1、1 冷冻电镜发展背景人类基因组计划的完成，标志着科学已进入后基因组时代。虽然大量的基因序列得到阐明，但是生物大分子如何从这些基因转录、翻译、加工、折叠、组装，形成有功能的结构单元，尚需进一步的研究。后基因组时代人类面临的一个挑战是解析基因产物蛋白质的空间结构，建立结构基因组学，并在原子水平上解释核酸蛋白，蛋白蛋白之间的相互作用，从而阐明由这些生物大分子和复合物所行使的生物学功能。在此过程中，结构生物学在其中扮演着重要角色。对生物大分子结构的解析，不仅具有深远的基础意义，而且具有广阔的应用前景。通过对核酸、蛋白质及其复合物的结构解析，人们对它们的功能的理解更加透彻，就可以根据他们发挥功能的结构基
2、础有针对性地进行药物设计，基因改造，疫苗研制开发，甚至人工构建蛋白质等工作，从而对制药、医疗、疾病防治、生物化工等诸多方面产生巨大的推动作用。日前用于解析生物大分子空间结构的主要手段是 X 射线晶体学技术和核滋共振波谱学。X 射线晶体学可给出分子的高分辨结钩，核磁共振波谱学则可测定分子在溶液中的精确构像，并可研究构像的动态变化。虽然 X 射线晶体学和核磁共振波谱学是解析生物大分子结构的强有力工具，但各有局限性。X 射线晶体学解析的结构常常是分子的基态结钩，而对解析分子的激发态和过渡态却往往无能为力：生物大分子在体内常常发生相互作用并形成复合物而发挥功能，这些复合物的结晶化非常困难。核磁共振波谱
3、学虽可获得分子在溶液中的结构并可研究结构的动态变化，但目前只能用于分子量较小的生物大分子（10000 道尔顿） ，而对分子量大的生物大分子尤其是超分子复合物却无能为力。人类对生物体系的研究经历了由个体到器官，由器官到组织，由组织到细胞，由细胞到生物大分子这样一个层次由高到低的过程。随着科学的发展，人们对生物体系的研究又转向由低层次到高层次，由简单体系到复杂体系。在此过程中，细胞作为生命的基本单位起着承上启下的重要作用。多少年来，科学家的一个梦想是能观察到生物大分子在细胞内的行为，几十年来，人们对大量的生物大分子及其复合物应用电子显微镜进行研究，发展出了强有力的电子显微学来研究生物大分子结构的方
4、法学。近年来，由于快速冷冻和低温冷却技术的引进，导致了冷冻电子显微学技术的诞生。冷冻电镜在研究生物大分子结构尤其是超分子体系的结构方面取得了突飞猛进的发展，在生物学领域的应用越来越受到重视，逐渐成为一种被普遍接受的公认的研究生物大分子尤其是超分子体系结构的有效研究手段，成为连接生物大分子和细胞的纽带和桥梁。2 冷冻电镜发展过程及分类2.1 冷冻电镜发展过程冷冻电子显微镜技术（cryo-electron microscopy）是在 20 世纪 70 年代提出的，早在20 世纪 70 年代科学家们就利用冷冻电镜研究病毒分子的结构，首次提出了冷冻电镜技术的原理、方法以及流程的概念。到了 20 世纪
5、90 年代，随着冷冻传输装置、场发射电子枪以及 CDD 成像装置的出现，冷冻电镜单颗粒技术出现。21 世纪初，冷冻电镜技术进一步发展，利用三维重构技术获得了二十面体病毒的三维结构，但此时冷冻电镜的分辨率水平依然没有得到突破，这限制了冷冻电镜在生物大分子领域的应用，虽然冷冻电镜和 X 射线晶体学、核磁共振被称作结构生物学研究的三大利器，但不得不承认冷冻电镜是三者当中最弱的一种技术手段，在现在已解析的一千多种膜蛋白结构当中，90%以上都采用的是 X射线晶体学方法，核磁共振在小分子量的蛋白结构解析中也发挥了重要的作用，而冷冻电镜在蛋白结构解析当中所起的作用微乎其微。然而 2013 年 12 月 5
