第九章 系统进化树构建,系统进化树又称演化树，用于表明具有共同祖先的各物种（基因）间演化关系的树。 树中每个节点代表其各个分支的最近共同祖先，节点的线段长度对应其演化的距离。,可分为有根树和无根树 有根树反映树上物种（基因）进化的时间顺序，通过分析有根树的长度，可以了解不同物种或者基因以何种方式和和速率进化。 无根树只反映分类单元之间的距离，而不涉及共同祖先问题。,系统进化树的结构 主要分为树叶、树枝和节点三部分，从同一节点上分出的两个分支称为姊妹群（sister group）。 姊妹群从结构上可以理解为二者进化关系非常接近，而且拥有唯一的共同祖先。,从结构上看这三个系统进化树是等价的,系统进化树构建的算法 最大似然法（Maximum Likelihood，ML） 临近相连法（Neighbor -Joining, NJ) 最小进化法（Minimum - Evolution , ME) 最大简约法（Maximum Parsimony， MP） 除权配对法（UPGMA） 较远缘的序列一般选择ML、NJ或ME，近缘序列多采用MP或UPGMA。,系统进化树构建的算法 Bootstrape是常用的系统进化树评估优化方法，树枝上的Bootstrape检验值表示该分支通过检验的次数占总次数的百分比，其数值大小（70）反映树枝的可信度。系统树建好后，可进行树形选择、结构修改及树枝形态修饰等。,
