下五、实验讨论噬菌体展示多肽库技术的淘选方法主要以噬菌体表面展示多肽与靶物质的结合为基础，由 Smith 等建立的亲和选择（affinity selection）方法和理论一直延用至今。 （见图 3）在阳性克隆的富集过程中，有两个因素需要着重加以考虑，一是回收率（yield） ；一是选择强度（stringency） 。所谓回收率，即在每一轮亲和淘选中，洗脱下来的噬菌体克隆数与加入用的噬菌体克隆数之比。所谓选择强度，即指各种实验因素对噬菌体多肽与选择配基或固相载体结合的影响。选择强度越高，阳性克隆的亲和力越高。淘选实验中的多种实验因
29、素均会影响选择强度，其中最重要的是所用靶分子的用量。 3 4 15 A 0043 0128 0159 0077 0366B 0035 0322 0404 0211 0377B-A 0194 0246 0134北京大学 政学者论文集（2002 年） 从噬菌体展示随机肽库中淘选药物463一般降低靶分子用量或浓度，可提高选择强度，增强所得噬菌体克隆与配基间的亲和力。其他影响因素则包括漂洗时间、洗脱液的 pH 值 33或竞争性洗脱时竞争剂的用量等。随着选择强度的提高，回收率会随之降低，因而在亲和淘选中并不能一味提高选择强度。为解决这一矛盾，通常遵循的基本原则是，第一轮淘选时保证获得较高的回收率是最重要的考虑，后续各轮的淘选则强调选择强度。因为第一轮淘选时，阳性克隆在原始肽库中的比例和数量很低，若选择强度过高，极易导致阳性克隆的丢失，且在后几轮的淘选中不可弥补。经过第一轮的淘选后，阳性克隆获得了一次富集和扩增，数量和比例均得以大幅度提升，因此在随后的淘选中，即使加大选择强度，阳性克隆已不易丢失。此时，通过增加选择强度以提高阳性克隆的比例就成为可能。 。通常采用的方法是，第一轮淘选时，使用较大量的靶分子（如 l10g） ，而在后续几轮淘选中则试用不同的靶分子用量（lg 以下） 。