6、日，美国加州大学旧金山分校副教授程亦凡与同事 David Julius两个实验室合作，采用单电子计数探测器，以近原子分辨率（3.4 埃） ，确定了在疼痛和热知觉中起中心作用的一种膜蛋白 TRPV1 的结构，这一振奋人心的成果让研究人员们开始重新审视冷冻电镜在结构生物学研究中的所能发挥的作用。毕竟和 X 射线晶体学方法相比，它所需的样品量很少，也无需生成晶体，这对于一些难结晶的蛋白质的研究带来了新的希望。蛋白质 TRPV1 结构的确定标志着冷冻电镜正式跨入“原子分辨率”时代。2.2 冷冻电镜分类目前我们讨论的冷冻电镜基本上指的都是冷冻透射电子显微镜，但是如果我们以使用冷冻技术的角度定义冷冻电镜的
7、话，冷冻电镜主要可以分为冷冻透射电子显微镜、冷冻扫描电子显微镜、冷冻蚀刻电子显微镜。2.2.1 冷冻透射电子显微镜冷冻透射电镜（Cryo-TEM）通常是在普通透射电镜上加装样品冷冻设备，将样品冷却到液氮温度（77K） ，用于观测蛋白、生物切片等对温度敏感的样品。通过对样品的冷冻，可以降低电子束对样品的损伤，减小样品的形变，从而得到更加真实的样品形貌。一台冷冻透射电镜的价格在 600 万美元左右，价格极其昂贵，它的优点主要体现在以下几个方面：第一是加速电压高，电子能穿透厚样品；第二是透镜多，光学性能好；第三是样品台稳定；第四是全自动，自动换液氮，自动换样品，自动维持清洁。图 2.1 冷冻透射电镜
8、及冷冻电镜下高分辨病毒的三维重构图2.2.2 冷冻扫描电子显微镜扫描电镜工作者都面临着一个不能回避的事实，就是所有生命科学以及许多材料科学的样品都含有液体成分。很多动植物组织的含水量达到 98%，这是扫描电镜工作者最难对付的样品问题。冷冻扫描电镜（Cryo-SEM）技术是克服样品含水问题的一个快速、可靠和有效的方法。这种技术还被广泛地用于观察一些“困难”样品，如那些对电子束敏感的具有不稳定性的样品。各种高压模式如 VP、LV 和 ESEM 的出现，已允许扫描电镜观察未经冷冻和干燥的样品。但是，冷冻扫描电镜仍然是防止样品丢失水分的最有效方法，它能应用于任何真空状态，包括装于 SEM 的 Pelt
9、ier 台以及向样品室内冲以水汽的装置。冷冻扫描电镜还有一些其他优点，如具有冷冻断裂的能力以及可以通过控制样品升华刻蚀来选择性地去除表面水分（冰）等。冷冻电镜基本的观测流程如下图 2.2 所示：图 2.2 低温扫描电镜样品制备及观测流程2.2.3 冷冻蚀刻电子显微镜冷冻蚀刻（Freeze-etching ）电镜技术是从 50 年代开始发展起来的一种将断裂和复型相结合的制备透射电镜样品技术，亦称冷冻断裂（Freeze-fracture）或冷冻复型（Freeze-replica） ，用于细胞生物学等领域的显微结构研究。冷冻蚀刻电镜的优点：样品通过冷冻，可使其微细结构接近于活体状态；样品经冷冻断裂蚀
10、刻后，能够观察到不同劈裂面的微细结构，进而可研究细胞内的膜性结构及内含物结构；冷冻蚀刻的样品，经铂、碳喷镀而制备的复型膜，具有很强的立体感且能耐受电子束轰击和长期保存。缺点：冷冻也可造成样品的人为损伤；断裂面多产生在样品结构最脆弱的部位，无法有目的地选择。目前，冷冻蚀刻装置的型号很多，但主要分为两种类型：一种是专用冷冻蚀刻装置，如 EIKO 公司生产的 FD-2A 型、FD-3 型，BALZERS 公司生产的 BAF300 型；另一种是真空喷镀仪的冷冻蚀刻附件，如日立公司生产的 HFZ-1 型，它与 FE-1 型加温蚀刻装置一起安装在 HUS-5 型真空喷镀仪中使用。以上两种类型各有优缺点，专
