1、质粒抽提,实验室必备技能之一质粒质粒存在于许多细菌以及酵母菌等生物中，是细胞染色体外能够自主复制的很小的环状DNA 分子。质粒抽提从细菌中分离质粒 DNA 的方法包括 3 个基本步骤：培养细菌使质粒扩增；收集和裂解细菌；分离和纯化质粒 DNA。采用强碱液、加热或溶菌酶（主要针对革兰氏阳性细菌）可以破坏菌体细胞壁，十二烷基磺酸钠（SDS）和 TritonX-100（一般很少使用）可使细胞膜裂解。经溶菌酶和 SDS 或 Triton X-100 处理后， 细菌染色体 DNA 会缠绕附着在细胞碎片上，同时由于细菌染色体 DNA 比质粒大得多，易受机械力和核酸酶等的作用而被切断成不同大小的线性片段。当
2、用强热或酸、碱处理时，细菌的线性染色体 DNA 变性，而共价闭合环状 DNA(Covalently closed circular DNA，简称 cccDNA）的两条链不会相互分开。当外界条件恢复正常时，线状染色体 DNA 片段难以复性，而是与变性的蛋白质和细胞碎片缠绕在一起，而质粒 DNA 双链又恢复原状，重新形成天然的超螺旋分子，并以溶解状态存在于液相中。质粒抽提最常用的方法是碱裂解法，它具有得率高、适用面广、快速和纯度高等特点。当然，碱裂解法也有缺陷：容易导致不可逆的变性。要降低不可逆的变性，就要控制好碱裂解的时间。碱裂解法抽提质粒需要用到以下三种溶液溶液50 mmol/L 葡萄糖，25
3、 mmol/L Tris-Cl（pH 8.0），10 mmol/L EDTA（pH 8.0），在 15 psi 压力下蒸汽 灭菌 15 min，4保存。溶液 0.2 mmol/L NaOH（从 10 mmol/L 贮存液中现用现稀释），10 g/L SDS（室温保存）。溶液5 mol/L 乙酸钾 60.0 mL，冰乙酸 11.5 mL，无菌水 28.5 mL， 4保存，使用时置于冰浴中。 下面介绍一下碱裂解法小提质粒的具体操作：01柱平衡：向吸附柱中加入 500 l平衡 Buffer，12000 rpm 离心 30-60 s，倒掉收集管中的废液；注意：吸附柱平衡后可最大限度激活硅基质膜，提高质
4、粒的得率；吸附柱平衡后应立即使用，长时间放置会影响其吸附效果。02收菌：将过夜培养的菌液用 8000 g，2-3 min 低温离心，吸弃液体培养基；注意：高拷贝的质粒，需要 5-15 mL 的培养菌液；低拷贝的质粒，则需要 15-30 mL的培养菌液；残留的液体培养基过多会影响细菌的裂解效果，应尽可能吸干培养基。03向离心管中加入 250 l 溶液 （加入 RNase A），吹匀菌沉淀并将悬液转移至新 1.5 mL EP 管中；注意：菌体悬浮不完全会导致裂解不完全，质粒提取量和纯度会降低。04向 EP 管中加入 250 l 溶液（裂解 Buffer），温和翻转 EP 管 6-10 次，使菌体充
5、分裂解，液体变得澄清浓稠（开盖拉丝）；注意：所用时间不宜超过 5 min，以免质粒被破坏；切勿剧烈震荡；液体未变得澄清，则表明裂解不充分，可适当减少菌体量或增大 Buffer 使用量；若溶液出现浑浊，可 37 水浴几分钟，待液体恢复澄清即可使用。05向 EP 管中加入 350 l 溶液，温和翻转 EP 管 6-10 次，此时可观察到管内出现白色絮状沉淀，12000 rpm 室温离心 10 min；注意：若上清中仍有少量白色絮状物，可再次离心 2-3 min 直至液体澄清。06将离心后上清转移至吸附柱中，12000 rpm 离心 30-60 s，倒掉收集管中的废液；07可选：向吸附柱中加入 50
6、0 l Buffer PD（富含蛋白酶），12000 rpm 离心 1 min，倒掉收集管中的废液；注意：此步对富含内源核酸酶的宿主菌（endA+）是必须 的，对于 endA-宿主菌可省略。08向吸附柱中加入 600 l Wash Buffer（加入无水乙醇），12000 rpm 离心 1 min，倒掉收集管中的废液；09重复步骤 8 一次；10将吸附柱和收集管放回离心机中，12000 rpm 空转离心 2 min；注意：此步骤非常关键，乙醇是否去除干净会影响后续的洗脱效率以及 PCR 等效果。11将吸附柱转移至新的 1.5 mL EP 管中，拿到超净工作台中开盖鼓风吹 5-10 min；12