11、用装置优点在于操作方便，能连续制样，效率高。缺点是价格贵；附件装置价格虽便宜，但不能连续操作，效率低。利用冷冻蚀刻电镜技术观察到的红细胞如图 2.3 所示。图 2.3 红细胞冷冻电镜蚀刻图3 冷冻电镜原理冷冻电子显微学解析生物大分子及细胞结构的核心是透射电子显微镜成像，其基本过程包括样品制备、透射电子显微镜成像、图像处理及结构解析等几个基本步骤（图 3.1） 。在透射电子显微镜成像中，电子枪产生的电子在高压电场中被加速至亚光速并在高真空的显微镜内部运动，根据高速运动的电子在磁场中发生偏转的原理，透射电子显微镜中的一系列电磁透镜对电子进行汇聚，并对穿透样品过程中与样品发生相互作用的电子进行聚焦成
12、像以及放大，最后在记录介质上形成样品放大几千倍至几十万倍的图像，利用计算机对这些放大的图像进行处理分析即可获得样品的精细结构。图 3.1 冷冻电子显微学解析结构基本步骤图 3.2 冷冻电子显微学原理示意图透射电子显微镜成像过程中，电子束穿透样品，将样品的三维电势密度分布函数沿着电子束的传播方向投影至与传播方向垂直的二维平面上。1968 年，Aron Klug 发现中心截面定理（图 3.3） ，提出可以通过三维物体不同角度的二维投影在计算机内进行三维重构来解析获得物体的三维结构。根据这一原理，利用透射电子显微镜获得生物样品多个角度的放大电子显微图像，即有可能在计算机里重构出它的三维空间结构。图
13、3.3 中心截面定理在冷冻电子显微学结构解析的具体实践中，依据不同生物样品的性质及特点，可以采取不同的显微镜成像及三维重构方法。目前主要使用的几种冷冻电子显微学结构解析方法包括：电子晶体学、单颗粒重构技术、电子断层扫描重构技术等，它们分别针对不同的生物大分子复合体及亚细胞结构进行解析。3.1 电子晶体学利用电子显微镜对生物大分子在一维、二维以致三维空间形成的高度有序重复排列的结构（晶体）成像或者收集衍射图样，进而解析这些生物大分子的结构，这种方法称为电子晶体学。其适合的样品分子量范围为 10500kD，最高分辨率约 1.9。该方法与 X 射线晶体学的类似之处在于均需获得高度均一的生物大分子的周
14、期性排列，不同之处是利用电子显微镜除了可以获得晶体的电子衍射外还可以通过获得晶体的图像来进行结构解析。3.2 单颗粒技术对分散分布的生物大分子分别成像，基于分子结构同一性的假设，对多个图像进行统计分析，并通过对正、加和平均等图像操作手段提高信噪比，进一步确认二维图像之间的空间投影关系后经过三维重构获得生物大分子的三维结构方法（图 3.4） 。其适合的样品分子量范围为 8050MD，最高分辨率约 3。利用单颗粒技术获得三维重构的方法主要包括等价线方法、随机圆锥重构法、随机初始模型迭代收敛重构等方法，其基本目标是获得二维图像之间正确的空间投影关系，从而进行三维重构。图 3.4 单颗粒重构技术原理3.3 电子断层扫描成像技术通过在显微镜内倾转样品从而收集样品多角度的电子显微图像并对这些电子显微图像根据倾转几何关系进行重构的方法称为电子断层扫描成像技术（图 3.5） 。 该方法主要应用于细胞及亚细胞器，以及没有固定结构的生物大分子复合物（分子量范围为 800kD） ，最高分辨率约 20。图 3.5 电子断层扫描成像技术原理