7、向吸附柱膜的中央滴加 40-50 l预热 Elution Buffer 或者 DD 水，关盖静置 3-5 min，12000 rpm 离心 2 min；注意：洗脱 Buffer 预热后效果更好；可以根据质粒的拷贝数、宿主菌等因素调整洗脱Buffer 的添加量。13离心后将 EP 管内的液体重新滴加至吸附柱膜上，12000 rpm 离心 1 min；14做好标记，取 2 l质粒跑 1%琼脂糖凝胶电泳检测验证 ；15提取出的质粒-20保存。抽提质粒中的常见问题1提不出质粒或者质粒提取量很少(1) 菌体中无质 粒：有些质粒本身不能在某些菌种中 稳定存在， 经多次转接后有可能造成质粒丢失。例如柯斯质粒
8、在大肠杆菌中保存不稳定，因此不要频繁转接，每次接种时应接种单菌落。另外，检查筛选用抗生素使用浓度是否正确。(2) 质粒拷贝数低 ：由于使用低拷 贝数载体引起的质粒 DNA 提取量低，可更换具有相同功能的高拷贝数载体。(3) 菌种老化：若是甘油保藏菌，需要在活化后再培养摇 菌；建议涂布平板培养后，重新挑选新菌落进行液体培养。(4) 吸附柱过载 ：不同产品中吸附柱吸附能力不同，如果需要提取的质粒量很大，请分多次提取。若用富集培养基，例如 TB 或者 2YT，菌液体积必须减少；若质粒或宿主菌是非常高的拷贝数或生长率，则需调整 LB 培养液体积。(5) 碱裂解不充分 ：使用过多的菌体培养液，会 导致菌
9、体裂解不充分，可减少菌体用量或增加溶液、的用量。对低拷贝数质粒提取时，可加倍使用溶液、，有助于增加质粒提取量和质粒质量。(6) 溶液使用不当 ：溶液和 在温度较低时可能出现浑浊 ，应置于 37 保温片刻直至溶解为清亮的溶液，才能使用。(7) 洗脱液加入位置不正确 ：洗脱液 应加在硅胶膜中心部位，以确保洗脱液会完全覆盖硅胶。膜的表面，达到最大洗脱效率。(8) 洗脱液不合适 ：DNA 只在低盐溶液中才能被洗脱，pH 洗脱效率取决于 pH 值。最大洗脱效率在 pH 7.0-8.5 之间。当用水洗脱时确保其 pH 值在此范围内，如果 pH 过低可能导致洗脱量低。洗脱缓冲液加热至 60后使用有利于提高洗
10、脱效率。(9) 洗脱体积太小 ：洗脱体积对 回收率有一定影响。随着洗脱体 积的增大回收率增高，但产品浓度降低。为了得到较高的回收率可以增大洗脱体积。(10) 洗脱时间过短：洗脱时间对回收率也会有一定的影响。洗脱时放置 1 min 可达到较好的效果。(11) 乙醇残留：漂洗液洗涤后应离心尽量去除残留液体，树脂型试剂盒漂洗后应晾干树脂，再加入洗脱缓冲液。(12) 质粒未全部溶解：洗脱溶解质粒时，可适当加温或延长溶解时间。2质粒纯度不高(1) 混有蛋白质 ：不要过多使用菌体。溶液 、处 理并离心后，溶液应为澄清的，如果还混有微小蛋白质悬浮物，可再次离心去除后再进行下一步骤。(2) 混有 RNA：RN
11、ase A 处理不彻底，请减少菌体用量或加入溶液后室温放置一段时间。如果溶液已保存 6 个月以上，要及时向中添加 RNase A。(3) 混有基因组 DNA：加入溶液 、后应温和混匀，若 剧烈震荡，可能把基因组 DNA剪切成碎片混在质粒中。如果加入溶液后过于黏稠，无法温和混匀，请减少菌体用量。细菌培养不要超过 16 h，时间过长会导致细胞和 DNA 的降解。(4)溶液加入时间过长：溶液加入后，放置时间不要太 长，否则有可能产生小片段DNA 污染。(5) 宿主菌含大量核酸 酶：宿主菌含大量核酸 酶，在质粒提取中降解 质粒 DNA，影响提取质粒 DNA 的完整性，最好选用不含核酸酶的大肠杆菌宿主菌
12、，例如 DH5和 TOP10。(6) 裂解时间过长 ：加入溶液 后裂解时间不宜超过 5 min。(7) 质粒的二聚体和多聚体形式：是质粒复制过程中形成的，与宿主菌相关， 电泳可检测出。3质粒浓度的检测DNA 纯度的判断大多根据 OD260/OD280 的比值检测，符合要求、纯度高的 DNA 样品其 OD260/OD280 在 1.8-2.0 之间，低于此范围表明蛋白质含量超标，高于此范围表明样品中含有 RNA。DNA 的纯度也可以根据 OD260/OD230 的比值判断， OD230 主要评估样品中是否存在一些有机污染物，如碳水化合物，多肽，苯酚等。纯度较高的 DNA 样品OD260/OD230 的比值在 2.0-2.5 之间，比值小于 2.0 则表示存在有机物的污染，比如乙醇或者酚类残留。如果遇到此种情况，可以再沉淀一次，然后重复乙醇洗涤的过程。
